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- PDB-4bzf: Crystal structure of galactose mutarotase GalM from Bacillus subt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bzf
タイトルCrystal structure of galactose mutarotase GalM from Bacillus subtilis with trehalose
要素ALDOSE 1-EPIMERASE
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


aldose 1-epimerase / aldose 1-epimerase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / glucose metabolic process / carbohydrate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldose 1-/Glucose-6-phosphate 1-epimerase / Aldose 1-epimerase / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
trehalose / ACETATE ION / CITRIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / Aldose 1-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Vanden Broeck, A. / Sauvage, E. / Herman, R. / Kerff, F. / Duez, C. / Charlier, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Galactose Mutarotase Galm from Bacillus Subtilis with Trehalose
著者: Vanden Broeck, A. / Sauvage, E. / Herman, R. / Kerff, F. / Duez, C. / Charlier, P.
履歴
登録2013年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALDOSE 1-EPIMERASE
B: ALDOSE 1-EPIMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5658
ポリマ－74,2872
非ポリマー1,2786
水11,728651
1
A: ALDOSE 1-EPIMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8284
ポリマ－37,1441
非ポリマー6853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ALDOSE 1-EPIMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7374
ポリマ－37,1441
非ポリマー5933
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.190, 83.322, 124.446
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2040-

HOH

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 ALDOSE 1-EPIMERASE / GALACTOSE MUTAROTASE


分子量: 37143.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: GALM / プラスミド: PET20B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: P39840, aldose 1-epimerase
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / trehalose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 655分子

#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 651 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9798
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→37.16 Å / Num. obs: 67897 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MWX

3mwx


解像度: 1.9→37.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 6.187 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23773 3435 5.1 %RANDOM
Rwork0.19441 ---
obs0.19658 64415 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5222 0 86 651 5959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.025455
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4731.9527426
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8365643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.22424.791263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.6915891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7281516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2823
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 226 -
Rwork0.326 4318 -
obs--96.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0410.0477-0.26521.7547-0.3271.7871-0.0038-0.00630.06510.0375-0.0028-0.22-0.06980.1750.00650.06710.0039-0.00230.1033-0.00210.09464.631320.673-17.4349
21.1240.6039-0.560.7478-0.37261.0371-0.01320.0227-0.0484-0.0470.0014-0.04850.06470.05050.01190.06880.0146-0.00390.0483-0.02250.066-11.03869.9218-11.3737
30.64780.2407-0.00620.84160.10030.5534-0.00850.0146-0.0024-0.01670.00210.0330.0055-0.02890.00630.05930.0209-0.0020.07260.01210.0848-13.573718.0233-7.5628
41.80660.8091-0.51561.6196-0.03310.9298-0.0324-0.16320.00930.15420.0049-0.095-0.03710.03010.02760.09820.00460.01110.0734-0.01760.0596-9.103828.62062.9887
50.69930.3088-0.05790.6364-0.01710.37840.00350.01090.0168-0.00090.00160.0146-0.00950.0068-0.00520.07530.01030.00790.0622-0.00520.0629-14.135821.1013-5.4881
69.67074.11864.62713.75812.36624.27650.014-0.78850.87940.589-0.1437-0.2915-0.57610.29810.12970.4526-0.1168-0.08970.3606-0.12120.37260.705536.7558-8.8233
71.1768-0.0274-0.25610.69820.24760.90850.01050.0487-0.036-0.0372-0.04670.1198-0.0107-0.12090.03620.1027-0.012-0.00860.08620.01450.07482.911517.7103-48.0976
81.542-0.9561-1.22831.30361.48142.5208-0.00590.0373-0.0659-0.066-0.0509-0.0320.0639-0.07480.05690.1066-0.0213-0.01130.09870.03760.11313.464110.3864-47.641
90.6992-0.1075-0.03760.74120.03010.8183-0.0025-0.043-0.04420.03430.0041-0.06510.0670.084-0.00170.0923-0.01950.00510.0977-0.00690.112714.172718.8607-48.811
101.2139-1.1235-0.18892.369-0.50390.92560.04650.12570.0233-0.1561-0.02460.0196-0.03640.0089-0.02190.1446-0.00630.00970.1525-0.00330.112115.863123.4758-69.2053
110.8668-0.3076-0.02740.79030.01980.52850.01380.03910.0072-0.0253-0.0109-0.02580.00690.0178-0.00280.1114-0.01220.01160.09670.00490.094214.926323.2292-56.9616
127.1418-5.41565.95615.3266-5.31886.6695-0.0450.42520.5148-0.2373-0.02530.2295-0.4279-0.31850.07020.40270.0909-0.10040.36970.09240.4158-0.783838.8787-56.0742
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2A54 - 125
3X-RAY DIFFRACTION3A126 - 219
4X-RAY DIFFRACTION4A220 - 251
5X-RAY DIFFRACTION5A252 - 318
6X-RAY DIFFRACTION6A319 - 323
7X-RAY DIFFRACTION7B2 - 84
8X-RAY DIFFRACTION8B85 - 119
9X-RAY DIFFRACTION9B120 - 200
10X-RAY DIFFRACTION10B201 - 240
11X-RAY DIFFRACTION11B241 - 318
12X-RAY DIFFRACTION12B319 - 324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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