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- PDB-4bz4: CorA is a surface-associated copper-binding protein important in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bz4
タイトルCorA is a surface-associated copper-binding protein important in Methylomicrobium album BG8 copper acquisition
要素COPPER-REPRESSIBLE POLYPEPTIDE
キーワードCOPPER-BINDING PROTEIN / COPPER ACQUISITION / METHANOTROPH
機能・相同性
機能・相同性情報


Jelly Rolls - #1220 / Copper(I)-binding protein CorA / Copper(I)-binding protein CorA-like / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Copper(I)-binding protein CorA domain-containing protein / Copper-repressible polypeptide
類似検索 - 構成要素
生物種METHYLOMICROBIUM ALBUM BG8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Johnson, K.A. / Ve, T. / Pedersen, R.B. / Lillehaug, J.R. / Jensen, H.B. / Helland, R. / Karlsen, O.A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Cora is a Copper Repressible Surface-Associated Copper(I)-Binding Protein Produced in Methylomicrobium Album Bg8.
著者: Johnson, K.A. / Ve, T. / Larsen, O. / Pedersen, R.B. / Lillehaug, J.R. / Jensen, H.B. / Helland, R. / Karlsen, O.A.
履歴
登録2013年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COPPER-REPRESSIBLE POLYPEPTIDE
B: COPPER-REPRESSIBLE POLYPEPTIDE
C: COPPER-REPRESSIBLE POLYPEPTIDE
D: COPPER-REPRESSIBLE POLYPEPTIDE
E: COPPER-REPRESSIBLE POLYPEPTIDE
F: COPPER-REPRESSIBLE POLYPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,36835
ポリマ－150,4756
非ポリマー4,89329
水21,1681175
1
A: COPPER-REPRESSIBLE POLYPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9426
ポリマ－25,0791
非ポリマー8635
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: COPPER-REPRESSIBLE POLYPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9426
ポリマ－25,0791
非ポリマー8635
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: COPPER-REPRESSIBLE POLYPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9426
ポリマ－25,0791
非ポリマー8635
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: COPPER-REPRESSIBLE POLYPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6595
ポリマ－25,0791
非ポリマー5804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: COPPER-REPRESSIBLE POLYPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2247
ポリマ－25,0791
非ポリマー1,1456
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: COPPER-REPRESSIBLE POLYPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6595
ポリマ－25,0791
非ポリマー5804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.840, 113.170, 81.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
COPPER-REPRESSIBLE POLYPEPTIDE / CORA


分子量: 25079.221 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
詳細: MODIFICATION OF RESIDUE 62. TRYPTOPHAN IS OXIDIZED TO KYNURENINE
由来: (天然) METHYLOMICROBIUM ALBUM BG8 (バクテリア)
参照: UniProt: P71489, UniProt: H8GPE3*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 1204分子

#2: 化合物
ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE FIRST RESIDUE VISIBLE IN ELECTRON DENSITY IS NUMBER 28 IN THE SEQUENCE. OTHER RESIDUES NOT ...THE FIRST RESIDUE VISIBLE IN ELECTRON DENSITY IS NUMBER 28 IN THE SEQUENCE. OTHER RESIDUES NOT INCLUDED IN THE STRUCTURE ARE DUE TO LACK OF WELL DEFINED ELECTRON DENSITY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 11.5-14% PEG 8K, 0.1 BISTRIS PH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9794, 1.5418
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
21.54181
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 168264 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.479 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS ARE NOT INCLUDED IN THE STRUCTURE. THE ORIENTATIONS OF MET57 ARE ONLY MODELED, AND GIVEN ZERO OCCUPANCY, DUE TO UNUSUAL ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS ARE NOT INCLUDED IN THE STRUCTURE. THE ORIENTATIONS OF MET57 ARE ONLY MODELED, AND GIVEN ZERO OCCUPANCY, DUE TO UNUSUAL ELECTRON DENSITY SURROUNDING THE MAIN CHAIN AND SIDE CHAIN OF THIS AND THE FOLLOWING RESIDUE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18809 8427 5 %RANDOM
Rwork0.15753 ---
obs0.15906 159775 98.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.349 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20 Å2-0.35 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9194 0 173 1175 10542
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0199707
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.011.95213179
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8973.00220502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.73751192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.44424.494405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.169151392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9361524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.21397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02110988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022202
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 646 -
Rwork0.239 11774 -
obs--98.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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