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万見
- PDB-4byy: Apo GlxR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4byy
タイトルApo GlxR
要素TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, CRP/FNR FAMILY
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glyoxylate cycle / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / cAMP binding / protein-DNA complex / kinase activity / transcription cis-regulatory region binding / phosphorylation / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / CRP-like cAMP-activated global transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Pohl, E. / Cann, M.J. / Townsend, P.D. / Money, V.A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: The Crystal Structures of Apo and Camp-Bound Glxr from Corynebacterium Glutamicum Reveal Structural and Dynamic Changes Upon Camp Binding in Crp/Fnr Family Transcription Factors.
著者: Townsend, P.D. / Jungwirth, B. / Pojer, F. / Bussmann, M. / Money, V.A. / Cole, S.T. / Puhler, A. / Tauch, A. / Bott, M. / Cann, M.J. / Pohl, E.
履歴
登録2013年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Data collection / Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, CRP/FNR FAMILY
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, CRP/FNR FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4156
ポリマ－50,0412
非ポリマー3744
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-45.1 kcal/mol
Surface area20810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.643, 59.936, 90.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2017-

HOH

21B-2029-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, CRP/FNR FAMILY / CAMP-BINDING DOMAINS-CATABOLITE GENE ACTIVATOR AND REGULATORY SUBUNIT OF CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASES / GLXR


分子量: 25020.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[ALPHA] / 参照: UniProt: Q79VI7
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.48 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→85 Å / Num. obs: 17204 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.04

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0117 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.48→85.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 25.727 / SU ML: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.497 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28666 866 5 %RANDOM
Rwork0.20858 ---
obs0.21264 16336 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 81.707 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.16 Å20 Å22.63 Å2
2--1.35 Å20 Å2
3---3.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→85.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3098 0 22 66 3186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193164
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6731.9594313
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3275425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.10323.802121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.29815470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.351523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.544 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 61 -
Rwork0.237 1158 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1703-0.4299-0.51718.6933-0.45352.6785-0.1060.01080.2002-1.22110.4544-0.44950.4618-0.1248-0.34840.6530.10910.00720.43550.08670.48520.3673-11.2085-38.7645
21.3696-3.0901-0.775717.8897-3.05292.57590.0358-0.17510.43810.40520.1487-1.304-0.35160.1733-0.18450.33940.01920.09190.31260.01980.504827.7804-9.1156-34.3715
38.5021-0.7449-0.44894.1537-0.15173.4255-0.105-0.7769-0.21390.45240.1742-0.07660.2891-0.2447-0.06920.18270.09090.00250.24920.0510.014518.0942-23.5607-21.0233
43.2826-0.2825-0.13724.5717-0.65442.8158-0.097-0.21040.5084-0.01450.1221-0.2707-0.1172-0.1814-0.02510.0750.11020.00710.1724-0.00590.096619.7063-13.1624-25.5879
520.473614.8649-1.838712.4192-2.30021.1429-0.09890.3197-0.3845-0.42790.092-0.20770.1271-0.03540.00680.29350.18360.07320.257-0.17020.42233.5735-9.4131-26.4926
66.32911.16553.32383.30271.73458.8306-0.09690.3373-0.3780.06820.02440.14330.0370.06450.07250.119-0.03770.05710.13290.06010.1501-2.4477-29.6603-33.9792
78.83860.79131.62060.12890.27333.43040.13660.04070.43520.13250.0936-0.039-0.03270.0427-0.23020.29390.1958-0.11420.1397-0.12190.2775-4.15116.147-20.4307
86.7031-1.01680.07290.197-0.30063.69290.02430.12040.40350.06020.0282-0.1132-0.1730.3196-0.05250.19220.1333-0.05690.2114-0.16950.28211.47862.9254-22.6487
93.2746-2.7626-0.92142.36290.83740.4554-0.3288-0.48010.06140.44290.5004-0.03890.30340.3634-0.17160.740.16620.16890.8641-0.06690.5589-2.5282-15.2255-9.718
102.1879-0.67981.11790.2366-0.34140.5807-0.14650.15081.37370.0392-0.419-0.34350.12970.05480.56551.7198-0.15330.17551.643-0.41981.3831-16.6542-7.5701-10.2489
113.1698-1.26040.17114.0577-1.33714.53470.1422-0.5759-0.5823-0.1276-0.57870.52980.10060.7570.43650.61770.00350.23240.57930.1970.4011-13.3849-16.8465-4.2007
120.24580.0392.34349.7483-7.420528.6926-0.0631-0.01170.10880.08750.04591.452-0.3844-0.03310.01720.7984-0.0221-0.13711.1487-0.02320.5571-16.6121-6.97010.8825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2A20 - 32
3X-RAY DIFFRACTION3A33 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4A71 - 122
5X-RAY DIFFRACTION5A123 - 147
6X-RAY DIFFRACTION6A148 - 226
7X-RAY DIFFRACTION7B3 - 69
8X-RAY DIFFRACTION8B70 - 135
9X-RAY DIFFRACTION9B136 - 162
10X-RAY DIFFRACTION10B163 - 182
11X-RAY DIFFRACTION11B183 - 207
12X-RAY DIFFRACTION12B208 - 222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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