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万見
- PDB-4bxu: Structure of Pex14 in complex with Pex5 LVxEF motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bxu
タイトルStructure of Pex14 in complex with Pex5 LVxEF motif
要素
  • PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN PEX14
  • PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR
キーワードPROTEIN TRANSPORT / TRANSLOCATION
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisome transport along microtubule / protein import into peroxisome matrix, substrate release / protein import into peroxisome matrix, translocation / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / peroxisome targeting sequence binding / protein targeting to peroxisome / peroxisome matrix targeting signal-1 binding / peroxisomal importomer complex / microtubule anchoring ...peroxisome transport along microtubule / protein import into peroxisome matrix, substrate release / protein import into peroxisome matrix, translocation / peroxisome membrane targeting sequence binding / protein import into peroxisome membrane / peroxisome targeting sequence binding / protein targeting to peroxisome / peroxisome matrix targeting signal-1 binding / peroxisomal importomer complex / microtubule anchoring / protein import into peroxisome matrix, receptor recycling / protein import into peroxisome matrix / protein import into peroxisome matrix, docking / Class I peroxisomal membrane protein import / protein carrier chaperone / very long-chain fatty acid metabolic process / cerebral cortex neuron differentiation / peroxisome organization / cell development / pexophagy / positive regulation of multicellular organism growth / endoplasmic reticulum organization / mitochondrial membrane organization / peroxisomal membrane / neuromuscular process / beta-tubulin binding / fatty acid beta-oxidation / cerebral cortex cell migration / peroxisomal matrix / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of protein-containing complex assembly / Pexophagy / negative regulation of protein binding / Peroxisomal protein import / protein tetramerization / neuron migration / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / fibrillar center / small GTPase binding / cellular response to reactive oxygen species / transcription corepressor activity / peroxisome / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / protein-macromolecule adaptor activity / microtubule binding / protein-containing complex assembly / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / enzyme binding / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal / Peroxisomal membrane protein 14 / Pex14 N-terminal domain / PEX5/PEX5L / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat ...Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal / Peroxisomal membrane protein 14 / Pex14 N-terminal domain / PEX5/PEX5L / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal membrane protein PEX14 / Peroxisomal targeting signal 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Kooshapur, H. / Meyer, H.N. / Madl, T. / Sattler, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: A Novel Pex14 Interacting Site of Human Pex5 is Critical for Matrix Protein Import Into Peroxisomes.
著者: Neuhaus, A. / Kooshapur, H. / Wolf, J. / Meyer, H.N. / Madl, T. / Saidowsky, J. / Hambruch, E. / Lassam, A. / Jung, M. / Sattler, M. / Schliebs, W. / Erdmann, R.
履歴
登録2013年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 2.02024年5月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN PEX14
B: PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1612
ポリマ－9,1612
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN PEX14 / PTS1 RECEPTOR-DOCKING PROTEIN / PEROXIN-14 / PEROXISOMAL MEMBRANE ANCHOR PROTEIN PEX14


分子量: 7453.446 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 16-80 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES 12-15 (GAMA) OF PEX14 ORIGINATE FROM THE EXPRESSION VECTOR
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75381
#2: タンパク質・ペプチド PEROXISOMAL TARGETING SIGNAL 1 RECEPTOR / PTS1 RECEPTOR / PTS1R / PTS1-BP / PEROXIN-5 / PEROXISOMAL C-TERMINAL TARGETING SIGNAL IMPORT ...PTS1 RECEPTOR / PTS1R / PTS1-BP / PEROXIN-5 / PEROXISOMAL C-TERMINAL TARGETING SIGNAL IMPORT RECEPTOR / PEROXISOME RECEPTOR 1 / PEX5


分子量: 1707.746 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 57-71 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P50542

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software名称: ARIA1.2/CNS / 開発者: JP LINGE, SI O DONOGHUE / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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