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- PDB-4bxo: Architecture and DNA recognition elements of the Fanconi anemia F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bxo
タイトルArchitecture and DNA recognition elements of the Fanconi anemia FANCM- FAAP24 complex
要素
  • 5'-D(*GP*AP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*GP*CP)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*TP*CP)-3'
  • FANCONI ANEMIA GROUP M PROTEIN
  • FANCONI ANEMIA-ASSOCIATED PROTEIN OF 24 KDA
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / DNA BINDING / PSEUDO-NUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing / FANCM-MHF complex / Fanconi anaemia nuclear complex / resolution of meiotic recombination intermediates / four-way junction helicase activity / nuclease activity / positive regulation of protein monoubiquitination / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / interstrand cross-link repair ...double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing / FANCM-MHF complex / Fanconi anaemia nuclear complex / resolution of meiotic recombination intermediates / four-way junction helicase activity / nuclease activity / positive regulation of protein monoubiquitination / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / interstrand cross-link repair / four-way junction DNA binding / Fanconi Anemia Pathway / PKR-mediated signaling / RNA helicase activity / RNA helicase / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / chromatin / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fanconi anemia-associated protein of 24kDa / Fanconi anemia core complex-associated protein 24, pseudonuclease domain / FANCM pseudonuclease domain / Fanconi anemia group M protein, MHF binding domain / FANCM/Mph1-like / FANCM, DEAH-box helicase domain / : / FANCM to MHF binding domain / Rossmann fold - #10130 / ERCC4 domain ...Fanconi anemia-associated protein of 24kDa / Fanconi anemia core complex-associated protein 24, pseudonuclease domain / FANCM pseudonuclease domain / Fanconi anemia group M protein, MHF binding domain / FANCM/Mph1-like / FANCM, DEAH-box helicase domain / : / FANCM to MHF binding domain / Rossmann fold - #10130 / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / RuvA domain 2-like / Restriction endonuclease type II-like / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Helicase conserved C-terminal domain / DNA polymerase; domain 1 / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Fanconi anemia group M protein / Fanconi anemia core complex-associated protein 24
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Coulthard, R. / Deans, A. / Swuec, P. / Bowles, M. / Purkiss, A. / Costa, A. / West, S. / McDonald, N.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Architecture and DNA Recognition Elements of the Fanconi Anemia Fancm-Faap24 Complex.
著者: Coulthard, R. / Deans, A.J. / Swuec, P. / Bowles, M. / Costa, A. / West, S.C. / Mcdonald, N.Q.
履歴
登録2013年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FANCONI ANEMIA GROUP M PROTEIN
B: FANCONI ANEMIA-ASSOCIATED PROTEIN OF 24 KDA
H: 5'-D(*TP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*TP*CP)-3'
I: 5'-D(*GP*AP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6908
ポリマ－59,5294
非ポリマー1604
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-91.2 kcal/mol
Surface area21660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.100, 125.100, 74.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 FANCONI ANEMIA GROUP M PROTEIN / PROTEIN FACM / ATP-DEPENDENT RNA HELICASE FANCM / FANCONI ANE MIA-ASSOCIATED POLYPEPTIDE OF 250 KDA ...PROTEIN FACM / ATP-DEPENDENT RNA HELICASE FANCM / FANCONI ANE MIA-ASSOCIATED POLYPEPTIDE OF 250 KDA / FAAP250 / PROTEIN HEF ORTHOL OG / FANCM


分子量: 28771.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-KG / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): FB810 / 参照: UniProt: Q8IYD8, RNA helicase
#2: タンパク質 FANCONI ANEMIA-ASSOCIATED PROTEIN OF 24 KDA / FAAP24


分子量: 24050.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-KG / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): FB810 / 参照: UniProt: Q9BTP7

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DNA鎖 , 2種, 2分子 HI

#3: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*TP*CP)-3'


分子量: 3413.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*GP*CP)-3'


分子量: 3293.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 104分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細GSGS FROM VECTOR AT N-TERMINUS GSH FROM VECTOR AT N-TERMINUS SYNTHETIC DNA CONSTRUCT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.3 % / 解説: NATIVE DATA
結晶化pH: 8
詳細: 18%W/V PEG 3350, 0.2M CALCIUM ACETATE, 0.01M BARIUM CHLORIDE., pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年6月22日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30.34 Å / Num. obs: 32846 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 33.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BNP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→25.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 10.54 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.192
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUAL U VALUES ONLY. CHAIN A RESIDUES 1799-1817, 1963-1968, 2036-2048 HAVE NO VISIBLE ELECTRON DENSITY CHAIN B RESIDUES 1-11, 147-153 ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUAL U VALUES ONLY. CHAIN A RESIDUES 1799-1817, 1963-1968, 2036-2048 HAVE NO VISIBLE ELECTRON DENSITY CHAIN B RESIDUES 1-11, 147-153 HAVE NO VISIBLE ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25523 1645 5.1 %RANDOM
Rwork0.2036 ---
obs0.20615 30696 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.935 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→25.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3062 445 4 100 3611
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0223613
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9832.1284984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5865395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.30525.276127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.69915555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6441512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7121.51982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11123209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.72331631
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3234.51774
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 130 -
Rwork0.209 2183 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1926-2.15940.7682.26960.30222.9198-0.0731-0.10890.22250.02710.0462-0.0325-0.2133-0.02470.02690.09910.0207-0.0240.0083-0.01830.062644.045104.74768.663
21.732-0.3401-0.79124.96262.01485.1085-0.0118-0.0465-0.19830.27280.0511-0.00090.3424-0.0357-0.03930.13160.05120.00360.1101-0.01660.101331.988112.52289.732
34.7947-0.09951.49792.7044-0.17351.66480.0587-0.2321-0.14190.168-0.0441-0.23360.10660.1648-0.01460.02680.0104-0.00360.06010.00660.063661.54588.11569.059
43.6561-1.2474-0.17814.92160.91293.9947-0.0014-0.10840.06480.0353-0.01160.0129-0.0383-0.19340.0130.07450.0336-0.00620.0715-0.03570.022326.583126.57993.43
53.3869-0.2859-0.8635.8598-0.448811.92510.15050.9980.7441-0.80870.081-0.5136-0.70710.1722-0.23150.44890.0652-0.00390.48680.0280.38226.933139.81979.218
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1818 - 1962
2X-RAY DIFFRACTION2A1969 - 2035
3X-RAY DIFFRACTION3B12 - 146
4X-RAY DIFFRACTION4B154 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5H1 - 11
6X-RAY DIFFRACTION5I1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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