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- PDB-4bwn: NEMO CC2-LZ DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bwn
タイトルNEMO CC2-LZ DOMAIN
要素NF-KAPPA-B ESSENTIAL MODULATOR
キーワードSIGNALING PROTEIN / NEMO - IKK GAMMA / NFKB PATHWAY / UBL CONJUGATTION / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


IKBKB deficiency causes SCID / IKBKG deficiency causes anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency (EDA-ID) (via TLR) / IkappaB kinase complex / establishment of vesicle localization / linear polyubiquitin binding / transferrin receptor binding / IkBA variant leads to EDA-ID / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process ...IKBKB deficiency causes SCID / IKBKG deficiency causes anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency (EDA-ID) (via TLR) / IkappaB kinase complex / establishment of vesicle localization / linear polyubiquitin binding / transferrin receptor binding / IkBA variant leads to EDA-ID / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / SUMOylation of immune response proteins / anoikis / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of macroautophagy / polyubiquitin modification-dependent protein binding / canonical NF-kappaB signal transduction / signaling adaptor activity / ubiquitin ligase complex / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Regulation of NF-kappa B signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Activation of NF-kappaB in B cells / Regulation of TNFR1 signaling / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / response to virus / PKR-mediated signaling / mitotic spindle / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / spindle pole / Interleukin-1 signaling / Ovarian tumor domain proteases / Downstream TCR signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / protein-containing complex assembly / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Ub-specific processing proteases / defense response to bacterium / inflammatory response / immune response / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / innate immune response / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nemo cc2-lz domain - 1d5 darpin complex / C2H2 type zinc-finger / NF-kappa-B essential modulator NEMO, N-terminal / NF-kappa-B essential modulator NEMO / NEMO, Zinc finger / Zinc finger CCHC NOA-type profile. / NF-kappa-B essential modulator NEMO, CC2-LZ domain / Leucine zipper of domain CC2 of NEMO, NF-kappa-B essential modulator / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NF-kappa-B essential modulator
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Dubosclard, V. / Duquerroy, S. / Fontan, E. / Agou, F.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: High-Resolution of Crystal Structure of the Human Cc2-Lz Domain of Nemo by Protein Engineering
著者: Dubosclard, V. / Duquerroy, S. / Fontan, E. / Agou, F.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Darpin-Assisted Crystallography of the Cc2-Lz Domain of Nemo Reveals a Coupling between Dimerization and Ubiquitin Binding.
著者: Grubisha, O. / Kaminska, M. / Duquerroy, S. / Fontan, E. / Cordier, F. / Haouz, A. / Raynal, B. / Chiaravalli, J. / Delepierre, M. / Israel, A. / Veron, M. / Agou, F.
履歴
登録2013年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Refinement description
改定 1.22021年4月28日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / reflns
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_redundancy
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NF-KAPPA-B ESSENTIAL MODULATOR
B: NF-KAPPA-B ESSENTIAL MODULATOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6192
ポリマ－25,6192
非ポリマー00
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-57.3 kcal/mol
Surface area12810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.353, 70.353, 78.981
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 NF-KAPPA-B ESSENTIAL MODULATOR / NEMO / FIP-3 / IKB KINASE-ASSOCIATED PROTEIN 1 / IKKAP1 / INHIB ITOR OF NUCLEAR FACTOR KAPPA-B ...NEMO / FIP-3 / IKB KINASE-ASSOCIATED PROTEIN 1 / IKKAP1 / INHIB ITOR OF NUCLEAR FACTOR KAPPA-B KINASE SUBUNIT GAMMA / I-KAPPA-B KIN ASE SUBUNIT GAMMA / IKK-GAMMA / IKKG / IKB KINASE SUBUNIT GAMMA / NF-K APPA-B ESSENTIAL MODIFIER / NEMO


分子量: 12809.521 Da / 分子数: 2 / 断片: CC2-LZ DOMAIN, RESIDUES 258-344 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y6K9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 12 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 100 MM LITHIUM CHLORIDE, 10MM HEPES PH 7,5 AND 25% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→35.18 Å / Num. obs: 9976 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 7.47 / Biso Wilson estimate: 45.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.47
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.34 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASERRM位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V4H

2v4h


解像度: 2.27→35.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9411 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9449 / SU R Cruickshank DPI: 0.291 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.275 / SU Rfree Blow DPI: 0.208 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.215
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2462 482 4.83 %RANDOM
Rwork0.2152 ---
obs0.2165 9976 96.84 %-
原子変位パラメータBiso mean: 79.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.915 Å20 Å20 Å2
2--4.915 Å20 Å2
3----9.8299 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.417 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→35.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1424 0 0 25 1449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011432HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.171914HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d578SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes70HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes184HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1432HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion180SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1643SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.54 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2939 139 5.39 %
Rwork0.2568 2442 -
all0.2588 2581 -
obs--96.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.80430.32350.37035.3004-3.14683.546-0.1401-0.1615-0.2918-0.2481-0.0974-0.20310.30770.11960.23750.19720.03250.0556-0.19130.20760.1068-1.4131-38.527821.7743
23.8566-1.40760.35453.5482-1.20852.39690.13360.01630.24340.2626-0.16150.03840.1802-0.07610.028-0.117-0.01560.0369-0.1320.0238-0.1896-8.0757-3.0622-1.6559
31.6185-2.95431.22547.1365-2.65320.3733-0.1119-0.1447-0.13350.0599-0.0776-0.7055-0.0814-0.13090.1895-0.00590.0971-0.0412-0.20620.15170.0253-19.968427.18-18.5559
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1A|259 - A|294 AND B|259 - B|294
2X-RAY DIFFRACTION2A|295 - A|315 AND B|295 - B|315
3X-RAY DIFFRACTION3A|316 - A|344 AND B|316 - B|344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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