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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bvp | ||||||
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タイトル | Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form II (closed) in complex with heptamolybdate and octamolybdate | ||||||
![]() | ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I | ||||||
![]() | HYDROLASE / APYRASE / PURINERGIC SIGNALLING / KEGGIN / TRANSITION STATE / ADPASE / CD39 | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Zebisch, M. / Schaefer, P. / Straeter, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Legionella Pneumophila Ntpdase1 in Complex with Polyoxometallates. 著者: Zebisch, M. / Krauss, M. / Schafer, P. / Strater, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 341.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 292.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 41880.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 12種, 484分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MOO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/M27.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/6LL.gif)
![](data/chem/img/MO7.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/8M0.gif)
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![](data/chem/img/GOL.gif)
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![](data/chem/img/EDO.gif)
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![](data/chem/img/MO7.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/8M0.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||||||||||||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 化合物 | ChemComp-M27 / #8: 化合物 | ChemComp-EDO / #9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | #12: 化合物 | #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 100MM NAMES PH 5.2, 11% PEG3350, 20MM MGCL2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.49→45.3 Å / Num. obs: 119751 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.4 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.49→45.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.114 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.175 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.49→45.34 Å
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拘束条件 |
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