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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bvh | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR EX-527 AND 2'-O-ACETYL-ADP-RIBOSE | ||||||
![]() | NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL | ||||||
![]() | HYDROLASE / INHIBITOR COMPLEX / EX-527 | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of catalase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / peptidyl-lysine deacetylation / positive regulation of superoxide dismutase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / protein deacetylation / NAD-dependent histone deacetylase activity / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / NAD+ binding ...positive regulation of catalase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / peptidyl-lysine deacetylation / positive regulation of superoxide dismutase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / protein deacetylation / NAD-dependent histone deacetylase activity / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / NAD+ binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / aerobic respiration / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / transferase activity / sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / enzyme binding / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gertz, M. / Weyand, M. / Steegborn, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ex-527 Inhibits Sirtuins by Exploiting Their Unique Nad+-Dependent Deacetylation Mechanism 著者: Gertz, M. / Fischer, F. / Nguyen, G.T.T. / Lakshminarasimhan, M. / Schutkowski, M. / Weyand, M. / Steegborn, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 192.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 31484.219 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 116-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9NTG7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 |
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-非ポリマー , 9種, 506分子 ![](data/chem/img/OCZ.gif)
![](data/chem/img/OAD.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/AR6.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/AR6.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-AR6 / [( | #8: 化合物 | ChemComp-EDO / #9: 化合物 | ChemComp-GOL / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.52 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.1 M HEPES PH7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月30日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→34.4 Å / Num. obs: 68289 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3GLT 解像度: 1.9→34.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.076 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.027 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.44 Å
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拘束条件 |
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