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- PDB-4buj: Crystal structure of the S. cerevisiae Ski2-3-8 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4buj
タイトルCrystal structure of the S. cerevisiae Ski2-3-8 complex
要素
  • ANTIVIRAL HELICASE SKI2
  • ANTIVIRAL PROTEIN SKI8
  • SUPERKILLER PROTEIN 3
キーワードHYDROLASE / DEXH BOX HELICASE / RNA DEGRADATION / TPR / PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Ski complex / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / protein-DNA complex assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / Cdc73/Paf1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / : / reciprocal meiotic recombination / nuclear chromosome / mRNA catabolic process ...Ski complex / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / protein-DNA complex assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / Cdc73/Paf1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / : / reciprocal meiotic recombination / nuclear chromosome / mRNA catabolic process / regulation of translation / protein-containing complex assembly / defense response to virus / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide-like repeat / Tetratricopeptide repeat / Sec63 N-terminal domain-like fold - #30 / : / Ski2, beta-barrel domain / Ski3/TTC37 / Ski2, N-terminal domain / Ski2 N-terminal region / Sec63 N-terminal domain-like fold / : ...Tetratricopeptide-like repeat / Tetratricopeptide repeat / Sec63 N-terminal domain-like fold - #30 / : / Ski2, beta-barrel domain / Ski3/TTC37 / Ski2, N-terminal domain / Ski2 N-terminal region / Sec63 N-terminal domain-like fold / : / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / DSHCT (NUC185) domain / DSHCT / Tetratricopeptide repeat / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / TPR repeat region circular profile. / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Tetratricopeptide repeat / Helicase conserved C-terminal domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Superkiller protein 3 / Antiviral helicase SKI2 / Antiviral protein SKI8
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Halbach, F. / Reichelt, P. / Rode, M. / Conti, E.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: The Yeast Ski Complex: Crystal Structure and RNA Channeling to the Exosome Complex.
著者: Halbach, F. / Reichelt, P. / Rode, M. / Conti, E.
履歴
登録2013年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: pdbx_database_status / refine
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _refine.pdbx_method_to_determine_struct
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIVIRAL HELICASE SKI2
B: SUPERKILLER PROTEIN 3
C: ANTIVIRAL PROTEIN SKI8
D: ANTIVIRAL PROTEIN SKI8
E: ANTIVIRAL HELICASE SKI2
F: SUPERKILLER PROTEIN 3
G: ANTIVIRAL PROTEIN SKI8
H: ANTIVIRAL PROTEIN SKI8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)738,24728
ポリマ－736,3268
非ポリマー1,92120
水00
1
A: ANTIVIRAL HELICASE SKI2
B: SUPERKILLER PROTEIN 3
C: ANTIVIRAL PROTEIN SKI8
D: ANTIVIRAL PROTEIN SKI8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,22015
ポリマ－368,1634
非ポリマー1,05711
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
E: ANTIVIRAL HELICASE SKI2
F: SUPERKILLER PROTEIN 3
G: ANTIVIRAL PROTEIN SKI8
H: ANTIVIRAL PROTEIN SKI8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,02813
ポリマ－368,1634
非ポリマー8659
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.375, 200.415, 340.179
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.006525, -0.9902, -0.1394), (-0.9893, -0.01391, 0.1451), (-0.1456, 0.1389, -0.9795)-46.94, -60.11, 85.54
2given(-0.01979, -0.9962, -0.08534), (-0.9868, 0.005729, 0.1619), (-0.1608, 0.08742, -0.9831)-50.47, -59.98, 83.21
3given(-0.01483, -0.9908, -0.1345), (-0.9901, -0.004221, 0.1403), (-0.1396, 0.1352, -0.9809)-47.86, -59.61, 86.02
4given(-0.02875, -0.9901, -0.1372), (-0.9875, 0.006868, 0.1573), (-0.1548, 0.1401, -0.978)-48.96, -60.48, 84.5

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要素

#1: タンパク質 ANTIVIRAL HELICASE SKI2 / SUPERKILLER PROTEIN 2 / SKI2


分子量: 115317.445 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-834,1086-1287 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES 835-1085 REPLACED BY A GLY-SER-ARG-GLY LINKER
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / プラスミド: PFASTBAC 1 / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P35207, RNA helicase
#2: タンパク質 SUPERKILLER PROTEIN 3 / SKI3


分子量: 164278.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / プラスミド: PFL / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P17883
#3: タンパク質
ANTIVIRAL PROTEIN SKI8 / SUPERKILLER PROTEIN 8 / SKI8


分子量: 44283.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / プラスミド: PFL / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q02793
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
配列の詳細CHAINS A,E: RESIDUES 835-1085 OF SKI2 (UNP P35207) REPLACED BY A GLY-SER-ARG-GLY LINKER DUE TO WEAK ...CHAINS A,E: RESIDUES 835-1085 OF SKI2 (UNP P35207) REPLACED BY A GLY-SER-ARG-GLY LINKER DUE TO WEAK DENSITY, RESIDUES 218 - 281 (CHAIN A) AND 219 - 281 (CHAIN E) WERE MODELED AS UNKNOWN RESIDUES (UNK)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.1 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: 1.88 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM BISTRIS PH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9788
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→96 Å / Num. obs: 132568 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3.7→3.9 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRIES 1S4U, 4A4Z

1s4u

4a4z


解像度: 3.7→96.124 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2649 6666 5 %
Rwork0.2308 --
obs0.2325 132408 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 139.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→96.124 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数42919 0 100 0 43019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00543880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80559970
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.81214160
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0457039
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037763
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7-3.83230.34436650.331812554X-RAY DIFFRACTION99
3.8323-3.98570.3236340.293112440X-RAY DIFFRACTION99
3.9857-4.16710.29916690.26812469X-RAY DIFFRACTION99
4.1671-4.38680.27297110.241312529X-RAY DIFFRACTION100
4.3868-4.66160.25386610.223512552X-RAY DIFFRACTION99
4.6616-5.02150.25546530.215612521X-RAY DIFFRACTION99
5.0215-5.52680.28826400.23712608X-RAY DIFFRACTION99
5.5268-6.32640.29056850.255912613X-RAY DIFFRACTION99
6.3264-7.97010.25036710.221912695X-RAY DIFFRACTION99
7.9701-96.15620.23126770.194612761X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.57860.83621.25873.4445-0.7647.7561-0.36990.00690.887-0.0737-0.3706-0.46550.2270.36630.34360.5966-0.0794-0.06810.7506-0.09911.0894-61.95198.194868.1701
22.5202-2.97530.725.0998-0.65920.93330.52570.63620.2995-1.0003-0.6264-0.13860.0888-0.02820.19860.8341-0.04430.09090.72610.22630.6663-70.6297-31.762840.5996
32.37180.25572.3850.10630.47444.2337-0.4370.1575-0.7415-0.288-0.09730.53810.0386-0.00510.2141.0776-0.09490.02080.5911-0.1911.0897-75.6619-60.482645.6582
41.5193-0.93450.10840.3748-0.16961.34880.01870.1443-0.2758-0.109-0.06470.22270.68371.1014-0.3990.95620.27490.1760.5289-0.47981.4664-45.291-81.328942.9357
52.6969-0.32340.60214.6874-0.24012.8998-0.1366-0.4842-0.20450.35810.08590.02430.11080.14840.08850.6581-0.07430.1140.61620.15450.6498-60.4752-60.942778.2393
61.0725-0.38970.8443.8048-0.99932.29620.2055-0.3903-0.13090.6943-0.23770.3030.29110.06930.06021.087-0.0220.28480.98610.07930.6107-71.6505-49.9845104.3884
73.0856-0.82740.25881.95640.6761.2145-0.1325-0.1347-0.58010.0235-0.03540.41250.2515-0.17090.16150.7083-0.15810.22020.55450.02950.8312-88.2884-47.491471.6209
81.0218-0.4334-1.56661.8661.07273.1748-0.4008-0.18940.12270.4088-0.01590.47220.7254-0.62840.33831.2228-0.3085-0.14671.95840.09930.7384-67.7658-112.0827156.4374
92.78680.043-2.1560.15140.14233.5659-0.2933-0.80280.31350.32340.41450.10750.52760.1704-0.16961.1192-0.02140.00811.43590.03540.7324-41.8785-109.6485114.428
102.0982-0.7883-1.47412.0473-1.37363.82410.38860.31990.1746-0.1883-0.2818-0.19750.26660.1508-0.1230.62780.0948-0.16880.97450.06120.8984-23.8783-94.488786.7439
111.6782-2.82180.37584.1743-0.55883.16630.26130.24210.3023-0.1565-0.3517-0.51640.43170.55130.05580.72010.10080.22050.94020.1740.716-36.8112-68.247457.6608
122.42451.3333-0.90411.3171-0.13061.7097-0.18060.38890.0975-0.81380.00340.20750.2175-0.20120.18391.04480.1128-0.05750.7058-0.03840.4988-65.7808-48.723931.9439
132.5305-0.71290.4233.0634-1.86592.23230.29040.455-0.1531-0.22340.03430.21470.0635-0.0771-0.3340.6730.0276-0.13020.9021-0.00850.9359-81.3163-18.561633.9289
142.1113-0.54180.59691.63650.37832.38830.0630.11340.5352-0.3958-0.05940.2788-0.7336-0.49090.00460.87960.1033-0.0240.60790.04411.0482-89.83513.805454.649
152.3766-0.2285-1.13661.8898-0.25773.60180.0044-0.56730.12670.2322-0.2006-0.3458-0.10240.67120.11390.5816-0.2045-0.06450.59890.08770.7603-49.1323-10.75667.5534
163.93411.5201-0.91495.1556-0.85315.7721-0.2350.39120.4206-0.55990.46490.86240.1378-0.3936-0.05360.5672-0.06270.05060.47240.13440.6835-66.147-20.087455.0158
173.04570.7099-1.48742.94080.17682.9414-0.1669-0.46680.04240.4864-0.1799-0.05990.4711-0.05660.31430.5745-0.0803-0.01980.58410.050.5645-64.9803-22.32474.8789
182.8948-0.05990.6262.471-0.00723.9993-0.2443-0.66090.50950.5567-0.08740.0676-0.2771-0.14840.33940.75410.07490.10990.6756-0.28081.0171-101.12431.194187.5589
195.1525-1.168-0.24774.6042-3.32078.9895-0.6886-0.1936-0.8047-0.0987-0.1021-0.31471.4998-0.83180.83030.79720.0110.1680.6032-0.11551.2416-100.8117-17.945678.5481
202.2692-0.878-0.40523.3759-0.27442.0814-0.01540.04620.035-0.4623-0.31260.5972-0.5258-0.7180.27170.70370.03950.08210.7674-0.3621.2493-116.0965-7.749772.3834
213.5140.41970.38799.67951.33682.4580.19620.36890.3708-0.8069-0.24771.4259-0.1304-0.89440.29430.6221-0.0605-0.2341.29180.43181.3844-64.160110.742428.549
225.2758-1.6742-0.55292.63221.14040.7126-0.395-0.27731.55610.50870.2334-0.35470.23990.08660.09281.0459-0.04150.1610.92930.25040.522-21.695914.798250.2786
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291.27051.0854-0.61091.0828-0.0791.29150.320.21920.1926-0.2095-0.09440.1620.3675-0.1267-0.16751.53310.0387-0.00611.36880.03440.727843.2847-8.2875-21.8011
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342.9088-0.7353-0.47390.85180.02942.6725-0.0075-0.34431.2939-0.07850.01840.0561-0.8183-0.39650.0430.98050.1602-0.20970.96660.05511.8033-58.380936.463241.3983
353.6975-0.41570.12373.08780.27523.0466-0.10330.77210.152-0.6440.13950.03280.4686-0.1185-0.07760.5793-0.15340.00130.71250.1820.5651-45.6648-1.171624.9281
362.40411.7855-0.30544.8388-1.74253.13380.0152-0.18420.45211.003-0.77790.1661-0.20390.75570.55540.5765-0.14420.03810.79010.43951.1151-37.26128.170741.8366
372.9791.0884-1.53732.4973-1.32663.2429-0.0820.66120.87-0.2307-0.2577-0.1648-0.34430.28070.18940.7556-0.1873-0.17430.99950.43671.2234-33.835415.715123.9229
382.8173-0.4438-0.89411.7555-0.33971.8739-0.33371.02211.6877-0.5529-0.06960.8982-0.9642-0.13520.32291.69210.2864-0.50021.43281.09533.127-59.560153.39714.4949
391.39430.4799-0.2930.3906-0.42810.79310.31840.12042.0940.2056-0.3404-0.787-1.05840.2819-0.60421.7804-0.2593-0.18060.92240.87893.3517-41.64159.019525.8357
404.4438-0.0679-0.95947.24131.36790.49390.2005-0.3770.3465-0.4975-0.751-0.2051-0.29630.04840.57491.62180.1512-0.0981.30780.61942.9522-58.193668.617124.5659
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 8:39)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 45:121)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 122:222)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 223:302)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 303:505)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 506:797)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 798:1287)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID -1:168)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 169:401)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 402:613)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 614:802)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 803:1067)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 1068:1238)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 1239:1432)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN C AND RESID 2:212)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN C AND RESID 213:301)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN C AND RESID 302:397)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN D AND RESID 3:194)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN D AND RESID 195:246)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN D AND RESID 247:397)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN E AND RESID 9:44)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN E AND RESID 45:121)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN E AND RESID 122:186)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN E AND RESID 187:326)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN E AND RESID 327:497)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN E AND RESID 498:801)
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN E AND RESID 802:1287)
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN F AND RESID -1:168)
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN F AND RESID 169:540)
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN F AND RESID 541:779)
31X-RAY DIFFRACTION31(CHAIN F AND RESID 780:934)
32X-RAY DIFFRACTION32(CHAIN F AND RESID 935:1089)
33X-RAY DIFFRACTION33(CHAIN F AND RESID 1090:1269)
34X-RAY DIFFRACTION34(CHAIN F AND RESID 1270:1432)
35X-RAY DIFFRACTION35(CHAIN G AND RESID 2:208)
36X-RAY DIFFRACTION36(CHAIN G AND RESID 209:255)
37X-RAY DIFFRACTION37(CHAIN G AND RESID 256:397)
38X-RAY DIFFRACTION38(CHAIN H AND RESID 3:188)
39X-RAY DIFFRACTION39(CHAIN H AND RESID 189:331)
40X-RAY DIFFRACTION40(CHAIN H AND RESID 332:394)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る