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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4buj | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the S. cerevisiae Ski2-3-8 complex | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / DEXH BOX HELICASE / RNA DEGRADATION / TPR / PROTEIN COMPLEX | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationmRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / protein-DNA complex assembly / Ski complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / reciprocal meiotic recombination / nuclear chromosome / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / regulation of translation ...mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / protein-DNA complex assembly / Ski complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / reciprocal meiotic recombination / nuclear chromosome / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / regulation of translation / protein-containing complex assembly / defense response to virus / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.7 Å | ||||||
Authors | Halbach, F. / Reichelt, P. / Rode, M. / Conti, E. | ||||||
Citation | Journal: Cell(Cambridge,Mass.) / Year: 2013Title: The Yeast Ski Complex: Crystal Structure and RNA Channeling to the Exosome Complex. Authors: Halbach, F. / Reichelt, P. / Rode, M. / Conti, E. | ||||||
| History |
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| Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 4buj.cif.gz | 2.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4buj.ent.gz | 1.8 MB | Display | PDB format |
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| Summary document | 4buj_validation.pdf.gz | 531.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4buj_full_validation.pdf.gz | 570.2 KB | Display | |
| Data in XML | 4buj_validation.xml.gz | 182.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 4buj_validation.cif.gz | 249.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/4buj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/4buj | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
| #1: Protein | Mass: 115317.445 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RESIDUES 1-834,1086-1287 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: RESIDUES 835-1085 REPLACED BY A GLY-SER-ARG-GLY LINKER Source: (gene. exp.) ![]() Strain: S288C / Plasmid: PFASTBAC 1 / Production host: TRICHOPLUSIA NI (cabbage looper) / References: UniProt: P35207, RNA helicase#2: Protein | Mass: 164278.484 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: S288C / Plasmid: PFL / Production host: TRICHOPLUSIA NI (cabbage looper) / References: UniProt: P17883#3: Protein | Mass: 44283.527 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: S288C / Plasmid: PFL / Production host: TRICHOPLUSIA NI (cabbage looper) / References: UniProt: Q02793#4: Chemical | ChemComp-SO4 / Sequence details | CHAINS A,E: RESIDUES 835-1085 OF SKI2 (UNP P35207) REPLACED BY A GLY-SER-ARG-GLY LINKER DUE TO WEAK ...CHAINS A,E: RESIDUES 835-1085 OF SKI2 (UNP P35207) REPLACED BY A GLY-SER-ARG-GLY LINKER DUE TO WEAK DENSITY, RESIDUES 218 - 281 (CHAIN A) AND 219 - 281 (CHAIN E) WERE MODELED AS UNKNOWN RESIDUES (UNK) | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.25 Å3/Da / Density % sol: 71.1 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | pH: 6 / Details: 1.88 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM BISTRIS PH 6.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.9788 |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 23, 2010 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9788 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.7→96 Å / Num. obs: 132568 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 5.8 |
| Reflection shell | Resolution: 3.7→3.9 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SADStarting model: PDB ENTRIES 1S4U, 4A4Z Resolution: 3.7→96.124 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 0 / Phase error: 25.82 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 139.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.7→96.124 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
Citation









PDBj





TRICHOPLUSIA NI (cabbage looper)
