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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bua | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human tankyrase 2 in complex with 2-(4-(methylsulfanyl)phenyl)-3,4-dihydroquinazolin-4-one | ||||||
![]() | TANKYRASE-2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / DIPHTHERIA TOXIN LIKE FOLD / ADP- RIBOSYLATION / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの ...XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear envelope / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Haikarainen, T. / Narwal, M. / Lehtio, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Para-Substituted 2-Phenyl-3,4-Dihydroquinazolin-4-Ones as Potent and Selective Tankyrase Inhibitors. 著者: Haikarainen, T. / Koivunen, J. / Narwal, M. / Venkannagari, H. / Obaji, E. / Joensuu, P. / Pihlajaniemi, T. / Lehtio, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 896.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 899.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4bu3C ![]() 4bu5C ![]() 4bu6C ![]() 4bu7C ![]() 4bu8C ![]() 4bu9C ![]() 4budC ![]() 4bueC ![]() 4bufC ![]() 4buiC ![]() 4busC ![]() 4butC ![]() 4buuC ![]() 4buvC ![]() 4buwC ![]() 4buxC ![]() 4buyC ![]() 3kr7S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 27299.764 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 946-1162 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 367分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/91F.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/91F.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.67 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M LISO4, 0.1 M TRIS HCL, 22% PEG3350, PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月29日 / 詳細: VERTICALLY BENDED MULTILAYER |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND (001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 45858 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.11 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3KR7 解像度: 1.85→45.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.403 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.155 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→45.35 Å
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拘束条件 |
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