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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4btv | ||||||
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タイトル | Structure of PhaZ7 PHB depolymerase in complex with 3HB trimer | ||||||
![]() | PHB DEPOLYMERASE PHAZ7 | ||||||
![]() | HYDROLASE / CATALYTIC TRIAD | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hermawan, S. / Subedi, B. / Papageorgiou, A.C. / Jendrossek, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biochemical Analysis and Structure Determination of Paucimonas Lemoignei Poly(3-Hydroxybutyrate) (Phb) Depolymerase Phaz7 Muteins Reveal the Phb Binding Site and Details of Substrate-Enzyme Interactions. 著者: Jendrossek, D. / Hermawan, S. / Subedi, B. / Papageorgiou, A.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 930.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 933.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36463.238 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 39-380 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q939Q9, poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. 0.1 M NAOAC (PH 5.0), 0.2 M NACL, 20% W/V PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8123 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→19.6 Å / Num. obs: 83783 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.65 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 84.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 1.594→19.848 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 13.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.594→19.848 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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