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万見
- PDB-4bsw: Heterodimeric Fc Antibody Azymetric Variant 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bsw
タイトルHeterodimeric Fc Antibody Azymetric Variant 2
要素(HETERODIMERIC FC ANTIBODY AZYMETRIC VARIANT ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / BISPECIFIC / SCAFFOLD / ANTIBODY ENGINEERING / FC DOMAIN / IGG / IGG1 / IMMUNOGLOBULIN G / ZYMEWORKS INC.
機能・相同性
機能・相同性情報


complement-dependent cytotoxicity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Fc-gamma receptor I complex binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin receptor binding / Initial triggering of complement / IgG immunoglobulin complex / FCGR activation / complement activation, classical pathway ...complement-dependent cytotoxicity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Fc-gamma receptor I complex binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin receptor binding / Initial triggering of complement / IgG immunoglobulin complex / FCGR activation / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / antigen binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / : / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Immunoglobulin heavy constant gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Suits, M.D.L. / Spreter, T. / Cabrera, E.E. / Dixit, S.B. / Lario, P.I. / Poon, D.K.Y. / D'Angelo, I.E.P. / Boulanger, M.J.
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2013
タイトル: Improving Biophysical Properties of a Bispecific Antibody Scaffold to Aid Developability: Quality by Molecular Design.
著者: Von Kreudenstein, T.S. / Escobar-Carbrera, E. / Lario, P.I. / D'Angelo, I. / Brault, K. / Kelly, J. / Durocher, Y. / Baardsnes, J. / Woods, R.J. / Xie, M.H. / Girod, P. / Suits, M.D.L. / ...著者: Von Kreudenstein, T.S. / Escobar-Carbrera, E. / Lario, P.I. / D'Angelo, I. / Brault, K. / Kelly, J. / Durocher, Y. / Baardsnes, J. / Woods, R.J. / Xie, M.H. / Girod, P. / Suits, M.D.L. / Boulanger, M.J. / Poon, D.K.Y. / Ng, G.Y.K. / Dixit, S.B.
履歴
登録2013年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22015年9月23日Group: Data collection
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02025年10月1日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_entry_details ...atom_site / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HETERODIMERIC FC ANTIBODY AZYMETRIC VARIANT 2
B: HETERODIMERIC FC ANTIBODY AZYMETRIC VARIANT 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,71712
ポリマ－50,7752
非ポリマー3,94210
水6,684371
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-9.2 kcal/mol
Surface area31450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.677, 74.715, 148.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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HETERODIMERIC FC ANTIBODY AZYMETRIC VARIANT ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HETERODIMERIC FC ANTIBODY AZYMETRIC VARIANT 2


分子量: 25301.643 Da / 分子数: 1 / 断片: IG GAMMA 1 FC DOMAIN, RESIDUES 106-330 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P01857
#2: タンパク質 HETERODIMERIC FC ANTIBODY AZYMETRIC VARIANT 2


分子量: 25472.904 Da / 分子数: 1 / 断片: IG GAMMA 1 FC DOMAIN, RESIDUES 106-330 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P01857

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糖 , 1種, 2分子

#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1625.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4-5/a4-b1_a6-i1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 379分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細FC HETERODIMERS WERE CONSTRUCTED VIA INTRODUCTION OF THE FOLLOWING MUTATIONS - T350V, L351Y, F405A, ...FC HETERODIMERS WERE CONSTRUCTED VIA INTRODUCTION OF THE FOLLOWING MUTATIONS - T350V, L351Y, F405A, Y407V (MOLECULE A, A), AND T350V, T366L, K392L, T394W (MOLECULE B, B) FC HETERODIMERS WERE CONSTRUCTED VIA INTRODUCTION OF THE FOLLOWING MUTATIONS - T350V, L351Y, F405A, Y407V (MOLECULE A, A), AND T350V, T366L, K392L, T394W (MOLECULE B, B)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.82 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: VIA HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD AT A RATIO OF 2:1 OF 8.5 MG/ML OF AZYMETRIC VARIANT 2 ABOVE A MOTHER LIQUOR SOLUTION COMPOSED OF 5% (V/V) ETHYLENE GLYCOL, 18% (W/V) POLYETHYLENE ...詳細: VIA HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD AT A RATIO OF 2:1 OF 8.5 MG/ML OF AZYMETRIC VARIANT 2 ABOVE A MOTHER LIQUOR SOLUTION COMPOSED OF 5% (V/V) ETHYLENE GLYCOL, 18% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350, AND 0.15 M AMMONIUM IODIDE WITH AID OF MICROSEEDING.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.98005
検出器タイプ: MARRESEARCH MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月12日 / 詳細: COLLIMATING MIRROR WITH TWO STRIPES (SI, RH AND PT)
放射モノクロメーター: KOHZU DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR (DCM), FEATURING INDIRECTLY WATER- COOLED FIRST CRYSTAL AND FLAT, LONG SECOND CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47 Å / Num. obs: 33200 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J6E

2j6e


解像度: 2.15→36.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 9.679 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. IN ORDER TO ACCOMMODATE THE PREFECT 50-50 MIXTURE, RECIPROCAL RELATIONSHIP OF THE AZYMETRIC HETERODIMER ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. IN ORDER TO ACCOMMODATE THE PREFECT 50-50 MIXTURE, RECIPROCAL RELATIONSHIP OF THE AZYMETRIC HETERODIMER PRESENT IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT, TWO POSSIBLE HETERODIMER PAIRS, EACH WITH 0.5 ATOMIC OCCUPANCIES, WERE MODELED. FOR EXAMPLE, THE OCCUPANCY OF ALTERNATIV CONFORMER A CAN BE EQUALLY BE DESCRIBED BY ALTERNATIVE CONFORMER B AND VICE VERSA.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25937 1557 5 %RANDOM
Rwork0.19999 ---
obs0.20296 29307 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.511 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3 Å20 Å20 Å2
2--0.94 Å20 Å2
3---1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→36.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3458 0 243 371 4072
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0197413
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5262.03410148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.5895836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.1425304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.076151158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7221524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0225350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.145→2.201 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 95 -
Rwork0.219 1991 -
obs--92.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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