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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bqs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis shikimate kinase in complex with ADP and a shikimic acid derivative. | ||||||
![]() | SHIKIMATE KINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PHOSPHOTRANSFERASES (ALCOHOL GROUP ACCEPTOR) / SHIKIMIC ACID PATHWAY / INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() shikimate kinase / shikimate metabolic process / Chorismate via Shikimate Pathway / shikimate kinase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Otero, J.M. / Garcia-Doval, C. / Llamas-Saiz, A.L. / Blanco, B. / Prado, V. / Lence, E. / Lamb, H. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C. / van Raaij, M.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mycobacterium tuberculosis shikimate kinase inhibitors: design and simulation studies of the catalytic turnover. 著者: Blanco, B. / Prado, V. / Lence, E. / Otero, J.M. / Garcia-Doval, C. / van Raaij, M.J. / Llamas-Saiz, A.L. / Lamb, H. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2g1kS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18612.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A4Z2, UniProt: P9WPY3*PLUS, shikimate kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.63 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: VAPOR DIFUSION, SITTING DROP, 20% (W/V) PEG 3350, 500 MM LICL AND 100 MM TRIS.HCL PH 7.8, ATP, SHIKIMIC ACID DERIVATIVE, TEMPERATURE 291 K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月3日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9798 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→28.85 Å / Num. obs: 22876 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 79.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2G1K 解像度: 2.15→28.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.399 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY RESIDUES 171-176 ARE DISORDERED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.371 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→28.87 Å
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拘束条件 |
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