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万見
- PDB-4bps: Crystal structure of Chorismatase at 1.08 Angstrom resolution. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bps
タイトルCrystal structure of Chorismatase at 1.08 Angstrom resolution.
要素FKBO
キーワードHYDROLASE / YJGF FOLD
機能・相同性chorismatase / Chorismatase, FkbO/Hyg5 family / : / Chorismatase FkbO/Hyg5-like, N-terminal / ether hydrolase activity / RutC-like superfamily / 3-(2-CARBOXYETHYL)BENZOIC ACID / Chorismatase
機能・相同性情報
生物種STREPTOMYCES HYGROSCOPICUS SUBSP. ASCOMYCETICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.081 Å
データ登録者Juneja, P. / Hubrich, F. / Diederichs, K. / Welte, W. / Andexer, J.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Mechanistic Implications for the Chorismatase Fkbo Based on the Crystal Structure.
著者: Juneja, P. / Hubrich, F. / Diederichs, K. / Welte, W. / Andexer, J.N.
履歴
登録2013年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22014年1月15日Group: Atomic model / Database references / Other
改定 1.32016年6月29日Group: Structure summary
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52019年5月22日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FKBO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4212
ポリマ－37,2271
非ポリマー1941
水11,007611
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.139, 52.250, 52.532
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 FKBO / CHORISMATASE


分子量: 37226.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES HYGROSCOPICUS SUBSP. ASCOMYCETICUS (バクテリア)
プラスミド: PET28A-FKBO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RP-PL1SL2 / 参照: UniProt: Q9KID9
#2: 化合物 ChemComp-3EB / 3-(2-CARBOXYETHYL)BENZOIC ACID / 3-(3-カルボキシフェニル)プロパン酸


分子量: 194.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES PH6.5, 20-23% PEG 4000, HANGING DROP, VAPOUR DIFFUSION, 291 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97794
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月5日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→37.01 Å / Num. obs: 103504 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.09 % / Biso Wilson estimate: 6.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.08→1.12 Å / 冗長度: 1.85 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.77 / % possible all: 47.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: DEV_1358)精密化
XDSデータ削減
XDS位相決定
HKL2MAP位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.081→37.014 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 13.57 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUE 28-33, HAVE LOW ELECTRON DENSITY, RESIDUE 33 GLU SIDE CHAIN IS NOT MODELLED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1465 8867 5 %
Rwork0.1264 --
obs0.1274 103501 79.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 11.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.081→37.014 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2501 0 14 611 3126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012631
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4483605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.246955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088413
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008486
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0808-1.09310.3021640.22071349X-RAY DIFFRACTION19
1.0931-1.1060.2171340.20822726X-RAY DIFFRACTION39
1.106-1.11940.17941680.18623113X-RAY DIFFRACTION44
1.1194-1.13360.17831880.17033671X-RAY DIFFRACTION52
1.1336-1.14850.16621930.15874151X-RAY DIFFRACTION58
1.1485-1.16430.17872570.15184645X-RAY DIFFRACTION65
1.1643-1.18090.15522840.15055077X-RAY DIFFRACTION73
1.1809-1.19850.17793300.1525755X-RAY DIFFRACTION81
1.1985-1.21730.16053420.13885912X-RAY DIFFRACTION84
1.2173-1.23720.17162990.13946033X-RAY DIFFRACTION85
1.2372-1.25860.16213550.13976061X-RAY DIFFRACTION85
1.2586-1.28140.1633320.13486046X-RAY DIFFRACTION86
1.2814-1.30610.15743050.13375948X-RAY DIFFRACTION85
1.3061-1.33280.15533060.12896044X-RAY DIFFRACTION85
1.3328-1.36170.15643560.12396232X-RAY DIFFRACTION88
1.3617-1.39340.15573400.12216244X-RAY DIFFRACTION88
1.3934-1.42830.15743310.11876222X-RAY DIFFRACTION89
1.4283-1.46690.15353430.11146220X-RAY DIFFRACTION89
1.4669-1.510.13473410.10716265X-RAY DIFFRACTION88
1.51-1.55880.13823070.10766200X-RAY DIFFRACTION88
1.5588-1.61450.14323320.10716430X-RAY DIFFRACTION91
1.6145-1.67910.13463080.10856482X-RAY DIFFRACTION91
1.6791-1.75560.12013380.11516510X-RAY DIFFRACTION92
1.7556-1.84810.14413550.11866450X-RAY DIFFRACTION92
1.8481-1.96390.12542940.12226417X-RAY DIFFRACTION90
1.9639-2.11550.12083280.11426729X-RAY DIFFRACTION94
2.1155-2.32840.14193760.12186604X-RAY DIFFRACTION94
2.3284-2.66520.15413160.13266571X-RAY DIFFRACTION93
2.6652-3.35750.13863140.12946665X-RAY DIFFRACTION94
3.3575-37.03590.14493310.12786571X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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