+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bow | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of LamA_E269S from Z. galactanivorans in complex with laminaritriose and laminaritetraose | |||||||||
![]() | ENDO-1,3-BETA-GLUCANASE, FAMILY GH16 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / MARINE LAMINARINASE / FAMILY GH16 GLYCOSIDE HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Labourel, A. / Jeudy, A. / Czjzek, M. / Michel, G. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The Beta-Glucanase Zglama from Zobellia Galactanivorans Evolved a Bent Active Site Adapted for Efficient Degradation of Algal Laminarin 著者: Labourel, A. / Jam, M. / Jeudy, A. / Hehemann, J.H. / Czjzek, M. / Michel, G. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 247.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 197.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 780.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 790.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29219.875 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 136-383 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: DSIJT 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) AND IN HOUSE AT ROSCOFF COLLECTION 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-糖 , 3種, 3分子 ![](data/chem/img/BGC.gif)
#2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose |
---|---|
#3: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose |
#6: 糖 | ChemComp-BGC / |
-非ポリマー , 3種, 548分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
配列の詳細 | THE CONSTRUCTION CONTAINS THE CATALYTIC MODULE ONLY. THE N- TERMINAL PKD MODULE HAS NOT BEEN CLONED. ...THE CONSTRUCTI |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 100 MM MIB PH 4.0, 19% PEG1500, HANGING DROP AT 20 DEGREES CELSIUS MIXING 2 MICROL OF PROTEIN (13.7 MG/ML SUPPLEMENTED WITH 5 MM PURIFIED LAMINARIHEXAOSE) WITH 1 MICROL OF RESERVOIR SOLUTION |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→40.44 Å / Num. obs: 107451 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.42 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.7 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4BQ1 解像度: 1.35→67.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.88 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES, WITH TLS ADDED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.543 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→67.44 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|