PDB-4bol: Crystal structure of AmpDh2 from Pseudomonas aeruginosa in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bol

タイトル

Crystal structure of AmpDh2 from Pseudomonas aeruginosa in complex with pentapeptide

要素

AMPDH2

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Gram-negative-bacterium-type cell wall / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / peptidoglycan turnover / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / outer membrane / peptidoglycan catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Artola-Recolons, C. / Martinez-Caballero, S. / Lee, M. / Carrasco-Lopez, C. / Hesek, D. / Spink, E.E. / Lastochkin, E. / Zhang, W. / Hellman, L.M. / Boggess, B. ...

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Reaction Products and the X-Ray Structure of Ampdh2, a Virulence Determinant of Pseudomonas Aeruginosa.
著者: Martinez-Caballero, S. / Lee, M. / Artola-Recolons, C. / Carrasco-Lopez, C. / Hesek, D. / Spink, E.E. / Lastochkin, E. / Zhang, W. / Hellman, L.M. / Boggess, B. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.

履歴

登録	2013年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月24日	Group: Atomic model / Other
改定 1.2	2013年7月31日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bol.cif.gz	299.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bol.ent.gz	249.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bol.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bol_validation.pdf.gz	968.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bol_full_validation.pdf.gz	976.3 KB	表示
XML形式データ	4bol_validation.xml.gz	25.8 KB	表示
CIF形式データ	4bol_validation.cif.gz	37.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/4bol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/4bol	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bj4C 4bpaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d2y-2 4bpa-d 2g9x-1 6gva-d 4gmj-1 1oi9-1 6guf-1 1p5e-1 6guc-1 3ddp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (4) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (4)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: AMPDH2

B: AMPDH2

ヘテロ分子

58.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.630, 97.234, 104.169
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	AMPDH2 分子量: 28943.820 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HT86
#2: 化合物	ChemComp-J0J / D-alanyl-N-[(2S,6R)-6-amino-6-carboxy-1-{[(1R)-1-carboxyethyl]amino}-1-oxohexan-2-yl]-D-glutamine 分子量: 461.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₁N₅O₉
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 18% PEG 3350, 0.1M BISTRIS PROPANE PH7.0, 0.2M POTASSIUM THIOCYANATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0064
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0064 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→47.63 Å / Num. obs: 54041 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.57 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 12.5 % / R_merge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 3.14 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→45.912 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1783	2747	5.1 %
R_work	0.1474	-	-
obs	0.149	54028	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.912 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3852	0	66	464	4382

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4040
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.368	5512
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.783	1486
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	590
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	730

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7293	0.2608	139	0.2257	2492	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7293-1.7608	0.2419	136	0.2168	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7608-1.7946	0.2286	120	0.1883	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7946-1.8313	0.2283	128	0.1706	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8313-1.8711	0.1902	139	0.1611	2501	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8711-1.9146	0.2037	147	0.1569	2517	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9146-1.9625	0.192	147	0.1482	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9625-2.0156	0.1988	120	0.1467	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0156-2.0749	0.2057	133	0.1495	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0749-2.1418	0.2188	144	0.1497	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1418-2.2184	0.1838	141	0.1427	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2184-2.3072	0.1976	126	0.1376	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3072-2.4122	0.1998	123	0.1421	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4122-2.5394	0.179	141	0.1406	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5394-2.6985	0.2142	139	0.1498	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6985-2.9068	0.1701	132	0.1572	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9068-3.1992	0.1915	158	0.1525	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1992-3.662	0.1524	115	0.1374	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.662-4.6131	0.1384	159	0.122	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6131-45.9292	0.1642	160	0.1573	2766	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6434	1.2135	-0.5676	2.5361	-1.1144	1.7364	0.061	-0.0438	0.6547	-0.359	-0.0135	-0.3839	-0.5513	-0.0611	-0.128	0.4615	0.0246	0.1528	0.1371	0.0129	0.5011	25.9473	17.306	-41.7299
2	2.0615	0.1899	-0.8034	1.4586	0.5698	1.8466	0.0556	-0.3182	0.05	0.1922	0.0116	0.0774	0.0154	0.1428	-0.0911	0.1415	0.0155	0.0078	0.1925	-0.032	0.119	14.513	-1.0922	-16.349
3	2.6231	0.5727	-0.6454	2.5346	0.6065	2.9385	-0.0911	0.0488	-0.3682	0.12	0.0342	0.1502	0.4971	-0.2589	0.1223	0.233	-0.0209	0.0189	0.1709	-0.0049	0.2351	5.2995	-19.7161	-25.7389
4	2.4395	-0.4733	-1.8967	2.3825	2.2722	5.2403	0.1682	-0.2402	0.4719	0.1034	0.0595	-0.0485	-0.7281	0.2439	-0.2278	0.3681	-0.0512	0.0359	0.2503	-0.0565	0.2739	21.3696	11.7907	-17.4065
5	2.0887	-0.1526	-0.5039	1.6736	-0.2574	2.4457	0.121	0.1792	0.4011	-0.117	0.0487	0.0874	-0.4202	-0.0401	-0.1354	0.184	0.005	0.0363	0.1151	0.0071	0.1865	26.4949	7.8596	-45.3651
6	6.1605	0.245	0.1938	6.8953	2.4706	7.528	0.305	0.7736	-0.4736	-0.5633	-0.0419	0.0704	-0.1634	-0.1044	-0.2413	0.2032	0.0289	-0.0127	0.3026	0.0215	0.2357	33.376	0.418	-62.6031
7	2.0791	0.1295	-1.2394	1.6375	-1.2128	5.5351	0.2667	-0.2206	0.5675	-0.0762	0.135	-0.1834	-0.5775	0.5549	-0.3008	0.3	-0.123	0.0789	0.2287	-0.0831	0.3819	39.2569	11.8856	-42.1601
8	2.7006	-0.4184	-1.1186	1.6091	-0.3094	2.6094	-0.0783	-0.0157	0.0907	-0.0361	0.0309	-0.0489	-0.0515	0.059	0.0295	0.1593	0.0031	0.0135	0.1233	-0.0126	0.1631	33.5917	-1.7737	-45.5676
9	5.3381	-1.9524	-0.566	3.3107	1.216	1.9605	-0.2964	-0.4435	0.1736	-0.0069	0.1892	-0.5833	-0.0853	0.7544	0.0795	0.16	-0.0315	0.0219	0.31	-0.0081	0.2936	47.1255	0.0102	-43.7497
10	5.6811	1.2811	0.1769	3.3301	1.4869	3.1774	-0.0194	-0.1192	-0.5514	0.3392	0.0193	-0.7088	0.4652	0.7551	0.0469	0.2649	0.1023	0.0469	0.3624	0.0489	0.3706	50.9815	-19.9635	-44.0714
11	3.1652	-0.7147	-0.9863	2.5303	-0.5538	2.9944	-0.0956	0.0502	-0.3587	-0.0242	0.0043	0.1058	0.2752	0.0613	0.0646	0.1381	0.015	0.0159	0.1261	-0.0352	0.1706	37.8922	-15.5581	-46.6044

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 17 THROUGH 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 38 THROUGH 185 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 186 THROUGH 259 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 17 THROUGH 37 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 38 THROUGH 107 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 108 THROUGH 125 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 126 THROUGH 143 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 144 THROUGH 169 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 170 THROUGH 185 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 186 THROUGH 200 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 201 THROUGH 259 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見 (Yorodumi)