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- PDB-4boc: Structure of mitochondrial RNA polymerase elongation complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4boc
タイトルStructure of mitochondrial RNA polymerase elongation complex
要素
  • 5'-D(*CP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*TP *TP*TP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*GP*CP *GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*TP*G)-3'
  • 5'-R(*AP*GP*UP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP)-3'
  • DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE, MITOCHONDRIAL
キーワードTRANSCRIPTION / RNA POLYMERASE / MITOCHONDRIA / TRANSFERASE / DNA-RNA HYBRID
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial DNA-directed RNA polymerase complex / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / transcription initiation at mitochondrial promoter / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / mitochondrial DNA replication / mitochondrial transcription / mitochondrial nucleoid / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-directed RNA polymerase activity ...Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial DNA-directed RNA polymerase complex / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / transcription initiation at mitochondrial promoter / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / mitochondrial DNA replication / mitochondrial transcription / mitochondrial nucleoid / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / 3'-5'-RNA exonuclease activity / sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, phage-type / : / DNA-dependent RNA polymerase / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 2. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Schwinghammer, K. / Cheung, A. / Morozov, Y. / Agaronyan, K. / Temiakov, D. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structure of Human Mitochondrial RNA Polymerase Elongation Complex
著者: Schwinghammer, K. / Cheung, A.C.M. / Morozov, Y.I. / Agaronyan, K. / Temiakov, D. / Cramer, P.
履歴
登録2013年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22013年10月16日Group: Database references
改定 1.32013年11月20日Group: Database references
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE, MITOCHONDRIAL
N: 5'-D(*CP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*TP *TP*TP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*G)-3'
R: 5'-R(*AP*GP*UP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP)-3'
T: 5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*GP*CP *GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*TP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,0594
ポリマ－145,0594
非ポリマー00
水4,396244
1
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE, MITOCHONDRIAL
N: 5'-D(*CP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*TP *TP*TP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*G)-3'
R: 5'-R(*AP*GP*UP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP)-3'
T: 5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*GP*CP *GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*TP*G)-3'

A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE, MITOCHONDRIAL
N: 5'-D(*CP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*TP *TP*TP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*G)-3'
R: 5'-R(*AP*GP*UP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP)-3'
T: 5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*GP*CP *GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*TP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,1198
ポリマ－290,1198
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_576x,-y+2,-z+11
Buried area19770 Å2
ΔGint-82.5 kcal/mol
Surface area100200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)225.190, 225.190, 225.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE, MITOCHONDRIAL / MTRPOL / MITOCHONDRIAL RNA POLYMERASE


分子量: 123384.539 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 151-1230 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PPROEXHTB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O00411, DNA-directed RNA polymerase
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*TP *TP*TP*CP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*G)-3' / DNA NON-TEMPLATE STRAND


分子量: 8645.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: RNA鎖 5'-R(*AP*GP*UP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*CP)-3' / RNA PRODUCT STRAND


分子量: 4493.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*GP*CP *GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*TP*G)-3' / DNA TEMPLATE STRAND


分子量: 8535.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINAL HIS TAG FOR PURIFICATION FOR CHAIN A

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 8% PEG 4000, 200 MM SODIUM ACETATE, 100 MM TRISODIUM CITRATE (PH=5.5), 10% GLYCEROL, 10 MM DTT, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9188
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→39.8 Å / Num. obs: 54985 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 20.7 % / Biso Wilson estimate: 90.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 20.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SPA

3spa


解像度: 2.65→39.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9549 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9465 / SU R Cruickshank DPI: 0.342 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.337 / SU Rfree Blow DPI: 0.223 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.227
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 2740 4.98 %RANDOM
Rwork0.1793 ---
obs0.1808 54965 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 97.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.415 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→39.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7880 1178 0 244 9302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0099388HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0312981HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3104SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes183HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1226HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9388HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.91
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1179SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10470SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2552 200 4.97 %
Rwork0.2232 3822 -
all0.2248 4022 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12152.06271.24176.9091.56323.37530.0279-0.15660.1844-0.9316-0.11.31260.2334-0.54780.07210.4007-0.05780.0271-0.02490.06450.302734.6558200.41787.9426
20.6907-0.80760.04282.4587-1.02531.37250.05060.0901-0.0626-0.2499-0.1953-0.14710.58650.20050.14470.2080.06450.128-0.09070.078-0.015852.7399225.32180.8777
31.179-0.86810.08272.0306-1.63932.7417-0.0871-0.1255-0.00240.2058-0.0464-0.03230.36660.15810.13340.30780.02040.1236-0.05570.08830.082849.417230.39790.1353
41.1035-0.5090.28751.85330.22331.6111-0.1064-0.1283-0.01380.0256-0.09990.17850.0782-0.35570.2063-0.06930.00360.0672-0.04060.0885-0.132937.1507254.41278.4567
54.33461.90572.642613.9061-1.38637.3147-0.13360.3080.1646-0.25680.1651-0.5938-0.4610.578-0.03150.3781-0.2143-0.153-0.09850.19540.019963.6456248.658118.973
67.59286.8359-3.256412.6239-2.878720.0632-0.2504-0.4543-0.6660.7904-0.04950.30210.287-0.5090.2999-0.1346-0.1290.45590.75510.14660.052218.7199251.941107.704
77.18732.20643.41684.9664-3.428410.2072-0.05770.175-0.32770.5811-0.01090.2348-0.1565-0.31220.06860.1180.21970.0512-0.09520.1176-0.031243.382250.52793.012
82.6925-0.611.85453.4489-0.11175.31830.2902-0.41340.03611.3312-0.16630.26340.2292-0.6949-0.1240.3003-0.09130.184-0.12610.2263-0.258639.7004248.973105.973
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|218 - A|354 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|355 - A|548 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|549 - A|689 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|690 - A|1230 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ N|-26 - N|-18 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ N|-11 - N|0 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ R|1 - R|9 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ T|-9 - T|17 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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