PDB-4bnn: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 2-(2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bnn

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 2-(2- cyanophenoxy)-5-hexylphenol

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / SAFABI

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / : / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Chang, A. / Bommineni, G.R. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Rational Optimization of Drug-Target Residence Time: Insights from Inhibitor Binding to the S. Aureus Fabi Enzyme-Product Complex.
著者: Chang, A. / Schiebel, J. / Yu, W. / Bommineni, G.R. / Pan, P. / Baxter, M.V. / Khanna, A. / Sotriffer, C.A. / Kisker, C.F. / Tonge, P.J.

履歴

登録	2013年5月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bnn.cif.gz	835.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bnn.ent.gz	701.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bnn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4bnn_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bnn_full_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示
XML形式データ	4bnn_validation.xml.gz	93.1 KB	表示
CIF形式データ	4bnn_validation.cif.gz	122.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bnn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bnn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4bnfC 4bngC 4bnhC 4bniC 4bnjC 4bnkC 4bnlC 4bnmC 4alkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4d41-1 4d43-1 6yur-2 4alk-2 4alk-1 4ali-1 4bng-1 4d42-1 6tbc-2 4bni-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

258 kDa, 8 ポリマー
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1

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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2

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.920, 94.600, 94.270
Angle α, β, γ (deg.)	97.92, 111.96, 97.31
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR / ENOYL-ACP REDUCTASE 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0H3JLH9*PLUS, EC: 1.3.1.10
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-JUS / 2-(2-CYANOPHENOXY)-5-HEXYLPHENOL 分子量: 295.376 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₁NO₂
#4: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1038 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M NA/K-PHOSPHATE PH 6.5, 45% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→40.9 Å / Num. obs: 129530 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALK

4alk

解像度: 2.25→40.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 12.791 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20612	6528	5 %	RANDOM
R_work	0.15128	-	-	-
obs	0.15402	122997	97.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.12 Å²	0.19 Å²	0.21 Å²
2-	-	-1.81 Å²	-0.99 Å²
3-	-	-	-1.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→40.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15675	0	620	1038	17333

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	17054
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.761	2.009	23093
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.119	5	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.024	24.837	767
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.61	15	2981
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.162	15	106
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	12750
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.296	1.5	10360
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.104	2	16601
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.737	3	6694
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.577	4.5	6469
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	443	-
R_work	0.241	9075	-
obs	-	-	96.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8371	0.4261	-0.8012	3.8686	-0.1527	0.5895	-0.2025	-0.4539	-0.3122	0.3347	0.1758	-0.2345	0.0567	0.261	0.0266	0.13	0.0655	-0.0432	0.2639	0.0706	0.1121	12.712	32.9831	19.9661
2	4.5829	0.7078	0.0133	0.9429	0.464	2.5551	-0.0301	-0.7503	-0.3221	0.2481	-0.0175	-0.097	0.2939	0.2497	0.0476	0.178	0.0902	0.025	0.2449	0.1471	0.1419	8.7698	29.1903	27.0693
3	1.0302	0.0647	-0.1294	1.4297	-0.0317	0.6648	-0.17	-0.3368	-0.1214	0.2287	0.1006	0.1329	-0.0875	0.0601	0.0694	0.1627	0.0265	0.0264	0.2019	0.0484	0.1144	-0.8844	38.7262	22.3877
4	1.2561	0.0138	0.3858	0.7027	0.4754	1.1492	-0.0535	-0.1665	-0.0144	0.1345	0.0541	0.0643	-0.0286	0.0087	-0.0006	0.1395	-0.0025	-0.0098	0.1492	0.032	0.1414	-3.1769	42.0524	11.4386
5	0.9365	-0.2195	-0.5976	0.5425	-0.4299	1.0771	-0.0575	-0.1274	-0.0464	0.0747	0.1018	0.0333	-0.1009	0.0169	-0.0443	0.2147	0.0045	0.0083	0.146	0.0025	0.1581	2.9775	44.0025	8.112
6	5.4406	0.3755	-4.3424	6.9709	4.2601	7.8444	-0.6169	0.507	-0.6351	0.1471	0.1443	0.3149	0.7986	-0.7188	0.4727	0.163	-0.0759	-0.0184	0.1718	0.0148	0.3508	1.753	23.4961	1.2509
7	1.6817	0.2843	-0.7767	1.1036	-0.1791	0.5188	-0.0423	-0.0956	-0.107	0.0397	0.0161	-0.0402	-0.0187	0.129	0.0262	0.0868	-0.0041	-0.0161	0.1827	0.0213	0.1765	13.6498	36.003	4.1834
8	2.0569	0.1172	-0.2133	2.9976	0.086	2.6613	-0.0072	0.3372	0.207	-0.1096	0.0311	0.1836	-0.4149	-0.4026	-0.0239	0.231	0.1672	-0.0202	0.1831	0.022	0.1028	-22.9725	58.0343	-11.4268
9	2.16	0.0712	0.4933	2.3999	2.3601	7.2113	0.2305	0.2273	0.1968	-0.1874	-0.2366	0.2966	-0.5681	-0.7698	0.0061	0.204	0.2147	-0.0344	0.243	0.0091	0.2193	-30.0444	60.208	-6.821
10	2.3674	-0.1528	0.662	0.6574	0.5434	1.3645	0.013	-0.0269	-0.0381	0.0111	-0.0901	0.2471	-0.3542	-0.3759	0.0771	0.2663	0.1168	0.0313	0.2377	0.0016	0.2177	-24.5258	50.0174	0.9085
11	1.4807	0.119	0.3955	0.6234	0.4961	1.8421	0.0052	0.0285	-0.0427	0.0817	0.0262	0.0947	-0.1556	-0.2031	-0.0314	0.1138	0.0638	0.0022	0.1204	0.0058	0.1712	-13.066	47.838	2.4308
12	1.1847	-0.7647	-0.0919	0.5878	-0.2852	1.2858	0.0126	0.0452	-0.0033	0.0419	-0.0043	0.001	-0.2403	-0.1581	-0.0083	0.1945	0.0289	0.0079	0.1508	0.0178	0.1687	-9.5785	47.3604	-3.4184
13	9.1995	2.7657	-4.9476	4.3931	0.2924	6.7202	0.5146	-0.4945	0.5871	0.1674	-0.1939	-0.0173	-1.1858	0.1856	-0.3207	0.4458	0.0436	-0.0108	0.0493	-0.0205	0.223	-4.4589	68.2366	-0.2571
14	1.135	0.0784	-0.1297	1.9098	0.6189	1.3209	0.0573	0.1631	0.1108	-0.1314	-0.0254	0.0439	-0.2914	-0.088	-0.0319	0.2646	0.0395	0.0094	0.1101	0.0295	0.0911	-6.5985	56.8602	-12.9218
15	4.2911	0.7602	-2.1086	1.925	0.4656	1.4333	0.09	0.6941	0.0528	-0.3376	-0.1473	0.2087	-0.2353	-0.4358	0.0573	0.2853	0.0787	-0.0761	0.3638	0.027	0.062	-4.8654	50.3464	-34.37
16	7.1598	-4.4071	-1.5641	3.8007	2.6025	3.0055	0.2402	0.5657	0.1396	-0.4539	-0.3089	-0.0047	-0.4628	-0.3284	0.0687	0.2522	-0.003	-0.019	0.4094	0.0559	0.0137	-1.688	49.4805	-42.4902
17	1.0246	-0.0379	0.1173	1.4662	0.5635	2.0169	0.0041	0.3355	0.0898	-0.0975	0.0377	-0.0748	-0.3513	0.1148	-0.0418	0.3171	0.0042	0.0796	0.2385	0.0496	0.0871	9.997	52.3804	-34.5504
18	1.6585	-0.5673	0.5682	1.254	-0.0919	0.9942	0.0592	0.1986	0.0898	-0.1437	0.0132	-0.0363	-0.2301	0.0471	-0.0724	0.2333	-0.0336	0.0292	0.1506	0.0023	0.0625	12.2624	49.2675	-23.8361
19	0.7295	-0.1135	-0.2828	0.3185	0.5913	1.4155	0.0137	0.1871	-0.0069	-0.0871	-0.021	-0.0114	-0.1999	0.0721	0.0073	0.2004	-0.0271	0.0058	0.1456	0.0191	0.1348	6.8887	50.4977	-19.536
20	9.5016	2.8618	-4.8348	3.2271	-2.9365	5.3101	-0.4317	0.3277	-0.8928	-0.2461	0.0404	-0.0856	0.5668	0.06	0.3913	0.1606	0.0043	-0.0021	0.1268	-0.1005	0.2521	1.133	30.0788	-23.6325
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精密化 TLSグループ

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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