PDB-4bnm: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-he...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bnm

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-hexyl- 2-(2-methylphenoxy)phenol

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / SAFABI

機能・相同性

機能・相同性情報

: / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Chang, A. / Bommineni, G.R. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Rational Optimization of Drug-Target Residence Time: Insights from Inhibitor Binding to the S. Aureus Fabi Enzyme-Product Complex.
著者: Chang, A. / Schiebel, J. / Yu, W. / Bommineni, G.R. / Pan, P. / Baxter, M.V. / Khanna, A. / Sotriffer, C.A. / Kisker, C.F. / Tonge, P.J.

履歴

登録	2013年5月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4bnm.ent.gz	689.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4bnm_full_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示
XML形式データ	4bnm_validation.xml.gz	90.7 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bnm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bnm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4bnfC 4bngC 4bnhC 4bniC 4bnjC 4bnkC 4bnlC 4bnnC 4alkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bni-2 4bnf-1 6tbb-2 4bnj-2 4ali-2 4bnh-1 4bng-1 4bni-1 6tbb-1 6yur-1 4d44-2 4alj-2 4d44-1 6yur-3 4bnl-1 2qio-d 4d42-2 4all-d 4cuz-2 4d42-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

258 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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2

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.110, 94.800, 94.570
Angle α, β, γ (deg.)	98.02, 112.18, 97.44
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR / ENOYL-ACP REDUCTASE 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0H3JLH9*PLUS, EC: 1.3.1.10
#2: 化合物	ChemComp-TCU / 5-HEXYL-2-(2-METHYLPHENOXY)PHENOL / 2-(O-TOLYLOXY)-5-HEXYLPHENOL / 2-(2-メチルフェノキシ)-5-ヘキシルフェノ-ル分子量: 284.393 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.4 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M NA/K-PHOSPHATE PH 6.5, 47% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→46.4 Å / Num. obs: 113028 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALK

4alk

解像度: 2.35→46.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 13.11 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21188	5716	5.1 %	RANDOM
R_work	0.14835	-	-	-
obs	0.15154	107312	97.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.529 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.47 Å²	-0.21 Å²	1.05 Å²
2-	-	-2.14 Å²	-2.49 Å²
3-	-	-	-0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15675	0	602	1116	17393

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	16795
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.694	2.009	22751
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.974	5	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.502	24.96	750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.141	15	2926
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.442	15	97
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	2550
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	12529
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.171	1.5	10215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.966	2	16370
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.627	3	6580
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.389	4.5	6358
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	408	-
R_work	0.229	7879	-
obs	-	-	96.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2637	1.0541	-2.0749	2.3162	1.1267	5.2296	-0.0194	0.2649	0.0859	-0.1775	-0.1092	0.1637	-0.3275	-0.1751	0.1287	0.2088	0.0494	-0.0759	0.0755	0.0134	0.1329	-35.2634	3.9023	20.1712
2	3.6209	1.9542	0.5167	5.5476	-0.2631	2.9012	-0.2335	0.1661	0.3998	-0.668	0.0207	0.4538	-0.5756	-0.1592	0.2128	0.2493	0.0609	-0.0905	0.0638	0.0383	0.135	-34.654	12.4663	18.9279
3	1.0705	-0.329	-0.4938	1.6393	-0.128	1.52	-0.0063	-0.0725	0.203	-0.0233	-0.0491	0.0833	-0.339	-0.082	0.0553	0.1999	0.0097	-0.0304	0.0882	0.0083	0.1292	-30.2231	10.4914	32.4664
4	1.587	-0.0275	0.0613	1.0359	-0.07	0.723	0.0463	0.0451	0.0394	-0.0441	-0.0491	0.0746	-0.148	-0.0792	0.0028	0.1433	-0.0153	0.0006	0.0958	0.014	0.1116	-24.3441	1.4687	36.902
5	1.2645	0.0499	-0.4609	1.573	0.5002	1.2411	-0.1143	-0.01	-0.0879	0.0335	0.0081	0.0714	-0.0416	-0.0695	0.1061	0.1304	-0.0086	-0.0149	0.1138	0.0268	0.1004	-27.8176	-4.5167	35.4905
6	3.3504	0.1774	-1.127	8.6128	5.2459	5.1454	0.0191	0.3146	0.1469	-0.5653	0.2369	-0.9545	-0.3012	0.3975	-0.2559	0.1588	-0.0665	0.0573	0.33	0.0735	0.2185	-13.6345	-4.5579	18.9003
7	0.8688	0.5776	0.052	1.1404	0.2943	1.7001	0.0092	0.0654	-0.0095	-0.1315	-0.0203	0.0805	-0.0504	-0.0389	0.0112	0.0905	-0.0191	-0.0206	0.1012	0.0136	0.1372	-29.2937	-11.0167	23.2292
8	2.455	-1.2248	-1.9513	2.1809	0.8392	4.3721	-0.2742	-0.3108	-0.2062	0.3839	0.2714	-0.06	0.3291	0.2861	0.0028	0.2308	0.0401	-0.0422	0.1437	-0.0123	0.0594	-5.7198	-12.4262	61.6374
9	3.1139	-1.3096	-0.3736	3.712	1.5049	2.2517	-0.13	-0.289	0.0705	0.7527	0.1851	-0.269	0.1697	0.4093	-0.0552	0.2111	0.0446	-0.0778	0.2054	-0.035	0.0538	-3.9799	-6.0914	67.1375
10	1.8142	-0.9692	-0.5028	1.8839	1.0108	2.3485	-0.0487	-0.125	0.1098	0.229	0.1143	-0.2019	-0.2047	0.161	-0.0656	0.1866	-0.0213	-0.0155	0.1417	-0.013	0.0515	-7.6302	0.6014	55.2524
11	1.7946	-0.4169	0.1034	1.3629	0.5735	0.8302	0.0429	-0.0338	0.0581	0.0347	0.0427	-0.0873	-0.1239	0.0561	-0.0857	0.1504	-0.0174	0.0203	0.1116	0.0177	0.0633	-15.261	-2.912	47.3148
12	0.8271	-0.5665	-0.4773	0.5221	0.2898	2.0045	-0.0558	-0.0425	-0.02	0.0814	0.0386	-0.0084	0.0585	0.0325	0.0172	0.1453	-0.0109	0.0096	0.1056	0.0239	0.11	-14.2535	-9.4427	45.3148
13	3.4204	4.3036	-0.2561	13.3239	1.342	1.7289	0.1719	-0.0712	0.219	1.091	-0.2127	0.8376	0.1308	-0.2206	0.0408	0.309	0.0102	0.1482	0.2055	0.0207	0.0952	-29.0686	-14.1917	60.3177
14	0.9294	0.9165	-0.6991	2.1813	0.5762	1.7941	0.0311	-0.0583	0.0032	0.2166	-0.0256	0.0114	0.1112	0.0626	-0.0055	0.1777	0.0492	0.0048	0.1087	0.045	0.1137	-15.5181	-21.2765	52.1904
15	3.1368	0.6765	-0.3255	1.8121	0.9177	2.9677	0.0187	-0.0351	-0.3988	0.4642	0.1332	-0.3266	0.0845	0.2359	-0.1519	0.223	0.092	-0.0855	0.109	0.0238	0.193	-2.4365	-38.8124	46.3495
16	3.5528	-0.6675	-0.521	2.5212	3.0437	4.1184	-0.1307	-0.1393	-0.2847	0.2658	0.2597	-0.2908	0.1607	0.256	-0.129	0.2603	0.0912	-0.0834	0.0895	0.0149	0.3088	0.0359	-47.0777	44.4882
17	1.6059	-0.3026	-0.2093	0.7982	0.3947	0.8457	-0.0104	-0.0617	-0.4206	0.1886	0.1454	0.0117	0.3417	-0.0102	-0.135	0.2594	0.0109	-0.0085	0.0519	0.0085	0.2227	-13.9111	-46.4568	40.4211
18	0.6991	-0.2648	0.5066	1.2985	0.2699	1.9017	-0.0736	0.0025	-0.1669	0.157	-0.0313	-0.0331	0.2428	-0.0618	0.1049	0.1212	0.0102	0.0413	0.0569	0.0305	0.1776	-19.7108	-37.5435	36.1851
19	1.6536	-0.31	-0.4151	0.8658	1.4154	2.3237	-0.1342	0.0241	-0.176	0.1466	0.0078	0.074	0.2498	0.0312	0.1263	0.1595	0.0029	0.0276	0.0767	0.0453	0.1886	-18.917	-31.7859	40.2045
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42	X-RAY DIFFRACTION	42	F	215 - 256
43	X-RAY DIFFRACTION	43	G	3 - 29
44	X-RAY DIFFRACTION	44	G	30 - 61
45	X-RAY DIFFRACTION	45	G	62 - 104
46	X-RAY DIFFRACTION	46	G	105 - 154
47	X-RAY DIFFRACTION	47	G	155 - 193
48	X-RAY DIFFRACTION	48	G	194 - 214
49	X-RAY DIFFRACTION	49	G	215 - 256
50	X-RAY DIFFRACTION	50	H	3 - 29
51	X-RAY DIFFRACTION	51	H	30 - 61
52	X-RAY DIFFRACTION	52	H	62 - 104
53	X-RAY DIFFRACTION	53	H	105 - 154
54	X-RAY DIFFRACTION	54	H	155 - 193
55	X-RAY DIFFRACTION	55	H	194 - 214
56	X-RAY DIFFRACTION	56	H	215 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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