PDB-4bnl: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 2- p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bnl

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 2- phenoxy-5-(2-propenyl)phenol

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / SAFABI

機能・相同性

機能・相同性情報

: / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Chang, A. / Bommineni, G.R. / Tonge, P.J. / Kisker, C.F.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Rational Optimization of Drug-Target Residence Time: Insights from Inhibitor Binding to the S. Aureus Fabi Enzyme-Product Complex.
著者: Chang, A. / Schiebel, J. / Yu, W. / Bommineni, G.R. / Pan, P. / Baxter, M.V. / Khanna, A. / Sotriffer, C.A. / Kisker, C.F. / Tonge, P.J.

履歴

登録	2013年5月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4bnl.ent.gz	704.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4bnl_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bnl_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	4bnl_validation.xml.gz	92.3 KB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	4bnfC 4bngC 4bnhC 4bniC 4bnjC 4bnkC 4bnmC 4bnnC 4alkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bni-2 4bnh-1 4bnn-2 4d41-1 4d42-1 5g0v-d 4bnm-1 1dfh-1 4bnh-2 4bnj-2 4d44-2 4bng-1 4ali-2 6yur-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

258 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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2

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.810, 94.510, 94.930
Angle α, β, γ (deg.)	97.92, 112.85, 97.02
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENOYL-ACP REDUCTASE / ENR 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0H3JLH9*PLUS, EC: 1.3.1.10
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-W1G / 2-PHENOXY-5-(2-PROPENYL)PHENOL 分子量: 226.270 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M NA/K-PHOSPHATE PH 6.5, 40% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→42.8 Å / Num. obs: 147365 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALK

4alk

解像度: 2.15→42.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 9.855 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19621	7419	5 %	RANDOM
R_work	0.14592	-	-	-
obs	0.14842	139942	96.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.514 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.78 Å²	0.01 Å²	0.17 Å²
2-	-	-1.69 Å²	-1.33 Å²
3-	-	-	-1.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→42.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15675	0	600	1133	17408

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	17023
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.834	2.008	23052
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.861	5	2127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.88	24.843	764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.885	15	2982
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.292	15	105
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	12733
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.431	1.5	10367
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.219	2	16609
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.085	3	6656
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.023	4.5	6421
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	543	-
R_work	0.249	10256	-
obs	-	-	96.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9898	-0.3204	0.5801	1.683	0.9161	2.5343	0.1381	0.1322	-0.0943	-0.4158	-0.203	0.3355	-0.3459	-0.2919	0.0649	0.1303	0.0453	-0.1019	0.09	0.0168	0.1495	-35.1554	3.7081	20.1392
2	2.8308	1.2546	0.7093	4.4622	1.0508	2.3114	-0.0111	0.1303	0.2214	-0.6158	-0.1002	0.3485	-0.4077	-0.1318	0.1113	0.2376	0.0731	-0.0902	0.1132	0.0635	0.1313	-34.0572	12.4796	18.933
3	1.7941	-0.6111	0.7152	1.3822	-0.1478	1.3341	0.0117	0.1116	0.2249	-0.0841	-0.1037	0.1998	-0.4051	-0.0953	0.092	0.1819	0.017	-0.0126	0.1103	0.02	0.1747	-29.5077	10.6743	32.362
4	1.9839	-0.4918	0.2366	1.4826	-0.029	1.0787	-0.0156	-0.0553	0.0415	0.0232	-0.057	0.1329	-0.1623	-0.0768	0.0727	0.1207	-0.0259	0.0337	0.1003	0.0188	0.104	-24.1813	1.612	36.9875
5	0.6306	-0.2866	-0.2907	1.8634	0.1288	1.2055	-0.1127	0.0013	-0.0945	-0.0047	-0.0229	0.1426	-0.024	-0.0995	0.1355	0.1138	-0.0217	0.0193	0.1372	0.0052	0.1392	-27.7557	-4.7844	35.5896
6	6.7536	-1.3487	-2.6482	6.4801	4.6256	4.3595	0.1648	0.3079	0.1741	-0.7345	0.5548	-1.6253	-0.5328	0.3662	-0.7196	0.2502	-0.0724	0.1375	0.3228	-0.02	0.6459	-13.264	-4.6775	18.9893
7	1.6412	-0.2723	-0.1936	1.9417	0.306	2.1111	-0.0295	0.1072	-0.1427	-0.2345	-0.1046	0.2112	-0.0044	-0.0838	0.1341	0.0719	-0.0219	-0.0448	0.1163	-0.0141	0.1479	-29.1431	-11.0242	23.0617
8	3.4949	-1.1807	-0.2229	3.1831	0.3202	2.5465	-0.0627	-0.1542	-0.1762	0.7197	0.0359	-0.1838	0.1739	0.1226	0.0268	0.247	0.0342	-0.0586	0.1311	0.0047	0.031	-5.9118	-12.5909	61.9429
9	3.1901	-1.4667	-0.8296	4.3254	2.2832	3.0329	-0.0075	-0.4245	0.1244	0.8282	0.0653	-0.2882	0.3626	0.1797	-0.0579	0.2821	0.0005	-0.0704	0.2307	0.0132	0.0292	-4.4287	-6.2958	67.4468
10	1.5711	-0.4104	0.3074	1.1973	0.4675	1.5932	-0.0264	-0.138	0.2265	0.2988	0.089	-0.1595	-0.1425	0.2258	-0.0626	0.1581	-0.0285	-0.0159	0.1774	-0.0015	0.1057	-7.6656	0.6559	55.5523
11	1.901	-0.4838	0.2136	1.3572	0.3567	1.0913	0.0415	-0.0632	0.0507	0.1264	-0.0352	-0.0873	-0.1259	0.069	-0.0063	0.1402	-0.0248	0.0285	0.1287	0.0136	0.057	-15.1539	-2.8051	47.5218
12	0.8805	-0.4963	-0.3933	1.3776	0.6433	2.6975	-0.0767	-0.0167	0.0319	0.2398	0.0437	-0.0196	0.0864	-0.0134	0.033	0.1395	-0.0198	0.0151	0.103	0.031	0.1017	-14.2076	-9.4887	45.3359
13	6.9678	1.75	-1.4077	8.5037	1.8072	0.8732	0.2668	-0.6832	0.5028	0.643	-0.654	1.808	0.1317	-0.0658	0.3873	0.5602	-0.0141	0.1808	0.5287	-0.0622	0.4117	-29.5279	-14.254	60.1023
14	0.1009	0.031	-0.0032	1.7699	0.5569	2.0011	-0.0263	-0.1118	-0.016	0.3382	0.0282	0.0728	0.2615	0.0356	-0.0019	0.2109	0.0193	0.0378	0.137	0.0409	0.0964	-15.9751	-21.449	52.4293
15	2.759	-0.001	0.0506	2.2321	2.7566	3.5227	0.1535	-0.103	-0.2524	0.4214	0.1152	-0.2741	0.4075	0.1465	-0.2686	0.3073	0.1035	-0.0811	0.0914	0.0453	0.1506	-2.5519	-38.7523	46.4803
16	2.6088	0.1885	0.8453	3.6707	4.2568	7.53	-0.1331	-0.075	-0.3569	0.5266	0.1894	-0.5305	0.6027	0.3958	-0.0563	0.3141	0.1346	-0.0672	0.1216	0.0712	0.3267	-0.2564	-46.8776	44.6447
17	2.0888	-0.5928	-0.5198	1.7901	0.2274	1.1965	0.0387	-0.0292	-0.4753	0.2334	-0.0008	0.0678	0.3901	0.0729	-0.038	0.3033	0.0511	0.0156	0.0113	0.0185	0.1984	-14.0206	-46.374	40.5165
18	0.9942	-0.2039	0.6432	1.8601	0.1677	2.6527	0.0649	-0.0321	-0.2535	0.253	-0.0363	0.1866	0.207	0.0579	-0.0286	0.1345	0.0237	0.0404	0.045	0.0042	0.19	-19.7306	-37.5268	36.2694
19	1.5253	-0.1498	-0.4337	1.0892	0.7463	1.6291	-0.0196	-0.0301	-0.2378	0.207	0.0043	0.1305	0.1759	0.0885	0.0153	0.1983	0.0223	0.0624	0.073	0.0306	0.1611	-18.9592	-31.691	39.9505
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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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