PDB-4bni: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 2-(2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bni

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 2-(2- aminophenoxy)-5-hexylphenol

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / SAFABI

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / : / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Chang, A. / Bommineni, G.R. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Rational Optimization of Drug-Target Residence Time: Insights from Inhibitor Binding to the S. Aureus Fabi Enzyme-Product Complex.
著者: Chang, A. / Schiebel, J. / Yu, W. / Bommineni, G.R. / Pan, P. / Baxter, M.V. / Khanna, A. / Sotriffer, C.A. / Kisker, C.F. / Tonge, P.J.

履歴

登録	2013年5月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bni.cif.gz	831.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bni.ent.gz	698 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bni.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4bni_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bni_full_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示
XML形式データ	4bni_validation.xml.gz	91.1 KB	表示
CIF形式データ	4bni_validation.cif.gz	121.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bni	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4bnfC 4bngC 4bnhC 4bnjC 4bnkC 4bnlC 4bnmC 4bnnC 4alkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bnh-1 4bnj-2 4d44-1 4bnf-1 4bnm-1 6yur-3 6tbb-1 4d41-2 4bng-2 4d44-2 6tbc-1 4cuz-1 4d45-1 4d42-2 4all-d 6tbb-2 4alj-2 4ali-2 4cuz-2 4bnm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

258 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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2

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.470, 94.640, 94.850
Angle α, β, γ (deg.)	97.89, 112.98, 96.92
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR / ENOYL-ACP REDUCTASE 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0H3JLH9*PLUS, EC: 1.3.1.10
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-P1F / 2-(2-azanylphenoxy)-5-hexyl-phenol 分子量: 285.381 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₃NO₂
#4: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1087 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M NA/K-PHOSPHATE PH 6.5, 45% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→38.6 Å / Num. obs: 139578 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALK

4alk

解像度: 2.2→37.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 11.171 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19962	7016	5 %	RANDOM
R_work	0.14695	-	-	-
obs	0.14958	132558	97.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.433 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.69 Å²	-0.3 Å²	1.56 Å²
2-	-	-2.04 Å²	-1.39 Å²
3-	-	-	-0.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15668	0	622	1087	17377

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	16912
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.739	2.009	22901
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.837	5	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.222	24.894	756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.074	15	2949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.147	15	101
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	2562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	12625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.339	1.5	10284
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.151	2	16475
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.876	3	6628
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.701	4.5	6405
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	494	-
R_work	0.252	9742	-
obs	-	-	96.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7789	0.827	-0.4256	1.5393	-0.0097	3.0352	-0.1391	0.1363	-0.1372	-0.3685	-0.0027	0.1971	-0.2963	-0.2506	0.1418	0.1486	0.0413	-0.0887	0.0951	0.0142	0.1423	-35.372	3.7863	20.1728
2	4.2214	2.1812	0.4456	4.7539	1.2049	2.5613	-0.0037	0.1173	0.4452	-0.4882	-0.158	0.432	-0.4153	-0.1705	0.1617	0.2181	0.0732	-0.0988	0.1324	0.0732	0.1864	-34.2451	12.3236	18.7777
3	1.1327	-0.6634	0.8603	1.3976	-0.1546	0.9744	-0.0734	-0.0078	0.1292	-0.1305	-0.0124	0.1078	-0.3277	-0.0899	0.0858	0.2784	0.0428	0.0126	0.1165	0.0315	0.1623	-29.8554	10.6296	32.3538
4	1.7629	-0.3321	0.1458	1.3099	-0.0054	0.9024	0.0489	-0.0971	0.0159	0.026	-0.0658	0.1608	-0.2052	-0.0451	0.0169	0.0815	0.0052	-0.0173	0.0857	0.0222	0.0845	-24.2734	1.511	36.9784
5	0.9978	0.6967	-0.3345	1.2649	-0.4438	1.9919	-0.0431	0.0365	0.0028	-0.0803	-0.0007	0.1033	-0.1085	-0.1212	0.0438	0.0429	0.0192	-0.0363	0.0814	-0.0018	0.0878	-27.9588	-4.5958	35.5397
6	5.5555	-2.0541	-2.2934	4.586	5.2362	6.0361	0.06	0.3989	0.2857	-0.2882	0.4907	-0.6247	-0.2939	0.5774	-0.5507	0.3416	-0.0733	0.0911	0.3608	0.0686	0.3587	-13.2776	-4.6019	19.0652
7	1.3082	0.1396	0.1432	1.5203	0.4004	1.4242	-0.0958	0.116	-0.063	-0.1087	-0.0438	0.2448	0.0165	-0.0213	0.1397	0.0464	-0.0079	-0.0577	0.1261	0.0116	0.1334	-29.0259	-10.9923	23.078
8	1.0938	-0.9811	0.0947	4.5104	1.2971	1.643	-0.0514	-0.1368	-0.0155	0.5872	0.0669	-0.1831	0.0508	0.1952	-0.0156	0.1895	0.0361	-0.0655	0.2029	0.0173	0.0301	-6.3513	-12.4996	62.3735
9	4.8738	-4.1143	-1.5026	6.3143	2.3736	3.244	-0.2161	-0.6092	0.105	0.7756	0.3611	-0.1843	0.2237	0.5635	-0.145	0.2461	0.017	-0.0984	0.2843	-0.0168	0.0687	-4.3455	-6.2564	67.6404
10	2.3886	-0.3934	0.0091	0.7981	0.5235	2.4996	0.0677	-0.1864	0.2235	0.2954	-0.0246	-0.0873	-0.2145	0.1986	-0.043	0.2284	-0.0393	-0.0192	0.2006	-0.0196	0.1322	-7.5918	0.5707	55.7695
11	1.3963	-0.5678	-0.2128	1.0636	0.3221	1.2396	-0.0935	-0.0629	0.0047	0.0631	0.0268	-0.0333	-0.1076	0.0887	0.0667	0.0442	-0.0168	-0.0086	0.1019	0.0013	0.0402	-15.2433	-2.9745	47.553
12	0.4696	-0.6379	-0.2482	1.3139	0.4051	2.1917	-0.0332	-0.0819	0.0341	0.1149	0.0131	-0.0166	-0.0218	0.1007	0.0201	0.042	-0.0134	-0.0316	0.125	0.0287	0.0878	-14.51	-9.4971	45.5695
13	6.3633	0.9505	-1.4195	14.4514	1.3459	0.489	-0.01	-0.2453	0.1887	0.871	-0.106	1.412	0.0864	0.0201	0.116	0.3668	0.0132	0.1767	0.3126	0.0289	0.172	-29.4118	-14.1374	60.3514
14	1.0666	0.2846	-0.1858	1.495	0.3968	1.3193	0.0081	-0.0962	-0.039	0.358	-0.0201	0.1186	0.1587	0.0314	0.012	0.1095	0.0289	0.0162	0.1036	0.0241	0.0599	-15.8907	-21.4045	52.3842
15	1.7558	0.3986	0.5708	2.9862	1.7581	2.0524	0.1128	-0.1872	-0.2868	0.3356	0.0605	-0.2641	0.3507	0.2696	-0.1733	0.2626	0.1452	-0.0671	0.2188	0.0454	0.1621	-2.6875	-38.916	47.0447
16	2.3692	0.5238	0.2633	4.5796	4.4531	7.6022	-0.1411	-0.1599	-0.3434	0.5462	0.2583	-0.458	0.4534	0.4384	-0.1173	0.3295	0.1754	-0.0495	0.1324	0.0538	0.2143	-0.1523	-46.932	44.9913
17	1.2294	-0.8527	-0.331	1.7523	-0.3865	1.151	-0.1094	-0.0151	-0.3819	0.0907	0.029	0.1207	0.5076	0.0246	0.0804	0.3618	0.0475	0.0105	0.0344	0.0329	0.2132	-14.0636	-46.509	40.4818
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19	1.4116	-0.5714	-0.1402	0.9137	0.3485	1.1072	-0.0436	-0.0159	-0.1999	0.1045	0.0138	0.0922	0.2557	0.0486	0.0298	0.1238	-0.0117	0.0549	0.0335	0.0141	0.1115	-18.9507	-31.6369	40.0312
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44	X-RAY DIFFRACTION	44	G	30 - 61
45	X-RAY DIFFRACTION	45	G	62 - 104
46	X-RAY DIFFRACTION	46	G	105 - 154
47	X-RAY DIFFRACTION	47	G	155 - 193
48	X-RAY DIFFRACTION	48	G	194 - 214
49	X-RAY DIFFRACTION	49	G	215 - 256
50	X-RAY DIFFRACTION	50	H	3 - 29
51	X-RAY DIFFRACTION	51	H	30 - 61
52	X-RAY DIFFRACTION	52	H	62 - 104
53	X-RAY DIFFRACTION	53	H	105 - 154
54	X-RAY DIFFRACTION	54	H	155 - 193
55	X-RAY DIFFRACTION	55	H	194 - 214
56	X-RAY DIFFRACTION	56	H	215 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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