PDB-4bnh: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-he...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bnh

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-hexyl- 2-phenoxyphenol

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / LIPID SYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

: / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Chang, A. / Bommineni, G.R. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Rational Optimization of Drug-Target Residence Time: Insights from Inhibitor Binding to the S. Aureus Fabi Enzyme-Product Complex.
著者: Chang, A. / Schiebel, J. / Yu, W. / Bommineni, G.R. / Pan, P. / Baxter, M.V. / Khanna, A. / Sotriffer, C.A. / Kisker, C.F. / Tonge, P.J.

履歴

登録	2013年5月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bnh.cif.gz	833.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bnh.ent.gz	698.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bnh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4bnh_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bnh_full_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示
XML形式データ	4bnh_validation.xml.gz	91.8 KB	表示
CIF形式データ	4bnh_validation.cif.gz	122 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bnh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bnh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4bnfC 4bngC 4bniC 4bnjC 4bnkC 4bnlC 4bnmC 4bnnC 4alkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bnj-2 4d44-2 4bnf-1 4bni-1 4d42-2 4bnl-1 4alk-1 4fs3-1 4ali-2 4bnm-1 4bnm-2 6tbb-2 4alj-2 4bng-1 4d42-1 6tbc-1 4d44-1 4bni-2 4bnf-2 4d43-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

258 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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2

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.460, 94.580, 94.810
Angle α, β, γ (deg.)	98.00, 112.68, 96.93
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR / ENOYL-ACP REDUCTASE 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0H3JLH9*PLUS, EC: 1.3.1.10
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-6PN / 5-hexyl-2-phenoxyphenol / 2-フェノキシ-5-ヘキシルフェノ-ル分子量: 270.366 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1074 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M NA/K-PHOSPHATE PH 6.5, 38% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→33.5 Å / Num. obs: 150132 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALK

4alk

解像度: 2.15→33.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 10.09 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19634	7553	5 %	RANDOM
R_work	0.14664	-	-	-
obs	0.14912	142575	97.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.59 Å²	-0.35 Å²	1.29 Å²
2-	-	-2.18 Å²	-1.12 Å²
3-	-	-	-0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→33.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15675	0	614	1074	17363

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	16947
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.854	2.008	22948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.027	5	2119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.828	24.823	761
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.264	15	2960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.191	15	105
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	2568
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	12661
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.512	1.5	10301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.358	2	16508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.229	3	6646
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.142	4.5	6415
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	558	-
R_work	0.247	10405	-
obs	-	-	97.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.937	0.7548	-1.8863	2.9523	1.0673	2.6915	-0.009	0.2936	-0.02	-0.4222	-0.1275	0.2943	-0.3257	-0.2261	0.1365	0.1439	0.0439	-0.0974	0.0904	0.0234	0.145	-35.2998	3.9101	20.2372
2	2.7599	1.5779	-0.6781	4.7684	0.6656	3.0072	-0.183	0.1125	0.1158	-0.7607	0.0327	0.1828	-0.5292	-0.2738	0.1503	0.2503	0.079	-0.1272	0.1769	0.0614	0.234	-34.2017	12.4487	18.8788
3	0.6519	-0.8048	0.2384	1.131	-0.3263	1.0284	0.0013	0.0514	0.0635	-0.0299	-0.0393	0.1019	-0.3911	0.0075	0.0379	0.184	0.0268	-0.0644	0.1492	0.02	0.2479	-29.9745	10.7281	32.3845
4	1.5698	-0.2712	0.2357	1.0164	-0.0615	0.6827	0.057	-0.0832	-0.0182	0.016	-0.0654	0.1229	-0.1838	-0.0113	0.0084	0.0679	0.0072	-0.0085	0.1218	0.0223	0.1145	-24.039	1.4523	36.9244
5	0.2817	0.2943	-0.1867	1.2985	-0.2977	1.6837	-0.0992	0.032	-0.0845	-0.0193	-0.0187	0.0854	0.0073	-0.0575	0.1179	0.0717	0.0013	-0.0008	0.0985	-0.0098	0.1349	-27.7499	-4.6227	35.5092
6	5.1478	0.2853	-1.3898	6.6248	3.5829	3.9516	-0.0091	0.2528	0.1411	-0.5687	0.2972	-0.9007	-0.3223	0.406	-0.2881	0.1476	-0.067	0.0531	0.2187	0.0402	0.1759	-13.3316	-4.7485	18.9588
7	1.1501	0.4923	-0.1889	1.4542	0.0738	0.7629	-0.0585	0.0485	-0.0437	-0.1004	-0.0491	0.2002	0.0732	0.0092	0.1076	0.0339	-0.0041	-0.0518	0.1638	0.0135	0.1714	-29.1401	-10.9765	23.1148
8	2.7979	-0.9409	-1.0458	2.8644	0.2838	2.2944	-0.0773	-0.1711	-0.0909	0.7306	0.0344	-0.1216	0.1329	0.1944	0.0429	0.2329	0.0537	-0.0507	0.1513	0.0041	0.0217	-5.9577	-12.7131	62.1716
9	4.2883	-2.69	-0.6079	6.6019	1.8833	2.9204	-0.2338	-0.3466	0.2282	0.8398	0.2511	-0.2811	0.3451	0.3496	-0.0173	0.2568	0.0372	-0.0851	0.2658	-0.0011	0.0398	-4.0762	-6.3576	67.5509
10	2.1942	-0.6313	-0.7811	1.0213	0.9719	2.6646	-0.0231	-0.1215	0.217	0.2391	0.0347	-0.1274	-0.1453	0.1212	-0.0117	0.1416	-0.0069	-0.0549	0.1613	-0.0018	0.1054	-7.7826	0.511	55.6349
11	2.34	-0.4121	0.2008	1.2132	0.2018	0.7783	0.0298	-0.0679	0.0007	0.0966	-0.0196	-0.0616	-0.1264	0.1006	-0.0102	0.0533	-0.0074	-0.0048	0.1404	-0.002	0.047	-15.0373	-2.8709	47.5345
12	1.0986	-0.4333	0.7265	2.4192	0.0868	1.4888	-0.0345	-0.2975	0.0048	0.4656	0.0104	0.3357	0.0741	-0.1363	0.0242	0.1732	0.0013	0.0103	0.1671	0.0117	0.1438	-19.6742	-11.2128	50.7448
13	0.8677	-0.065	-0.0215	0.8763	0.39	1.3774	-0.0705	-0.0425	-0.0857	0.3768	0.0336	0.1197	0.2358	0.0298	0.0369	0.1855	0.0318	0.0286	0.1147	0.0306	0.0843	-15.5798	-21.4527	52.5151
14	2.2136	0.9822	-0.4828	2.575	0.8277	4.8326	-0.0256	-0.2257	-0.2711	0.3227	0.0849	-0.3864	0.4173	0.3599	-0.0593	0.2345	0.1294	-0.0687	0.1087	0.0143	0.1123	-2.5629	-38.9187	46.587
15	3.2817	-0.3025	-0.5709	4.1999	5.0332	8.2799	-0.1349	-0.1211	-0.2517	0.5443	0.3373	-0.4932	0.8634	0.5341	-0.2024	0.3525	0.1717	-0.0387	0.1159	0.0378	0.2502	-0.3951	-46.984	44.7256
16	1.1171	-0.6543	0.3424	1.8626	-0.304	0.5798	0.0022	-0.0337	-0.328	0.0787	-0.0195	0.0264	0.3936	0.0751	0.0174	0.3607	0.0745	0.0551	0.0606	0.0367	0.1835	-14.1137	-46.5236	40.4756
17	0.7539	-0.2135	0.3583	1.5387	0.1352	2.2974	0.0238	-0.0324	-0.2007	0.2024	0.0049	0.149	0.2276	0.0089	-0.0288	0.1329	0.0223	0.0522	0.036	0.014	0.1503	-19.8298	-37.3026	35.8888
18	1.5688	-0.5615	-0.5147	0.7531	0.9823	1.4944	-0.0119	-0.0093	-0.1847	0.1549	0.0013	0.0649	0.2276	0.0295	0.0106	0.1572	0.0084	0.047	0.074	0.0317	0.1499	-19.0709	-31.6251	39.9586
19	3.4547	5.4538	-0.7161	9.707	-0.7833	4.9997	-0.3485	0.3493	-0.246	-1.019	0.4155	-0.5155	0.0256	0.2322	-0.067	0.2351	0.0467	0.0744	0.2764	-0.0344	0.1337	-3.0164	-27.4155	26.0221
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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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