PDB-4bng: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-pe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bng

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-pentyl- 2-phenoxyphenol

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / LIPID SYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

: / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Chang, A. / Bommineni, G.R. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Rational Optimization of Drug-Target Residence Time: Insights from Inhibitor Binding to the S. Aureus Fabi Enzyme-Product Complex.
著者: Chang, A. / Schiebel, J. / Yu, W. / Bommineni, G.R. / Pan, P. / Baxter, M.V. / Khanna, A. / Sotriffer, C.A. / Kisker, C.F. / Tonge, P.J.

履歴

登録	2013年5月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月9日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4bng_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bng_full_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示
XML形式データ	4bng_validation.xml.gz	87.6 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bng	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4bnfC 4bnhC 4bniC 4bnjC 4bnkC 4bnlC 4bnmC 4bnnC 4alkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ali-2 4bnm-2 4bni-2 4cv0-d 4bnh-1 4bnm-1 4bnf-1 6tbb-2 4alj-2 4all-d 4bnh-2 4ali-1 4alk-1 4d42-1 4bnj-2 4d41-1 4bnj-1 4d45-2 6tbb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

258 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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2

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.116, 94.436, 94.880
Angle α, β, γ (deg.)	98.56, 97.22, 111.35
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR / ENOYL-ACP REDUCTASE 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0H3JLH9*PLUS, EC: 1.3.1.10
#2: 化合物	ChemComp-5PP / 5-PENTYL-2-PHENOXYPHENOL 分子量: 256.339 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀O₂
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1051 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M NA/K-PHOSPHATE PH 6.5, 47% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→46.18 Å / Num. obs: 132692 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALK

4alk

解像度: 2.2→46.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 10.75 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20793	6647	5 %	RANDOM
R_work	0.15505	-	-	-
obs	0.15773	126027	93.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.609 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.06 Å²	1.8 Å²	0.09 Å²
2-	-	-0.39 Å²	-0.67 Å²
3-	-	-	-1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15654	0	586	1051	17291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	16613
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.782	2.008	22483
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.013	5	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.629	25.088	737
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.741	15	2881
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.493	15	89
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	12361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.428	1.5	10131
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.213	2	16216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.1	3	6482
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.802	4.5	6259
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	483	-
R_work	0.232	9129	-
obs	-	-	91.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0884	-1.6471	0.44	3.5381	0.2405	2.0358	0.0705	-0.0955	0.3426	-0.143	-0.0193	-0.2614	-0.2529	0.2863	-0.0512	0.1559	-0.0657	0.0254	0.1065	0.0209	0.0587	33.7715	-19.3981	-7.6229
2	2.7497	-0.1941	1.7777	2.3635	0.1419	3.0724	-0.1113	0.2179	0.1188	-0.1798	0.0783	-0.0809	-0.44	0.3431	0.0329	0.1653	-0.0936	0.0243	0.1136	0.0679	0.1165	33.1284	-16.3134	-15.8259
3	1.3104	0.1208	-0.8779	1.1973	0.0251	1.261	-0.0487	0.1246	-0.004	-0.2151	0.0418	-0.1036	-0.0727	0.0773	0.007	0.1448	-0.0098	-0.0035	0.1215	0.0244	0.0709	28.8633	-30.1184	-16.6521
4	1.1207	0.4141	-0.0459	0.647	-0.0348	0.7031	-0.0088	0.0363	-0.0214	-0.0949	0.0167	-0.0182	-0.0674	0.0972	-0.0079	0.1605	0.0306	-0.0046	0.1023	0.0152	0.0963	22.6144	-36.1824	-8.7084
5	0.7188	0.2924	0.7761	1.3232	-0.0561	0.9692	-0.0399	-0.0474	-0.0069	-0.0046	0.0488	-0.0261	-0.0561	-0.0208	-0.0089	0.133	-0.0094	0.009	0.1787	0.0034	0.1092	25.9795	-36.0745	-2.5643
6	5.4367	-0.0289	0.7067	2.2234	4.4656	9.3378	0.0712	-0.0344	0.5175	-0.2505	-0.3775	0.1211	-0.3803	-1.005	0.3063	0.2605	0.0189	-0.0594	0.2489	-0.0216	0.354	12.5438	-19.8596	1.1466
7	1.2392	-0.3804	-0.1872	1.0717	-0.0282	1.67	-0.0054	-0.0184	0.0507	0.0418	-0.016	-0.087	-0.2649	0.1481	0.0214	0.0939	-0.025	-0.0288	0.1239	-0.0153	0.1194	27.824	-25.63	6.3772
8	3.4457	-1.4028	-0.836	1.6794	0.8568	2.9344	-0.0686	-0.1059	-0.2681	-0.0372	-0.0225	0.088	0.4214	-0.0913	0.0911	0.1858	-0.046	0.04	0.028	-0.0224	0.1282	3.7773	-63.56	-0.1953
9	3.1983	0.7286	-1.9476	1.6938	0.7865	4.3245	-0.178	0.1793	-0.1138	0.115	0.1125	0.1423	0.63	-0.203	0.0655	0.2017	-0.0654	-0.003	0.0466	-0.0262	0.1641	1.8357	-67.5437	-7.8119
10	0.8361	-0.0345	-0.0085	1.1163	0.6867	0.8965	-0.0856	0.2014	-0.1296	-0.0768	-0.0388	0.1401	0.2219	-0.12	0.1244	0.223	-0.0216	-0.0116	0.1506	-0.0254	0.1749	5.4914	-54.3179	-11.687
11	1.3375	0.245	-0.6676	0.5813	0.188	1.0444	-0.0346	0.0731	-0.0037	-0.0628	0.021	0.0112	0.0247	-0.0293	0.0136	0.1197	-0.0003	-0.0096	0.0928	-0.0021	0.1141	13.4683	-47.444	-6.6657
12	0.1705	-0.2729	-0.3569	2.0252	0.3486	0.8141	-0.0174	0.0248	-0.0171	0.0051	0.0036	0.0904	0.1175	-0.0571	0.0138	0.1631	0.0325	-0.0123	0.1502	0.0064	0.116	12.3312	-46.6574	0.256
13	3.6807	0.1108	-2.0928	0.3105	-1.4423	7.3884	0.288	0.3017	-0.3354	-0.1623	-0.3418	0.0212	0.6282	1.6012	0.0538	0.5108	0.2136	0.0291	0.5352	-0.0575	0.424	26.7644	-62.7833	1.3092
14	0.8432	0.054	0.2824	0.7706	0.4087	1.7466	0.0389	0.0306	-0.011	0.0685	-0.0279	-0.0366	0.2482	0.0246	-0.011	0.1805	-0.0058	0.0296	0.0622	0.0125	0.1102	13.793	-56.016	10.321
15	2.6808	-0.2431	-0.6347	3.2619	2.9628	3.0426	-0.0507	-0.2651	-0.0909	0.1103	-0.107	0.1703	0.283	-0.3105	0.1577	0.2538	-0.1019	0.0689	0.2724	0.0411	0.1991	0.8976	-53.9268	28.9671
16	2.4092	0.7754	0.0391	5.3281	3.5195	3.6448	-0.0614	-0.2456	-0.1695	0.3055	-0.1432	0.2949	0.4545	-0.4483	0.2046	0.2043	-0.0895	0.0493	0.2074	0.05	0.0607	-1.2655	-53.9018	37.4542
17	1.4111	0.0824	0.2032	2.0427	0.0582	0.5059	0.0408	-0.2573	-0.0983	0.1702	-0.1283	-0.0258	0.2178	0.0241	0.0876	0.2181	-0.0125	0.0541	0.1913	0.0448	0.0324	12.6487	-50.0402	37.459
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19	1.5134	-0.5065	0.0692	0.5389	0.6731	1.3532	-0.1025	-0.1176	-0.0568	0.1754	0.0933	0.0321	0.1889	0.0895	0.0092	0.2008	0.0335	0.0209	0.148	0.04	0.0779	17.2974	-46.5902	23.0457
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41	X-RAY DIFFRACTION	41	F	194 - 214
42	X-RAY DIFFRACTION	42	F	215 - 256
43	X-RAY DIFFRACTION	43	G	3 - 29
44	X-RAY DIFFRACTION	44	G	30 - 61
45	X-RAY DIFFRACTION	45	G	62 - 104
46	X-RAY DIFFRACTION	46	G	105 - 154
47	X-RAY DIFFRACTION	47	G	155 - 193
48	X-RAY DIFFRACTION	48	G	194 - 214
49	X-RAY DIFFRACTION	49	G	215 - 256
50	X-RAY DIFFRACTION	50	H	3 - 29
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55	X-RAY DIFFRACTION	55	H	194 - 214
56	X-RAY DIFFRACTION	56	H	215 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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