PDB-4bnf: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 2- p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bnf

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 2- phenoxy-5-propylphenol

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / SAFABI

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / : / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Chang, A. / Bommineni, G.R. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Rational Optimization of Drug-Target Residence Time: Insights from Inhibitor Binding to the S. Aureus Fabi Enzyme-Product Complex.
著者: Chang, A. / Schiebel, J. / Yu, W. / Bommineni, G.R. / Pan, P. / Baxter, M.V. / Khanna, A. / Sotriffer, C.A. / Kisker, C.F. / Tonge, P.J.

履歴

登録	2013年5月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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関連構造データ

関連構造データ	4bngC 4bnhC 4bniC 4bnjC 4bnkC 4bnlC 4bnmC 4bnnC 4alkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bnh-1 4bnm-1 4bnm-2 4bnj-2 4bni-2 4ali-2 4alj-2 6tbb-2 4bni-1 2qio-d 4bng-1 4d44-1 4all-d 4d44-2 6tbc-1 6tbb-1 4d42-2 4d41-2 4alk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

258 kDa, 8 ポリマー
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1

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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2

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.050, 94.890, 94.830
Angle α, β, γ (deg.)	98.08, 97.29, 112.29
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR / ENOYL-ACP REDUCTASE 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0H3JLH9*PLUS, EC: 1.3.1.10
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-PV4 / 2-phenoxy-5-propyl-phenol 分子量: 228.286 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M NA/K-PHOSPHATE PH 6.5, 36% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→38.5 Å / Num. obs: 122748 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALK

4alk

解像度: 2.3→37.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 13.9 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21856	6180	5 %	RANDOM
R_work	0.15824	-	-	-
obs	0.1613	116567	98.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.222 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.7 Å²	0.59 Å²	0.11 Å²
2-	-	-0.93 Å²	-0.66 Å²
3-	-	-	-1.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15668	0	580	1249	17497

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	16920
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.71	2.007	22904
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.122	5	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.591	24.894	756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.773	15	2953
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.787	15	101
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	12637
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.197	1.5	10322
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.955	2	16526
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.509	3	6598
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.247	4.5	6366
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	443	-
R_work	0.229	8537	-
obs	-	-	97.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.035	0.1084	0.4146	1.9081	-0.5352	2.387	-0.071	-0.1567	-0.4045	0.0413	-0.0199	0.3015	0.3144	-0.2107	0.0909	0.0745	-0.0365	0.0338	0.0309	0.0118	0.1779	-12.4354	-13.0756	-35.9693
2	4.1849	-1.3116	0.3927	4.4669	-0.6868	3.3279	-0.2253	-0.0214	-0.5936	0.1418	0.1043	0.5148	0.4531	-0.2365	0.1209	0.1657	-0.0331	0.0716	0.028	0.0237	0.2031	-8.6717	-20.5923	-33.8576
3	1.7665	0.1647	0.4987	1.5552	0.2495	1.1022	0.0047	-0.0462	-0.2951	-0.1502	-0.0793	-0.0191	0.1795	0.0167	0.0746	0.1204	0.0137	-0.0063	0.0619	0.0312	0.1357	0.8023	-14.4296	-42.4953
4	1.6442	0.3424	0.3316	1.3766	0.6276	1.003	-0.0197	0.0519	-0.1753	-0.1852	-0.0804	0.0008	0.0795	0.0579	0.1001	0.1085	0.0061	-0.0022	0.0596	0.0338	0.0613	3.1034	-2.5216	-43.4238
5	0.4226	-0.1596	-0.2273	1.5829	-0.0267	0.5327	-0.0437	-0.0306	-0.1734	-0.2027	-0.0367	-0.0134	-0.0348	-0.0283	0.0804	0.1067	0.0088	0.0046	0.1363	-0.0042	0.1048	-3.0568	0.8945	-44.8053
6	2.1967	-2.2502	-2.4598	6.4728	2.8835	5.6183	-0.2882	-0.5007	0.0702	0.7517	0.2931	-0.4286	0.2956	0.1618	-0.0049	0.1068	0.0243	-0.0783	0.2231	0.0501	0.1383	-2.1355	4.0713	-23.0669
7	2.011	-0.4332	-0.3197	0.8621	-0.1598	1.3581	-0.0189	-0.0035	-0.1311	0.0374	-0.0275	0.1506	-0.0608	-0.1301	0.0464	0.0211	-0.0193	-0.018	0.1122	0.0196	0.1212	-13.5389	3.375	-35.9952
8	2.8103	-0.5694	-0.1683	2.4803	-0.4792	3.7612	0.0131	0.0531	0.3267	-0.3134	0.0916	-0.3858	-0.3077	0.0482	-0.1047	0.2031	-0.0315	0.1395	0.1149	0.0291	0.16	22.6755	23.2304	-54.6479
9	2.1778	-0.6352	-0.7338	6.8222	2.8291	2.3788	0.2256	0.1133	0.4297	-0.5784	0.0058	-0.7645	-0.3425	0.3992	-0.2314	0.2439	-0.0744	0.1905	0.2494	0.0458	0.235	29.7282	19.5986	-57.7255
10	3.1385	1.0029	1.3182	1.9439	1.4986	2.4801	0.0492	0.0635	-0.1504	-0.3098	0.1838	-0.5559	-0.0791	0.282	-0.2329	0.0963	-0.0252	0.1142	0.1494	-0.0072	0.1946	24.3646	9.4994	-49.1932
11	1.3054	0.0763	0.0819	1.7515	0.8815	1.1134	-0.0073	0.0044	0.0229	-0.1625	0.0245	-0.2579	0.0392	0.1789	-0.0172	0.0973	0.006	0.0478	0.1145	0.03	0.0583	12.9276	7.312	-47.444
12	1.0659	-0.2055	-1.0574	1.3906	-0.2536	1.4142	0.0413	-0.0032	-0.0158	-0.2163	-0.0455	-0.1863	-0.005	-0.0118	0.0043	0.0875	0.012	0.0257	0.0952	0.0375	0.088	9.5621	13.2913	-45.4866
13	9.502	-4.1252	5.5779	8.1555	0.1074	4.3669	0.747	1.5252	-1.0194	-1.1905	-0.507	1.1354	-0.0321	0.7921	-0.24	0.6564	0.1641	-0.0069	0.522	-0.152	0.289	4.3017	14.1431	-66.7846
14	0.5983	-0.3185	0.4131	0.9125	0.018	2.1847	0.0372	-0.0033	0.1342	-0.2594	0.0064	-0.0042	-0.2269	0.0157	-0.0436	0.2452	0.0184	0.0344	0.0711	0.0141	0.114	6.5594	24.662	-52.7958
15	1.7744	-1.2138	-0.7595	1.9998	0.3487	2.5498	0.1978	-0.1354	0.427	-0.3972	-0.0569	-0.3683	-0.1266	0.3176	-0.1408	0.2111	-0.0417	0.064	0.0896	-0.0263	0.2451	4.4798	44.1734	-42.04
16	7.2591	-0.6244	-4.3006	1.3768	2.2735	6.9017	-0.0366	-0.0664	0.6112	-0.3562	0.0463	-0.2237	-0.5518	-0.0621	-0.0097	0.3285	-0.0291	0.0197	0.0341	-0.0321	0.367	1.2444	52.1211	-39.7831
17	1.6032	0.6015	-0.5266	2.9146	0.9564	2.9379	-0.0303	0.0448	0.3913	-0.2264	-0.0265	0.1064	-0.3871	-0.1771	0.0569	0.2478	0.0973	0.0111	0.0412	0.0136	0.1614	-10.411	44.9642	-44.4179
18	1.2475	0.1831	-0.3201	1.4248	-0.0454	0.7659	0.0364	0.032	0.1402	-0.2276	-0.1033	0.0257	-0.2369	-0.1612	0.0669	0.1688	0.0652	-0.0408	0.0467	-0.0305	0.0772	-12.5378	33.4555	-43.0866
19	1.4789	-0.0118	-0.2442	1.0001	1.0101	1.0618	0.0557	-0.0689	0.219	-0.1822	-0.1093	0.086	-0.1643	-0.0929	0.0536	0.1936	0.0489	-0.0174	0.0538	0.0123	0.0959	-7.1165	29.6316	-45.5412
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48	X-RAY DIFFRACTION	48	G	215 - 256
49	X-RAY DIFFRACTION	49	H	3 - 29
50	X-RAY DIFFRACTION	50	H	30 - 61
51	X-RAY DIFFRACTION	51	H	62 - 104
52	X-RAY DIFFRACTION	52	H	105 - 154
53	X-RAY DIFFRACTION	53	H	155 - 193
54	X-RAY DIFFRACTION	54	H	194 - 214
55	X-RAY DIFFRACTION	55	H	215 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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