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万見
- PDB-4bmo: Crystal Structure of Bacillus cereus Ribonucleotide Reductase di-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bmo
タイトルCrystal Structure of Bacillus cereus Ribonucleotide Reductase di- iron NrdF in Complex with NrdI (1.8 A resolution)
要素
  • NRDI
  • RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE SUBUNIT BETA
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein modification process / FMN binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase, class Ib, NrdI, bacterial / Ribonucleotide reductase Class Ib, NrdI / NrdI Flavodoxin like / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide Reductase, subunit A ...Ribonucleotide reductase, class Ib, NrdI, bacterial / Ribonucleotide reductase Class Ib, NrdI / NrdI Flavodoxin like / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Flavodoxin domain / Ferritin-like superfamily / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Protein NrdI / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS CEREUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Hammerstad, M. / Hersleth, H.-P. / Rohr, A.K. / Andersson, K.K.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Bacillus Cereus Class Ib Ribonucleotide Reductase Di-Iron Nrdf in Complex with Nrdi.
著者: Hammerstad, M. / Hersleth, H. / Tomter, A.B. / Rohr, A.K. / Andersson, K.K.
履歴
登録2013年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE SUBUNIT BETA
B: NRDI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,33810
ポリマ－50,5922
非ポリマー7458
水3,531196
1
A: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE SUBUNIT BETA
B: NRDI
ヘテロ分子

A: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE SUBUNIT BETA
B: NRDI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,67520
ポリマ－101,1844
非ポリマー1,49116
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area11700 Å2
ΔGint-169.4 kcal/mol
Surface area29880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.490, 124.670, 141.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2066-

HOH

21A-2082-

HOH

31B-2012-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE SUBUNIT BETA / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE NRDF


分子量: 37052.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS CEREUS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q81G55, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: タンパク質 NRDI


分子量: 13539.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS CEREUS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: B0YPL1

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非ポリマー , 4種, 204分子

#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 2 M SODIUM CHLORIDE AND 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→53.7 Å / Num. obs: 47107 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X2O

2x2o


解像度: 1.81→53.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.774 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20942 2377 5.1 %RANDOM
Rwork0.16677 ---
obs0.1689 44606 97.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.141 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.32 Å20 Å20 Å2
2---1.07 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→53.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3293 0 38 196 3527
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0193596
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9031.9714894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93837807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2385450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.73125.393178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.26415658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2611516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2533
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02813
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7952.9191740
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7932.9161739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8124.3542207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2073.3761855
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.811→1.858 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 181 -
Rwork0.252 3301 -
obs--98.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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