PDB-4bm3: CRYSTAL STRUCTURE OF MANGANESE PEROXIDASE 4 FROM PLEUROTUS OSTREA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bm3

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF MANGANESE PEROXIDASE 4 FROM PLEUROTUS OSTREATUS - CRYSTAL FORM III

要素

MANGANESE PEROXIDASE 4

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CLASS II (FUNGAL) PEROXIDASES / ELECTRON T LIGNIN PEROXIDASE / LIGNIN DEGRADATION

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PLEUROTUS OSTREATUS (ヒラタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Medrano, F.J. / Romero, A.

引用

ジャーナル: Biotechnol.Biofuels / 年: 2014
タイトル: Ligninolytic Peroxidase Genes in the Oyster Mushroom Genome: Heterologous Expression, Molecular Structure, Catalytic and Stability Properties, and Lignin-Degrading Ability.
著者: Fernandez-Fueyo, E. / Ruiz-Duenas, F.J. / Martinez, M.J. / Romero, A. / Hammel, K.E. / Medrano, F.J. / Martinez, A.T.

履歴

登録	2013年5月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年12月20日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.occupancy / _citation.country ..._atom_site.occupancy / _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bm3.cif.gz	150.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bm3.ent.gz	118.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bm3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/4bm3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/4bm3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4blkC 4bllC 4blnC 4blxC 4blyC 4blzC 4bm0C 4bm1C 4bm2C 4bm4C 3fmuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bm4-d 4pyv-1 4ryc-1 6ye0-1 5kot-2 4rz1-1 3vzc-4 4pyv-2 4jdk-d 3t6i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MANGANESE PEROXIDASE 4

ヘテロ分子

37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.250, 86.530, 40.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.82, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2260- HOH

#1: タンパク質	MANGANESE PEROXIDASE 4 分子量: 36350.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PLEUROTUS OSTREATUS (ヒラタケ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: W5IDB6*PLUS, manganese peroxidase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.67 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M TRIS-HCL AT PH 7.0, 2.0 M (NH4)2SO4 & 0.2 M LI2SO4.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 48575 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.78 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FMU

3fmu

解像度: 1.65→38.366 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2422	2415	5 %
R_work	0.2104	-	-
obs	0.212	48527	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.198 Å² / k_sol: 0.35 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.6551 Å²	0 Å²	-4.7022 Å²
2-	-	-7.7933 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.1383 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→38.366 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2543	0	60	398	3001

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	2668
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.688	3626
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.185	975
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.116	388
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	480

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6502-1.6838	0.346	134	0.3306	2557	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6838-1.7205	0.3603	142	0.2798	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7205-1.7605	0.3337	143	0.2652	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7605-1.8045	0.2666	142	0.2394	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8045-1.8533	0.2982	142	0.2244	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8533-1.9078	0.2768	139	0.2139	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9078-1.9694	0.2782	141	0.2019	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9694-2.0398	0.2173	148	0.2031	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0398-2.1215	0.2493	135	0.1968	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1215-2.218	0.2754	144	0.2039	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.218-2.3349	0.2177	141	0.1918	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3349-2.4812	0.2626	143	0.1908	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4812-2.6727	0.2459	141	0.2017	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6727-2.9416	0.2401	139	0.2026	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9416-3.367	0.1993	147	0.1971	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.367-4.2412	0.1854	145	0.1891	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2412-38.376	0.2563	149	0.2332	2780	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9028	-0.1409	0.2887	0.3209	0.1267	0.2085	0.0465	-0.0273	0.0257	-0.0065	-0.1306	-0.2527	-0.0661	-0.0033	0.0064	0.1274	0.0113	-0.0431	0.1428	0.0335	0.4097	42.1036	-10.5976	17.9266
2	0.0652	-0.0336	0.0545	0.1323	-0.0676	0.0591	0.0081	0.1702	-0.0174	-0.1385	-0.0383	-0	0.1737	0.0272	0	0.1496	0.026	0.0114	0.1424	-0.0028	0.1647	24.966	-7.7737	8.5448
3	0.3908	0.2191	0.678	0.1433	0.4526	1.4464	0.018	0.0581	-0.0585	0.014	0.0144	-0.0388	-0.0598	0.1651	0.136	0.1195	0.0247	0.018	0.0608	0.0443	0.1499	10.7143	-13.3645	28.3206
4	0.9814	-0.0408	0.1609	0.019	-0.072	0.2791	0.145	0.0716	-0.5379	-0.3286	0.0372	0.0163	0.3307	0.1119	0.0031	0.2333	0.0114	-0.0459	0.1335	-0.0255	0.2035	14.654	-18.6233	13.5033
5	0.1397	-0.0248	-0.0576	0.1401	0.1153	0.106	0.0514	0.0527	-0.1517	-0.2033	-0.1328	-0.2275	0.2207	0.0691	-0.0004	0.1897	0.0257	0.011	0.143	0.0121	0.2504	28.6191	-14.5288	13.4132
6	0.1771	-0.1098	-0.0307	0.0989	-0.0515	0.1468	-0.0388	-0.0163	-0.0887	-0.0857	0.0719	0.0291	0.1632	-0.013	-0	0.1575	0.005	-0.0141	0.1467	0.0261	0.1623	26.3678	-9.2609	21.2853
7	0.0891	-0.1386	0.1167	0.2089	-0.1719	0.1377	0.0438	0.1148	-0.067	-0.0158	-0.0036	0.0089	0.0244	-0.0838	0	0.1311	-0.008	0.0015	0.1632	-0.0054	0.1037	10.4677	-2.8636	14.306
8	0.0722	0.0629	0.037	0.2835	0.0672	0.0216	0.0259	0.1826	-0.0021	-0.1484	-0.0446	0.0839	-0.0501	0.0154	-0.0801	0.1374	0.025	0.0152	0.1889	-0.0007	0.0881	14.7127	5.9554	1.6897
9	0.0872	0.0391	0.1099	0.261	-0.1174	0.2272	0.0154	0.1214	0.0434	-0.0368	0.0134	0.0596	0.053	0.0201	0.0014	0.0947	0.0011	0.0183	0.167	-0.0007	0.093	8.8719	6.9892	8.2445
10	0.1061	0.0069	-0.0614	0.1052	0.0369	0.0492	0.0241	-0.0148	-0.0893	0.1786	-0.0589	-0.1973	-0.0255	0.1226	-0.0001	0.1851	-0.0121	-0.0225	0.1694	0.0162	0.1671	25.221	-0.8923	24.3717
11	0.214	0.2094	0.1505	0.3938	0.0637	0.1332	-0.0499	-0.1065	0.0948	0.0622	-0.0162	-0.1921	-0.0867	0.0446	0.0319	0.1272	-0.0039	-0.0177	0.1372	0.0103	0.17	19.8017	13.8966	8.8368
12	0.3733	0.0844	-0.3806	0.072	0.0189	0.8251	0.0028	-0.0523	0.0279	0.0634	0.0384	-0.0267	-0.1684	0.1273	0.3427	0.2664	-0.0086	0.0681	0.2103	0.0249	0.0996	20.192	10.6595	-3.4132

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:27)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 28:50)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 51:70)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 71:88)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 89:120)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 121:140)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 141:188)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 189:219)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESSEQ 220:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESSEQ 258:285)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN A AND (RESSEQ 286:319)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN A AND (RESSEQ 320:338)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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