PDB-4blr: P4 PROTEIN FROM BACTERIOPHAGE PHI12 IN COMPLEX WITH UTP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4blr

タイトル

P4 PROTEIN FROM BACTERIOPHAGE PHI12 IN COMPLEX WITH UTP

要素

NTPASE P4

キーワード

HYDROLASE / PACKAGING / CYSTOVIRIDAE

機能・相同性

機能・相同性情報

viral genome packaging / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS PHAGE PHI12 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

El Omari, K. / Meier, C. / Kainov, D. / Sutton, G. / Grimes, J.M. / Poranen, M.M. / Bamford, D.H. / Tuma, R. / Stuart, D.I. / Mancini, E.J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2013
タイトル: Tracking in atomic detail the functional specializations in viral RecA helicases that occur during evolution.
著者: Kamel El Omari / Christoph Meier / Denis Kainov / Geoff Sutton / Jonathan M Grimes / Minna M Poranen / Dennis H Bamford / Roman Tuma / David I Stuart / Erika J Mancini /

要旨: Many complex viruses package their genomes into empty protein shells and bacteriophages of the Cystoviridae family provide some of the simplest models for this. The cystoviral hexameric NTPase, P4, ...

履歴

登録	2013年5月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月13日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4blr.cif.gz	355.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4blr.ent.gz	289.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4blr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4blr_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4blr_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4blr_validation.xml.gz	39.7 KB	表示
CIF形式データ	4blr_validation.cif.gz	57.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/4blr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/4blr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bloC 4blpC 4blqC 4blsC 4bltC 4bwyC 1w44S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4blt-1 4bls-1 1w48-1 1w4a-1 1w4c-3 1w4c-1 1w4c-4 2vhq-1 1w47-1 1w49-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NTPASE P4

B: NTPASE P4

C: NTPASE P4

ヘテロ分子

107 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NTPASE P4

B: NTPASE P4

C: NTPASE P4

ヘテロ分子

A: NTPASE P4

B: NTPASE P4

C: NTPASE P4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
214 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.387, 129.330, 159.073
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2186- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 328 / Label seq-ID: 1 - 328

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	B	B
2	3	C	C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	NTPASE P4 / PHI12 P4 分子量: 35150.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PHAGE PHI12 (ファージ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q94M05
#2: 化合物	ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP 分子量: 484.141 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₂O₁₅P₃ / コメント: UTP*YM
#3: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.8 詳細: 10% PEG 1500 IN 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.8, AND 5MM AMCPP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.975
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 85262 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 4.9 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 29.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W44

1w44

解像度: 1.9→19.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 4.887 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20383	4264	5 %	RANDOM
R_work	0.19312	-	-	-
obs	0.19367	80998	99.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.097 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6773	0	95	640	7508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	6975
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6671
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.007	1.964	9451
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.755	3	15306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.43	5	882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.371	24.021	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.753	15	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.648	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7821
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.73	1.933	3564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.729	1.933	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.334	2.885	4434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.64	2.096	3410
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	17885	0.06
1	2	B	17885	0.06
2	1	A	17963	0.04
2	2	C	17963	0.04
3	1	B	17852	0.06
3	2	C	17852	0.06

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	307	-
R_work	0.225	5777	-
obs	-	-	97.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6506	0.1229	-0.3596	0.3554	-0.0058	0.6728	0.0102	0.028	0.0221	0.0051	0.0168	0.0141	-0.0063	0.0059	-0.027	0.0193	0.0076	-0.0127	0.0246	0.0136	0.027	76.514	39.183	20.517
2	1.3892	-0.1784	0.1707	0.2539	0.1147	0.3115	-0.0162	0.0092	-0.0407	0.0136	0.0193	0.0022	0.0083	0.0077	-0.0031	0.0458	-0.0042	0.012	0.0144	0.012	0.0205	46.837	39.241	31.027
3	0.3454	-0.107	0.3584	0.285	0.0858	1.519	0.0158	0.0127	-0.0286	0.0138	0.01	-0.0053	0.0053	-0.0322	-0.0258	0.0162	-0.0083	0.0094	0.0227	-0.003	0.0251	23.17	39.271	10.425

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 401
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 400
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 400

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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