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- PDB-4bkj: Crystal structure of the human DDR1 kinase domain in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bkj
タイトルCrystal structure of the human DDR1 kinase domain in complex with imatinib
要素EPITHELIAL DISCOIDIN DOMAIN-CONTAINING RECEPTOR 1
キーワードTRANSFERASE / RECEPTOR / RTK / COLLAGEN / DISCOIDIN DOMAIN / RECEPTOR TYROSINE KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein tyrosine kinase collagen receptor activity / smooth muscle cell-matrix adhesion / regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of cell-matrix adhesion / ear development / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / wound healing, spreading of cells / neuron projection extension / peptidyl-tyrosine autophosphorylation ...protein tyrosine kinase collagen receptor activity / smooth muscle cell-matrix adhesion / regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of cell-matrix adhesion / ear development / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / wound healing, spreading of cells / neuron projection extension / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / smooth muscle cell migration / axon development / Non-integrin membrane-ECM interactions / mammary gland alveolus development / collagen binding / lactation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / embryo implantation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / regulation of cell growth / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / protein autophosphorylation / cell population proliferation / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / negative regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. ...: / Discoidin domain-containing receptor 1/2, DS-like domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / : / Galactose-binding-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-STI / Epithelial discoidin domain-containing receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Canning, P. / Elkins, J.M. / Goubin, S. / Mahajan, P. / Krojer, T. / Vollmar, M. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural Mechanisms Determining Inhibition of the Collagen Receptor Ddr1 by Selective and Multi-Targeted Type II Kinase Inhibitors
著者: Canning, P. / Elkins, J.M. / Goubin, S. / Mahajan, P. / Krojer, T. / Vollmar, M. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.
履歴
登録2013年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22014年5月7日Group: Database references
改定 1.32014年6月18日Group: Database references
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EPITHELIAL DISCOIDIN DOMAIN-CONTAINING RECEPTOR 1
B: EPITHELIAL DISCOIDIN DOMAIN-CONTAINING RECEPTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,67523
ポリマ－71,5082
非ポリマー2,16621
水6,756375
1
A: EPITHELIAL DISCOIDIN DOMAIN-CONTAINING RECEPTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,86812
ポリマ－35,7541
非ポリマー1,11411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: EPITHELIAL DISCOIDIN DOMAIN-CONTAINING RECEPTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,80611
ポリマ－35,7541
非ポリマー1,05210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.074, 60.074, 180.575
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 600 - 913 / Label seq-ID: 2 - 315

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.0158, 0.9999, 0.0039), (0.9996, 0.0159, -0.0226), (-0.0226, 0.0036, -0.9997)
ベクター: -14.6697, 11.751, 45.5798)

-
要素

#1: タンパク質 EPITHELIAL DISCOIDIN DOMAIN-CONTAINING RECEPTOR 1 / EPITHELIAL DISCOIDIN DOMAIN RECEPTOR 1 / CD167 ANTIGEN-LIKE FAMILY MEMBER A / CELL ADHESION KINASE ...EPITHELIAL DISCOIDIN DOMAIN RECEPTOR 1 / CD167 ANTIGEN-LIKE FAMILY MEMBER A / CELL ADHESION KINASE / DISCOIDIN RECEPTOR TYROSINE KINASE / HGK2 / MAMMARY CARCINOMA KINASE 10 / MCK-10 / PROTEIN-TYROSINE KINASE 3A / PROTEIN-TYROSINE KINASE RTK-6 / TRK E / TYROSINE KINASE DDR / TYROSINE-PROTEIN KINASE CAK / CD167A


分子量: 35754.094 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESDIUES 564-876 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: MAMMALIAN GENE COLLECTION (MGC) / プラスミド: PFB-LIC-BSE / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08345, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-STI / 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE / STI-571 / IMATINIB / イマチニブ


分子量: 493.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H31N7O / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1M BIS-TRIS PH 6.3, 34% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.712
11K, H, -L20.288
反射解像度: 1.7→45.14 Å / Num. obs: 72847 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZOS

3zos


解像度: 1.7→45.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.745 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.018 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17556 3690 5.1 %RANDOM
Rwork0.15554 ---
obs0.15656 69069 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.117 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2 Å20 Å20 Å2
2---17.49 Å20 Å2
3---19.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4650 0 150 375 5175
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194974
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2351.9876733
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.886310826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.195610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.42423.422225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.89115798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3321539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4783.3692388
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4783.3682387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0755.282981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2484.0862586
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17287 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 236 -
Rwork0.307 5021 -
obs--99.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.39850.6278-1.87471.9792-0.41994.54220.0525-0.1034-0.09360.1442-0.0887-0.02770.03910.09950.03620.023-0.0193-0.00540.1549-0.02710.0754-31.072920.675736.9633
23.82770.10861.83952.3636-1.45661.9340.0995-0.1278-0.12470.2924-0.03390.0097-0.0169-0.0127-0.06560.20420.030.00120.1532-0.00570.0589-23.869118.650837.0646
31.52140.98490.2142.45590.02481.01160.06340.03750.05760.2084-0.05840.23380.0235-0.1011-0.0050.02620.01010.01140.1847-0.00940.0378-20.172528.902938.3636
42.0988-0.4497-0.14162.1594-0.36460.8054-0.01390.2725-0.1235-0.0922-0.03490.13880.0545-0.1190.04880.0103-0.0072-0.00730.1521-0.00150.0322-10.094832.874334.9535
51.9249-0.135-0.6361.80620.25321.3453-0.00420.24260.0854-0.13520.0194-0.1715-0.08210.1323-0.01520.0285-0.0209-0.00520.17430.03530.03972.015538.172632.8196
66.3314-0.68321.3613.84320.06093.55360.0932-0.7146-0.40780.2597-0.11320.2933-0.13070.01170.01990.3063-0.124-0.03150.34620.09750.26258.7311-13.486812.313
78.0194-1.7043.23161.21260.154110.3663-0.01480.49520.0485-0.16380.085-0.1367-0.31840.3584-0.07020.3259-0.104-0.06870.237-0.00350.574714.7831-20.3128-0.1982
84.95790.97850.40942.02-0.37741.42450.2017-0.356-0.24920.2284-0.05010.36140.1956-0.3381-0.15160.2116-0.0729-00.22640.00950.14886.0267-5.77387.9647
99.77582.5184-0.65864.7287-0.85313.2559-0.01750.0425-0.5204-0.16150.0015-0.63510.29960.25440.01590.13440.0644-0.0280.16530.02120.166932.9067-3.04310.8607
101.33860.30880.11740.93370.52921.79810.0233-0.1153-0.04940.0359-0.0433-0.01710.0989-0.01440.02010.0090.0021-0.00310.1243-0.00430.006224.073311.926211.304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A600 - 638
2X-RAY DIFFRACTION2A639 - 677
3X-RAY DIFFRACTION3A678 - 734
4X-RAY DIFFRACTION4A735 - 813
5X-RAY DIFFRACTION5A814 - 913
6X-RAY DIFFRACTION6B600 - 627
7X-RAY DIFFRACTION7B628 - 650
8X-RAY DIFFRACTION8B651 - 703
9X-RAY DIFFRACTION9B704 - 735
10X-RAY DIFFRACTION10B736 - 913

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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