PDB-4bk9: Crystal structure of 2-keto-3-deoxy-6-phospho-gluconate aldolase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bk9

タイトル

Crystal structure of 2-keto-3-deoxy-6-phospho-gluconate aldolase from Zymomonas mobilis ATCC 29191

要素

2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE/4-HYDROXY-2-OXO GLUTARATE ALDOLASE

キーワード

LYASE / ENTNER-DOUDOROFF-PATHWAY / CHEMOSELECTIVITY / PYRUVATE SPECIFICITY

機能・相同性

Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

ZYMOMONAS MOBILIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.77 Å

データ登録者

Classen, T. / Schlieper, D. / Groth, G. / Pietruszka, J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of 2-Keto-3-Deoxy-6-Phospho- Gluconate Aldolase from Zymomonas Mobilis
著者: Classen, T. / Schlieper, D. / Groth, G. / Pietruszka, J.

履歴

登録	2013年4月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: diffrn_source / exptl_crystal_grow ...diffrn_source / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_y_n / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bk9.cif.gz	236.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bk9.ent.gz	192.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bk9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bk9_validation.pdf.gz	459.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bk9_full_validation.pdf.gz	464.3 KB	表示
XML形式データ	4bk9_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	4bk9_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/4bk9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/4bk9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fq0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5xse-d 5xsf-1 2c0a-d 1wbh-d 1eua-d 4qfe-2 4jvt-1 1fq0-d 3lao-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE/4-HYDROXY-2-OXO GLUTARATE ALDOLASE

B: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE/4-HYDROXY-2-OXO GLUTARATE ALDOLASE

C: 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE/4-HYDROXY-2-OXO GLUTARATE ALDOLASE

ヘテロ分子

68.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.380, 118.050, 55.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.51, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE/4-HYDROXY-2-OXO GLUTARATE ALDOLASE / 2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHO-GLUCONATE ALDOLASE 分子量: 22569.537 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ZYMOMONAS MOBILIS (バクテリア) / プラスミド: PNHEDAZM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: I6XVB3, 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.25 % / 解説: NONE
結晶化	手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6 詳細: MICROBATCH, 1 UL 10 MG/ML PROTEIN PLUS 1 UL 100 MM NAOAC/ACOH PH 4.6, 200 MM (NH4)2SO4, 30% W/V PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER 1-MICROS / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: BRUKER / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.77→59.03 Å / Num. obs: 15242 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.24 % / B_iso Wilson estimate: 49.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.42
反射シェル	解像度: 2.77→2.85 Å / 冗長度: 2.49 % / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		モデル構築
XPREP		データスケーリング
MrBUMP	USING MOLREP	位相決定
CHAINSAW		位相決定
PHASER		位相決定
REFMAC		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FQ0

1fq0

解像度: 2.77→7.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 19.499 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17206	816	5.1 %	RANDOM
R_work	0.13544	-	-	-
obs	0.13729	15242	94.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.603 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.33 Å²	0 Å²	-0.11 Å²
2-	-	0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.77→7.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4480	0	40	97	4617

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	4590
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	4645
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.729	2.008	6245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.033	3	10708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.029	5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.063	24.681	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.964	15	750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.521	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	757
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	5111
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	872
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.339	1.94	2477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.337	1.94	2476
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.247	2.907	3091
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.402	2.261	2113
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.773→2.845 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	66	-
R_work	0.253	1105	-
obs	-	-	94.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2461	1.114	2.4924	2.528	0.6528	7.6434	-0.158	-0.7188	0.3899	0.6115	-0.1321	-0.1116	-0.3848	-0.3154	0.2901	0.2802	0.0296	-0.1063	0.1955	-0.081	0.1733	5.083	52.031	18.84
2	2.2315	0.0124	1.4315	4.4769	1.6717	5.4708	-0.0296	-0.4064	0.1584	0.5519	-0.1003	0.3266	0.133	-0.5326	0.1299	0.0696	-0.0025	0.0416	0.0927	-0.025	0.0494	-4.776	41.11	13.835
3	2.6258	-0.5837	0.1705	5.2077	1.4265	4.2507	-0.249	0.1207	0.3098	0.0035	0.1639	-0.5383	-0.4546	0.6956	0.0851	0.1142	-0.0728	-0.0073	0.1203	0.0397	0.1266	7.614	49.632	2.961
4	2.9185	-0.7206	-0.2354	5.8476	0.0702	1.9825	-0.0482	-0.2995	-0.6348	0.2166	0.1019	-0.0545	0.4815	0.0643	-0.0537	0.1704	-0.0114	-0.0289	0.0546	0.0624	0.1539	9.149	9.757	9.065
5	4.3003	0.2061	-0.2627	6.2968	-0.7033	4.1374	-0.0468	-0.0012	-0.2566	-0.1731	0.0042	-0.6948	-0.0251	0.6549	0.0426	0.0593	-0.0564	-0.0313	0.1705	0.0259	0.1529	19.834	20.923	7.291
6	3.0489	-0.4942	-0.3953	1.9753	-1.3609	4.6869	0.0424	0.0838	-0.1112	-0.1936	0.0844	0.4433	-0.0822	-0.5213	-0.1268	0.0669	-0.0323	-0.0621	0.1745	0.0075	0.1101	-11.182	33.455	-22.342
7	1.65	-0.2485	1.6919	2.461	-0.7475	4.3932	0.0138	-0.0205	-0.1708	0.0076	0.0127	0.0476	0.2159	-0.2247	-0.0265	0.0383	-0.038	0.0036	0.0411	-0.0048	0.0308	-5.247	25.688	-9.78
8	5.7267	-0.7947	1.7571	6.8748	-6.2363	10.0906	-0.2496	0.2205	0.2637	-0.4031	0.0667	-0.7156	0.1645	0.1802	0.1829	0.0442	-0.0241	0.0501	0.2058	-0.0729	0.1521	1.92	30.321	-25.537

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	67 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	135 - 216
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	10 - 132
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	133 - 216
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	10 - 66
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	67 - 173
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	174 - 215

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関連情報:EMDBヘッダ

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