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- PDB-4bk8: Superoxide reductase (Neelaredoxin) from Ignicoccus hospitalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bk8
タイトルSuperoxide reductase (Neelaredoxin) from Ignicoccus hospitalis
要素DESULFOFERRODOXIN, FERROUS IRON-BINDING REGION
キーワードOXIDOREDUCTASE / NEELAREDOXIN / SYMBIOSIS / OXIDATIVE STRESS
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
SOR catalytic domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain superfamily / Desulfoferrodoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding region
類似検索 - 構成要素
生物種IGNICOCCUS HOSPITALIS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.847 Å
データ登録者Romao, C.V. / Matias, P.M. / Pinho, F.G. / Sousa, C.M. / Barradas, A.R. / Pinto, A.F. / Teixeira, M. / Bandeiras, T.M.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a Natural Sor Mutant
著者: Pinho, F.G. / Romao, C.V. / Pinto, A.F. / Matias, P.M. / Teixeira, M. / Bandeiras, T.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Cloning, Purification, Crystallization and X-Ray Crystallographic Analysis of Ignicoccus Hospitalis Neelaredoxin.
著者: Pinho, F.G. / Romao, C.V. / Pinto, A.F. / Saraiva, L.M. / Huber, H. / Matias, P.M. / Teixeira, M. / Bandeiras, T.M.
履歴
登録2013年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DESULFOFERRODOXIN, FERROUS IRON-BINDING REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1692
ポリマ－14,1131
非ポリマー561
水1,838102
1
A: DESULFOFERRODOXIN, FERROUS IRON-BINDING REGION
ヘテロ分子

A: DESULFOFERRODOXIN, FERROUS IRON-BINDING REGION
ヘテロ分子

A: DESULFOFERRODOXIN, FERROUS IRON-BINDING REGION
ヘテロ分子

A: DESULFOFERRODOXIN, FERROUS IRON-BINDING REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6768
ポリマ－56,4524
非ポリマー2234
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area9400 Å2
ΔGint-43.7 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.995, 108.995, 61.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 DESULFOFERRODOXIN, FERROUS IRON-BINDING REGION / SUPEROXIDE REDUCTASE


分子量: 14113.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) IGNICOCCUS HOSPITALIS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: A8AC72
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.32 %
解説: THE 3D STRUCTURE WAS SOLVED FROM A SAD DATASET MEASURED IN-HOUSE TO 2.4A AND A PRELIMINARY REFINEMENT CARRIED OUT. FOLLOWING A MOLECULAR REPLACEMENT STEP TO CORRECTLY POSITION THE RESULTING ...解説: THE 3D STRUCTURE WAS SOLVED FROM A SAD DATASET MEASURED IN-HOUSE TO 2.4A AND A PRELIMINARY REFINEMENT CARRIED OUT. FOLLOWING A MOLECULAR REPLACEMENT STEP TO CORRECTLY POSITION THE RESULTING MODEL IN THE UNIT CELL OF THE CRYSTAL MEASURED AT THE ESRF, IT WAS USED IN THE FINAL REFINEMENT.
結晶化pH: 8.5
詳細: 85 MM TRISHCL PH 8.5, 8.5 MM NICL2, 15%(V/V) PEG 2000 MONOMETHYL ETHER AND 15%(V/V) GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月14日 / 詳細: BENT CYLINDRICAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→47.2 Å / Num. obs: 18718 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18.23
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PRELIMINARY MODEL FROM SAD

解像度: 1.847→47.196 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.88 / 位相誤差: 22.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1995 968 5.2 %
Rwork0.1777 --
obs0.1788 18715 98.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.847→47.196 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数989 0 1 102 1092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071023
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0511394
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.831382
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006180
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8469-1.94430.29561450.28862444X-RAY DIFFRACTION98
1.9443-2.06610.23671340.23062507X-RAY DIFFRACTION100
2.0661-2.22560.24421280.2062530X-RAY DIFFRACTION100
2.2256-2.44960.23431520.18162515X-RAY DIFFRACTION99
2.4496-2.8040.2261530.18322509X-RAY DIFFRACTION99
2.804-3.53260.18521380.16742557X-RAY DIFFRACTION99
3.5326-47.21160.1671180.15962685X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00360-0.02090.0090.04350.0450.0505-0.07080.508-0.53650.02790.16470.0153-0.2578-0.00010.4613-0.04550.00250.3027-0.01560.3563-50.297821.31233.8024
20.19270.07140.07630.02720.02560.10690.01350.55450.4151-0.46010.2498-0.3374-1.36230.57060.00030.6126-0.09390.04910.40680.00930.5333-46.186822.2383-8.1259
30.1349-0.1057-0.02760.05450.0449-0.0024-0.17260.39710.2316-0.37020.2558-0.3379-0.56660.6003-0.00040.4669-0.07350.0540.50310.05710.4831-42.652615.401-12.7641
40.256-0.08150.04930.06370.21250.4870.14630.8427-0.1213-0.3973-0.12730.106-0.2135-0.0805-0.00070.45840.0281-0.08080.47920.01050.2761-63.18498.4412-20.556
50.06690.04640.00290.02830.02480.04320.39920.0452-0.4091-0.12960.3064-0.39330.37250.31590.00070.37630.00390.00840.3689-0.06690.5049-38.41775.8239-9.0085
60.12790.2175-0.17580.3403-0.06820.51770.00450.29060.2569-0.0382-0.0331-0.0272-0.1602-0.1251-00.38240.0474-0.03060.28290.0030.3632-61.006712.5752-5.812
70.20390.31550.10280.46760.23580.1998-0.0417-0.07460.05650.1607-0.0848-0.1293-0.13540.105600.34670.0041-0.00910.30730.0220.3513-49.82621.5538-7.8358
80.0001-0.0903-0.05430.65420.09550.3841-0.10210.06730.0039-0.12550.082-0.0299-0.22730.05700.34730.0276-0.01780.3070.02380.2959-59.04559.3413-11.9237
90.4129-0.0031-0.44590.49410.45650.67590.0059-0.28220.4184-0.11510.007-0.0484-0.2035-0.2802-0.00040.39740.0135-0.0190.27780.05940.4095-54.129215.4585-11.2044
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 2 THROUGH 7 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 8 THROUGH 16 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 17 THROUGH 30 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 31 THROUGH 46 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 47 THROUGH 57 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 58 THROUGH 74 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 75 THROUGH 89 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 90 THROUGH 109 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESID 110 THROUGH 124 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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