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万見
- PDB-4bk3: Crystal structure of 3-hydroxybenzoate 6-hydroxylase uncovers lip... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bk3
タイトルCrystal structure of 3-hydroxybenzoate 6-hydroxylase uncovers lipid- assisted flavoprotein strategy for regioselective aromatic hydroxylation: Y105F mutant
要素PROBABLE SALICYLATE MONOOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / GENTISATE / HYDROXYLASE / MONOOXYGENASE / PHOSPHOLIPID
機能・相同性
機能・相同性情報


salicylate 1-monooxygenase / salicylate 1-monooxygenase activity / metabolic process / FAD binding
類似検索 - 分子機能
D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 - #30 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL-PHOSPHOGLYCEROL / Probable salicylate monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOCOCCUS JOSTII (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Orru, R. / Montersino, S. / Barendregt, A. / Westphal, A.H. / van Duijn, E. / Mattevi, A. / van Berkel, W.J.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of 3-Hydroxybenzoate 6-Hydroxylase Uncovers Lipid-Assisted Flavoprotein Strategy for Regioselective Aromatic Hydroxylation
著者: Montersino, S. / Orru, R. / Barendregt, A. / Westphal, A.H. / Van Duijn, E. / Mattevi, A. / Van Berkel, W.J.H.
履歴
登録2013年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22013年9月25日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE SALICYLATE MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6625
ポリマ－46,9321
非ポリマー1,7294
水5,350297
1
A: PROBABLE SALICYLATE MONOOXYGENASE
ヘテロ分子

A: PROBABLE SALICYLATE MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,32310
ポリマ－93,8642
非ポリマー3,4598
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_545y+1/2,x-1/2,-z+1/21
Buried area7560 Å2
ΔGint-75.3 kcal/mol
Surface area30170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.410, 106.410, 142.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2041-

HOH

21A-2051-

HOH

31A-2052-

HOH

41A-2090-

HOH

51A-2269-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE SALICYLATE MONOOXYGENASE / 3-HYDROXYBENZOATE 6-HYDROXYLASE


分子量: 46932.242 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RHODOCOCCUS JOSTII (バクテリア) / 株: RHA1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10
参照: UniProt: Q0SFK6, salicylate 1-monooxygenase, EC: 1.14.13.24
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-P3A / PHOSPHATIDYLGLYCEROL-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 872.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O15P2 / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PRESENCE OF 6XHIS TAG AT C-TERM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.99 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M LISO4 AND 0.1 M TRIS/HCL (PH 8.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→45.14 Å / Num. obs: 39090 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 1.78→1.82 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0033精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BJY

4bjy


解像度: 1.78→85.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.64 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20498 1938 5 %RANDOM
Rwork0.1589 ---
obs0.16118 37128 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.366 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→85.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3077 0 99 297 3473
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0193262
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9741.9754431
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93236910
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4075396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.17723.185157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.71815496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0611530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02775
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.782→1.828 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 147 -
Rwork0.233 2729 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2408-0.36250.67441.47950.0351.6627-0.0454-0.02570.2097-0.2878-0.06350.0419-0.1662-0.07680.10890.09460.0424-0.02520.0410.02120.12624.2967.4935.016
20.9758-0.05690.42850.62310.01731.3339-0.0355-0.16550.2316-0.0573-0.06280.1125-0.0704-0.24020.09830.02110.0342-0.01920.0782-0.04060.135624.8554.37718.687
32.5313-0.24990.43112.75820.81882.07640.0756-0.55930.04340.1076-0.17060.41060.169-0.55380.0950.0239-0.06710.03440.3271-0.04150.113117.234-6.26333.637
40.5904-0.10420.53340.4668-0.02251.50360.0374-0.01340.0648-0.096-0.04880.00420.0070.02510.01140.04940.0127-0.0040.03880.00720.05135.577-3.10413.613
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2A61 - 232
3X-RAY DIFFRACTION3A233 - 276
4X-RAY DIFFRACTION4A277 - 398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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