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万見
- PDB-4bjj: Sfc1-Sfc7 dimerization module -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bjj
タイトルSfc1-Sfc7 dimerization module
要素
  • TRANSCRIPTION FACTOR TAU SUBUNIT SFC1
  • TRANSCRIPTION FACTOR TAU SUBUNIT SFC7
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase III cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / transcription by RNA polymerase III / DNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #4370 / TFIIIC, subcomplex tauA, subunit Sfc1, barrel domain / TFIIIC subunit GTF3C6-like / Transcription factor IIIC subunit 5, HTH domain / Transcription factor TFIIIC, triple barrel domain / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1, triple barrel domain / TFIIIC, subcomplex tauA subunit Sfc1, triple barrel domain superfamily / RNA polymerase III transcription factor (TF)IIIC subunit HTH domain / TFIIIC subunit triple barrel domain ...Immunoglobulin-like - #4370 / TFIIIC, subcomplex tauA, subunit Sfc1, barrel domain / TFIIIC subunit GTF3C6-like / Transcription factor IIIC subunit 5, HTH domain / Transcription factor TFIIIC, triple barrel domain / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1, triple barrel domain / TFIIIC, subcomplex tauA subunit Sfc1, triple barrel domain superfamily / RNA polymerase III transcription factor (TF)IIIC subunit HTH domain / TFIIIC subunit triple barrel domain / Tau95 Triple barrel domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Transcription factor tau subunit sfc7 / Transcription factor tau subunit sfc1
類似検索 - 構成要素
生物種SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Taylor, N.M.I. / Baudin, F. / von Scheven, G. / Muller, C.W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: RNA Polymerase III-Specific General Transcription Factor Iiic Contains a Heterodimer Resembling Tfiif RAP30/RAP74.
著者: Taylor, N.M.I. / Baudin, F. / Von Scheven, G. / Muller, C.W.
履歴
登録2013年4月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月21日Group: Database references / Other
改定 1.22013年11月6日Group: Database references
改定 2.02024年5月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION FACTOR TAU SUBUNIT SFC1
B: TRANSCRIPTION FACTOR TAU SUBUNIT SFC7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3004
ポリマ－23,8992
非ポリマー4012
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area11530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.245, 85.245, 154.108
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTION FACTOR TAU SUBUNIT SFC1 / TFIIIC SUBUNIT SFC1 / TRANSCRIPTION FACTOR C SUBUNIT 1


分子量: 12688.354 Da / 分子数: 1 / 断片: SFC7-INTERACTING DOMAIN, RESIDUES 1-110 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
株: 972 / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: O14229
#2: タンパク質 TRANSCRIPTION FACTOR TAU SUBUNIT SFC7 / TFIIIC SUBUNIT SFC7 / TRANSCRIPTION FACTOR C SUBUNIT 7


分子量: 11210.533 Da / 分子数: 1 / 断片: SFC1-INTERACTING DOMAIN, RESIDUES 2-101 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
株: 972 / プラスミド: PCDF-MCN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: A6X980
#3: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.12 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 1.4 M AMSO4, 0.1 M HEPES PH 7, 0.1 M KCL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.00685
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月14日 / 詳細: BENT CYLINDRICAL MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00685 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→42.62 Å / Num. obs: 13629 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 49.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.89 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→33.29 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0.91 / 位相誤差: 24.17 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE HYDROGEN ATOMS ON THE SULPHUR ATOMS O OF MERCURY-BOUND CYSTEINES HAVE BEEN REMOVED AFTER REFINEMENT AS THEY DO NOT MAKE SENSE CHEMICALLY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2236 1223 5 %
Rwork0.1809 --
obs0.183 13591 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→33.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1531 0 2 42 1575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2372113
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.234588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006279
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.49610.31181200.28362595X-RAY DIFFRACTION99
2.4961-2.60960.31711420.26382573X-RAY DIFFRACTION100
2.6096-2.74710.27131530.22592582X-RAY DIFFRACTION100
2.7471-2.91920.30711310.21412584X-RAY DIFFRACTION100
2.9192-3.14440.2491270.18682607X-RAY DIFFRACTION100
3.1444-3.46050.23961630.17522539X-RAY DIFFRACTION100
3.4605-3.96060.18631280.16062603X-RAY DIFFRACTION100
3.9606-4.98720.17761460.14362584X-RAY DIFFRACTION100
4.9872-33.29280.21721130.18522613X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0062-0.0430.03090.0195-0.00940.0236-0.2313-0.55890.5021-0.0953-0.28880.0054-0.08390.01460.00070.4575-0.0737-0.04670.51930.04810.58889.916919.003416.2428
20.24260.2145-0.00370.1853-0.13930.28670.05510.0919-0.279-0.2038-0.04240.09740.44330.13640.00010.49010.0757-0.03630.38570.01010.474332.6146.717421.9338
30.11290.0115-0.06920.0211-0.03390.0445-0.3161-0.1996-0.08130.71750.3771-0.36290.4608-0.5415-0.00040.3798-0.1144-0.01350.5334-0.0120.463424.8359.770632.1804
4-0.0060.0315-0.05650.0489-0.0405-0.009-0.1249-0.2917-0.0671-0.17070.37720.1774-0.2435-0.274-00.44550.06740.00070.4350.00710.487331.210615.764333.5008
5-0.0165-0.0490.010.04010.02120.00760.2065-0.22930.0462-0.1429-0.2958-0.43860.0557-0.06660.00030.3719-0.0607-0.08010.34730.01020.481545.45214.045126.6265
60.0191-0.00990.01320.034-0.0165-0.0051-0.063-0.02730.2396-0.14160.0555-0.1901-0.1185-0.2047-0.00020.43450.0413-0.0330.4911-0.02520.425747.290210.203830.2506
70.0325-0.0149-0.01490.1031-0.00970.0016-0.06820.2970.222-0.1418-0.0328-0.4226-0.05480.1272-0.00010.39680.0704-0.05130.45280.01570.384328.431123.451623.566
80.00580.04660.0250.01220.07610.03430.42360.5045-0.1169-0.50720.1345-0.60610.3401-0.2648-00.6712-0.0527-0.14150.4739-0.07070.466116.491911.30776.98
90.0504-0.14390.06780.2791-0.11780.026-0.08680.17530.07590.02860.1270.13790.0890.00160.00010.3546-0.0644-0.04990.4190.03630.449720.223917.307919.1751
10-0.0056-0.0003-0.05760.0054-0.03680.027-0.74940.02780.17820.1557-0.4495-0.8383-0.229-0.26350.00160.46860.0199-0.05080.51070.0930.642142.317917.344319.2485
112.10560.88070.54252.0311.1932.2821-0.020.2624-0.08260.12060.13720.16870.32790.0686-0.17580.3843-0.0263-0.06230.4450.02730.402119.55720.606110.7177
120.06840.34360.93510.1424-0.10160.735-0.01140.1712-0.0263-0.1014-0.0952-0.01180.00330.02650.00010.46910.0214-0.01030.43260.01840.423224.533621.190110.0452
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 3 THROUGH 9 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 10 THROUGH 32 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 33 THROUGH 45 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 46 THROUGH 54 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 55 THROUGH 59 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 60 THROUGH 68 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 69 THROUGH 75 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 76 THROUGH 85 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESID 86 THROUGH 98 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESID 99 THROUGH 108 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 7 THROUGH 51 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 52 THROUGH 100 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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