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- PDB-4biy: Crystal structure of CpxAHDC (monoclinic form 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4biy
タイトルCrystal structure of CpxAHDC (monoclinic form 2)
要素SENSOR PROTEIN CPXA
キーワードTRANSFERASE / SIGNAL TRANSDUCTION / TWO-COMPONENTS SYSTEMS / HISTIDINE KINASES
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion involved in biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphoprotein phosphatase activity / response to radiation / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain / Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain superfamily / Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain / : / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain ...Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain / Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain superfamily / Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain / : / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Sensor histidine kinase CpxA
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Mechaly, A.E. / Sassoon, N. / Betton, J.M. / Alzari, P.M.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2014
タイトル: Segmental Helical Motions and Dynamical Asymmetry Modulate Histidine Kinase Autophosphorylation.
著者: Mechaly, A.E. / Sassoon, N. / Betton, J.M. / Alzari, P.M.
履歴
登録2013年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SENSOR PROTEIN CPXA
B: SENSOR PROTEIN CPXA
C: SENSOR PROTEIN CPXA
D: SENSOR PROTEIN CPXA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,49610
ポリマ－133,2584
非ポリマー1,2396
水00
1
A: SENSOR PROTEIN CPXA
B: SENSOR PROTEIN CPXA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2485
ポリマ－66,6292
非ポリマー6193
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-60.1 kcal/mol
Surface area22520 Å2
手法PISA
2
C: SENSOR PROTEIN CPXA
D: SENSOR PROTEIN CPXA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2485
ポリマ－66,6292
非ポリマー6193
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-58.1 kcal/mol
Surface area23150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.753, 139.109, 114.077
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質
SENSOR PROTEIN CPXA


分子量: 33314.422 Da / 分子数: 4 / 断片: CYTOPLASMIC REGION, RESIDUES 188-457 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLI5 / 参照: UniProt: P0AE82, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.43 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48.43 Å / Num. obs: 21081 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 83.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 3.3→3.56 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→47.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9265 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.403
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2189 1082 5.13 %RANDOM
Rwork0.2003 ---
obs0.2013 21080 98.86 %-
原子変位パラメータBiso mean: 109.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6089 Å20 Å27.4205 Å2
2--18.8267 Å20 Å2
3----18.2177 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→47.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7060 0 74 0 7134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017252HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.19836HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3444SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes210HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1052HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7252HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.33
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion944SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8196SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.46 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2658 122 4.58 %
Rwork0.2292 2542 -
all0.2309 2664 -
obs--98.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9696-0.9479-0.13791.8590.92431.7292-0.0827-0.2173-0.21160.19550.0162-0.25490.36270.37380.06650.24030.0450.299-0.32840.0833-0.126994.4377-26.983335.8085
22.14641.46780.30431.8801-0.41541.21560.2784-0.30560.52020.1821-0.23860.2077-0.59530.0652-0.03980.2513-0.08390.3698-0.3225-0.0861-0.031996.48633.855836.5361
31.96580.6970.53252.781-0.04411.46570.11030.3641-0.3912-0.6237-0.04260.59980.135-0.195-0.06770.3810.02160.2013-0.4336-0.1103-0.09676.6839-24.294115.3651
41.5259-1.2234-0.51441.03440.4410.97510.25220.17660.1959-0.3733-0.17210.5688-0.450.047-0.08010.33670.03590.1846-0.4073-0.02220.150469.01843.296221.2928
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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