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- PDB-4bir: RIBONUCLEASE T1: FREE HIS92GLN MUTANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bir
タイトルRIBONUCLEASE T1: FREE HIS92GLN MUTANT
要素GUANYL-SPECIFIC RIBONUCLEASE T1
キーワードENDORIBONUCLEASE / HYDROLASE / RIBONUCLEASE / HIS TO GLN MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


hyphal tip / ribonuclease T1 / ribonuclease T1 activity / cell septum / RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanyl-specific ribonuclease T1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Doumen, J. / Steyaert, J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Role of histidine-40 in ribonuclease T1 catalysis: three-dimensionalstructures of the partially active His40Lys mutant.
著者: Zegers, I. / Verhelst, P. / Choe, H.W. / Steyaert, J. / Heinemann, U. / Saenger, W. / Wyns, L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: His92Ala Mutation in Ribonuclease T1 Induces Segmental Flexibility. An X-Ray Study
著者: Koellner, G. / Choe, H.W. / Heinemann, U. / Grunert, H.P. / Zouni, A. / Hahn, U. / Saenger, W.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Ribonuclease T1 2'-Gmp Complex at 1.9-A Resolution
著者: Arni, R. / Heinemann, U. / Tokuoka, R. / Saenger, W.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1982
タイトル: Specific Protein-Nucleic Acid Recognition in Ribonuclease T1-2'-Guanylic Acid Complex. An X-Ray Study
著者: Heinemann, U. / Saenger, W.
履歴
登録1998年1月13日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status / software
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site / _software.name
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GUANYL-SPECIFIC RIBONUCLEASE T1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1252
ポリマ－11,0851
非ポリマー401
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.820, 46.530, 41.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GUANYL-SPECIFIC RIBONUCLEASE T1 / RNASE T1


分子量: 11084.676 Da / 分子数: 1 / 変異: H92Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 遺伝子: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PMC5-RT1 / 遺伝子 (発現宿主): SYNTHETIC GENE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00651, EC: 3.1.27.3
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.71 %
結晶化pH: 4.2 / 詳細: pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1994年5月5日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→15 Å / Num. obs: 10404 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 1.68→1.73 Å / 冗長度: 2.18 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.257 / % possible all: 51.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Agrovataデータ収集
ROTAVATAデータ削減
FROFFTモデル構築
PROFFT精密化
CCP4(ROTAVATA)データスケーリング
FROFFT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RGA

1rga


解像度: 1.7→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.187 ---
all-4313 --
obs-4313 94.5 %-
Rfree---RANDOM
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数785 0 0 147 932
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0210.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0760.05
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0880.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord00.05
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.1772
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.8473
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.8093
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.7244
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0130.015
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1750.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1380.15
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1270.15
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd00.15
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1390.15
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.33
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1312
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor22.720
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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