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- PDB-4bi8: Crystal structure of the type VI effector-immunity complex Ssp1-R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bi8
タイトルCrystal structure of the type VI effector-immunity complex Ssp1-Rap1a from Serratia marcescens
要素
  • RAP1A
  • SSSP1
キーワードTOXIN / PROTEIN RAP1A COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #40 / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) - #80 / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B - #80 / Rap1a immunity protein / Rap1a immunity proteins / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) ...10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A - #40 / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) - #80 / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B - #80 / Rap1a immunity protein / Rap1a immunity proteins / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / 10k-s Protein, Hypothetical Protein A; Chain A / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種SERRATIA MARCESCENS (霊菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Srikannathasan, V. / Coulthurst, S.J. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Type Vi Secreted Peptidoglycan Dl-Endopeptidase Function, Specificity and Neutralization in Serratia Marcescens
著者: Srikannathasan, V. / English, G. / Bui, N.K. / Trunk, K. / Rourke, P.E.F.O. / Rao, V.A. / Vollmer, W. / Coulthurst, S.J. / Hunter, W.N.
履歴
登録2013年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22013年12月18日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAP1A
B: SSSP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7072
ポリマ－29,7072
非ポリマー00
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-9.7 kcal/mol
Surface area15180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.470, 68.470, 92.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2036-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RAP1A


分子量: 11500.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SERRATIA MARCESCENS (霊菌) / 株: DB10 / 解説: SEQUENCE DATA NOT AVAILABLE IN UNIPROT DATABASE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: S4S1W3*PLUS
#2: タンパク質 SSSP1


分子量: 18205.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SERRATIA MARCESCENS (霊菌) / 株: DB10 / 解説: SEQUENCE DATA NOT AVAILABLE IN UNIPROT DATABASE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: S4S1W1*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 12.5% PEG1K, 12.5% PEG3350 AND 12.5% MPD. 20% GLYCEROL AS A CRYO-PROTECTANT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 HG / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月23日
放射モノクロメーター: CU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.92 Å / Num. obs: 17462 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 28.2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 40.9
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 25.2 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 11.4 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BI3

4bi3


解像度: 2→49.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 6.711 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22145 882 5.1 %RANDOM
Rwork0.1753 ---
obs0.1775 16564 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.653 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20.27 Å20 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3----0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→49.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2046 0 0 192 2238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022115
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0091.9592857
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9025259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.17123.91897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.76615367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8251510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 63 -
Rwork0.2 1097 -
obs--98.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.19450.1863-0.40790.7150.27342.5765-0.03460.09090.0683-0.07850.00830.1233-0.3752-0.04730.02630.06950.006-0.01420.02580.01610.0587-25.593211.0522-31.4528
26.89530.24980.58615.23760.88723.9355-0.23750.03760.0442-0.06480.06170.3002-0.1063-0.26770.17570.03810.02210.00220.04870.00660.0269-32.59586.8743-23.3526
30.36090.04570.16161.0059-0.28380.975-0.0125-0.03050.0070.0635-0.028-0.0122-0.07810.1090.04060.0379-0.0066-0.00370.05650.00930.0372-17.59283.9011-21.8321
48.81020.8616-1.67379.9253-1.3039.8310.3009-0.32650.2920.528-0.1547-0.2018-0.25740.7423-0.14620.0518-0.0439-0.01950.1252-0.00030.0446-8.35430.8238-16.1443
58.7333.2603-4.94146.72336.900916.70690.32310.09380.1250.353-0.0798-0.05960.2051-0.3412-0.24330.0380.050.0290.17990.07030.1028-39.8186-3.92052.9437
61.08860.00190.15530.41060.19461.92160.0162-0.0160.00830.1992-0.04670.0083-0.13150.11110.03050.1313-0.03280.00460.02360.00530.0179-21.66480.6955-0.5563
71.1571.1370.18542.91071.61061.17880.1028-0.0437-0.08990.2839-0.0677-0.07520.1368-0.0316-0.03510.12640.0020.00150.02140.03220.0495-29.4923-15.1159-1.754
80.94790.3063-0.79321.14660.23061.5990.03330.09130.0013-0.0164-0.090.14120.0025-0.07890.05670.04830.01350.00990.0366-0.00030.0461-33.216-10.4211-10.2313
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2A50 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3A58 - 115
4X-RAY DIFFRACTION4A116 - 123
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 7
6X-RAY DIFFRACTION6B8 - 77
7X-RAY DIFFRACTION7B78 - 111
8X-RAY DIFFRACTION8B112 - 163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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