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- PDB-4bhx: Crystal structure of the SCAN domain from human paternally expres... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bhx
タイトルCrystal structure of the SCAN domain from human paternally expressed gene 3 protein
要素PATERNALLY-EXPRESSED GENE 3 PROTEIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PEG3
機能・相同性
機能・相同性情報


autophagosome / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / DNA breaking-rejoining enzymes fold / DNA breaking-rejoining enzymes / SCAN domain / SCAN domain superfamily / SCAN domain / SCAN box profile. / leucine rich region / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger ...: / DNA breaking-rejoining enzymes fold / DNA breaking-rejoining enzymes / SCAN domain / SCAN domain superfamily / SCAN domain / SCAN box profile. / leucine rich region / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Paternally-expressed gene 3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Rimsa, V. / Eadsforth, T.C. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structure of the Scan Domain of Human Paternally Expressed Gene 3 Protein.
著者: Rimsa, V. / Eadsforth, T.C. / Hunter, W.N.
履歴
登録2013年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月21日Group: Database references
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PATERNALLY-EXPRESSED GENE 3 PROTEIN
B: PATERNALLY-EXPRESSED GENE 3 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,93129
ポリマ－22,9032
非ポリマー2,02827
水2,792155
1
A: PATERNALLY-EXPRESSED GENE 3 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,60316
ポリマ－11,4511
非ポリマー1,15115
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PATERNALLY-EXPRESSED GENE 3 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,32813
ポリマ－11,4511
非ポリマー87712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.615, 83.615, 55.233
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 PATERNALLY-EXPRESSED GENE 3 PROTEIN / ZINC FINGER AND SCAN DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 24


分子量: 11451.426 Da / 分子数: 2 / 断片: SCAN DOMAIN, RESIDUES 40-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q9GZU2
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FIRST THREE RESIDUES AT THE N-TERMINUS (GHM) ARE FROM THE HISTIDINE TAG AND REMAINED AFTER TEV DIGESTION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化詳細: CRYSTALLIZATION WAS OBSERVED DURING PROTEIN CONCENTRATION USING VIVASPIN 20 CONCENTRATORS (SARTORIUS STEDIM BIOTECH) IN 50 MM TRIS-HCL PH 7.5, 150 MM NACL.

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→13.8 Å / Num. obs: 16090 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 28 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 38
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 20.8 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4E6S

4e6s


解像度: 1.95→13.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.489 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22383 806 5 %RANDOM
Rwork0.17151 ---
obs0.17412 15239 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.167 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.11 Å20 Å20 Å2
2--3.11 Å20 Å2
3----6.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→13.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1567 0 132 155 1854
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.021765
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0172.0232332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96134230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9245196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.02523.97683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.32815340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.7971513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211789
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02372
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.952→2.003 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 64 -
Rwork0.19 1133 -
obs--99.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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