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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bh7 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF GERMLINE ANTIBODY 36-65 IN COMPLEX WITH PEPTIDE PPYPAWHAPGNI | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / CONVERGENCE OF ANTIBODY SPECIFICITIES | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å | ||||||
データ登録者 | Khan, T. / Salunke, D.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2014 タイトル: Adjustable Locks and Flexible Keys: Plasticity of Epitope-Paratope Interactions in Germline Antibodies. 著者: Khan, T. / Salunke, D.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bh7.cif.gz | 98.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4bh7.ent.gz | 74.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bh7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/4bh7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/4bh7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23620.893 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN BINDING FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B CELL / 細胞株: 36-65 HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 株: BALB/C |
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#2: 抗体 | 分子量: 23942.768 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN BINDING FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B CELL / 細胞株: 36-65 HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 株: BALB/C |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1320.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: 0.05 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 18% PEG 3000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月13日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER CMF12 38CU-6 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.89→57 Å / Num. obs: 10548 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.89→3.05 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2A6J 解像度: 2.89→57.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 15.702 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.643 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.89→57.81 Å
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拘束条件 |
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