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- PDB-4bgj: Crystal structure of the phox-homology domain of human sorting ne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bgj
タイトルCrystal structure of the phox-homology domain of human sorting nexin 14
要素SORTING NEXIN-14
キーワードPROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / autophagosome maturation / phosphatidylinositol binding / protein transport / late endosome / late endosome membrane / postsynapse / lysosome / lysosomal membrane ...phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / autophagosome maturation / phosphatidylinositol binding / protein transport / late endosome / late endosome membrane / postsynapse / lysosome / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / dendrite / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sorting nexin-14, PX domain / SNX14, RGS domain / Phox-associated domain / Sorting nexin, C-terminal / PXA domain / Sorting nexin C terminal / PXA domain profile. / Domain associated with PX domains / Phox-like domain / PX Domain ...Sorting nexin-14, PX domain / SNX14, RGS domain / Phox-associated domain / Sorting nexin, C-terminal / PXA domain / Sorting nexin C terminal / PXA domain profile. / Domain associated with PX domains / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Vollmar, M. / Kiyani, W. / Shrestha, L. / Goubin, S. / Krojer, T. / Pike, A.C.W. / Carpenter, E. / Quigley, A. / McKenzie, A. / Burgess-Brown, N. ...Vollmar, M. / Kiyani, W. / Shrestha, L. / Goubin, S. / Krojer, T. / Pike, A.C.W. / Carpenter, E. / Quigley, A. / McKenzie, A. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Yue, W.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Phox-Homology Domain of Human Sorting Nexin 14
著者: Vollmar, M. / Kiyani, W. / Shrestha, L. / Goubin, S. / Krojer, T. / Pike, A.C.W. / Carpenter, E. / Quigley, A. / Mckenzie, A. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, ...著者: Vollmar, M. / Kiyani, W. / Shrestha, L. / Goubin, S. / Krojer, T. / Pike, A.C.W. / Carpenter, E. / Quigley, A. / Mckenzie, A. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Yue, W.W.
履歴
登録2013年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SORTING NEXIN-14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3991
ポリマ－17,3991
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.611, 88.611, 73.082
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 SORTING NEXIN-14


分子量: 17398.682 Da / 分子数: 1 / 断片: PHOX-HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 505-649 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RARE / 参照: UniProt: Q9Y5W7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.16 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20%(W/V) PEG 3350, 0.2M SODIUM MALONATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.0163
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0163 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→23.49 Å / Num. obs: 9277 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.03 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XTN

1xtn


解像度: 2.55→23.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 15.975 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. UNEXPLAINED DIFFERENCE ELECTRON DENSITY AT SER623
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22566 443 4.8 %RANDOM
Rwork0.20523 ---
obs0.20625 8839 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.969 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.44 Å20 Å20 Å2
2---2.44 Å20 Å2
3---4.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→23.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数956 0 0 4 960
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.019983
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02884
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9661.9541331
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.68532024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7395114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.19423.33351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.94515150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.102157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.3311.356468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.32811.344467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.7121.162578
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.05811.517515
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.551→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 33 -
Rwork0.402 650 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.7935 Å / Origin y: -7.1252 Å / Origin z: -11.539 Å
111213212223313233
T0.122 Å20.0252 Å2-0.0157 Å2-0.0998 Å20.0151 Å2--0.1016 Å2
L4.141 °2-0.094 °2-1.518 °2-2.3481 °2-0.1289 °2--1.8958 °2
S0.0897 Å °-0.0985 Å °0.0595 Å °-0.3752 Å °0.0567 Å °-0.0761 Å °-0.0919 Å °-0.1371 Å °-0.1464 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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