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- PDB-4bfp: Crystal structure of human tankyrase 2 in complex with WIKI4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bfp
タイトルCrystal structure of human tankyrase 2 in complex with WIKI4
要素TANKYRASE-2
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / DIPHTHERIA TOXIN LIKE FOLD / ADP-RIBOSYLATION / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / pericentriolar material ...XAV939 stabilizes AXIN / positive regulation of telomere capping / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / pericentriolar material / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear envelope / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain ...Ankyrin repeat / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SWY / Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Haikarainen, T. / Narwal, M. / Lehtio, L.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural Basis and Selectivity of Tankyrase Inhibition by a Wnt Signaling Inhibitor Wiki4
著者: Haikarainen, T. / Venkannagari, H. / Narwal, M. / Obaji, E. / Lee, H. / Nkizinkiko, Y. / Lehtio, L.
履歴
登録2013年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22014年9月10日Group: Database references
改定 1.32015年4月1日Group: Database references
改定 1.42019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TANKYRASE-2
B: TANKYRASE-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,15810
ポリマ－54,6002
非ポリマー1,5588
水2,180121
1
A: TANKYRASE-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0795
ポリマ－27,3001
非ポリマー7794
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TANKYRASE-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0795
ポリマ－27,3001
非ポリマー7794
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.960, 93.170, 117.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 TANKYRASE-2 / TANK2 / ADP-RIBOSYLTRANSFERASE DIPHTHERIA TOXIN-LIKE 6 / ARTD 6 / POLY ADP-RIBOSE POLYMERASE 5B / ...TANK2 / ADP-RIBOSYLTRANSFERASE DIPHTHERIA TOXIN-LIKE 6 / ARTD 6 / POLY ADP-RIBOSE POLYMERASE 5B / TNKS-2 / TRF1-INTERACTING ANKYRIN-RELATED ADP-RIBOSE POLYMERASE 2 / TANKYRASE II / TANKYRASE-LIKE PROTEIN / TANKYRASE-RELATED PROTEIN


分子量: 27299.764 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 946-1162 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SWY / 2-[3-[[4-(4-methoxyphenyl)-5-pyridin-4-yl-1,2,4-triazol-3-yl]sulfanyl]propyl]benzo[de]isoquinoline-1,3-dione / WIKI4


分子量: 521.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H23N5O3S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PROTEIN HAS BEEN TREATED WITH CHYMOTRYPSIN PRIOR TO CRYSTALLIZATION, WHICH CAUSES A CHAIN-BREAK ...THE PROTEIN HAS BEEN TREATED WITH CHYMOTRYPSIN PRIOR TO CRYSTALLIZATION, WHICH CAUSES A CHAIN-BREAK TO THE SURFACE LOOP, AND A GAP PRIOR TO MET1115.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M LISO4, 0.1 M TRIS HCL, 22% PEG3350, PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月9日
放射モノクロメーター: SINGLE BOUNCE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 19334 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→29.321 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.88 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 946-951, 1114, 1115 AND 1162 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 967 5 %
Rwork0.2016 --
obs0.2041 19332 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.321 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3336 0 98 121 3555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5914782
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4931311
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003622
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.52650.36191350.28012577X-RAY DIFFRACTION100
2.5265-2.68470.30431380.26042602X-RAY DIFFRACTION100
2.6847-2.89180.28421350.22172576X-RAY DIFFRACTION100
2.8918-3.18250.25921380.21612627X-RAY DIFFRACTION100
3.1825-3.64230.26971370.19312603X-RAY DIFFRACTION100
3.6423-4.5860.22631400.17262649X-RAY DIFFRACTION100
4.586-29.32340.20911440.18722731X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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