PDB-4bff: Superoxide reductase (Neelaredoxin) from Archaeoglobus fulgidus i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bff

タイトル

Superoxide reductase (Neelaredoxin) from Archaeoglobus fulgidus in the reduced form

要素

SUPEROXIDE REDUCTASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / OXYGEN DETOXIFICATION

機能・相同性

機能・相同性情報

superoxide reductase / superoxide reductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Bandeiras, T.M. / Rodrigues, J.V. / Sousa, C.M. / Barradas, A.R. / Pinho, F.G. / Pinto, A.F. / Teixeira, M. / Matias, P.M. / Romao, C.V.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Understanding the Role of Key Residues in the Superoxide Reductase Molecular Mechanism, Exploring Archaeoglobus Fulgidus Sor Structure
著者: Bandeiras, T.M. / Rodrigues, J.V. / Sousa, C.M. / Barradas, A.R. / Pinho, F.G. / Pinto, A.F. / Teixeira, M. / Matias, P.M. / Romao, C.V.

履歴

登録	2013年3月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bff.cif.gz	795.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bff.ent.gz	665.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bff.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bff_validation.pdf.gz	495.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bff_full_validation.pdf.gz	503.1 KB	表示
XML形式データ	4bff_validation.xml.gz	82.5 KB	表示
CIF形式データ	4bff_validation.cif.gz	117.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/4bff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/4bff	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bfjC 4bfkC 4c4bC 4c4uC 4bglS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bfk-d 4c4u-1 4c4u-3 4c4u-2 4c4u-4 4bgl-d 1dqk-d 1dqi-d 2gtc-d 1do6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SUPEROXIDE REDUCTASE

B: SUPEROXIDE REDUCTASE

C: SUPEROXIDE REDUCTASE

D: SUPEROXIDE REDUCTASE

E: SUPEROXIDE REDUCTASE

F: SUPEROXIDE REDUCTASE

G: SUPEROXIDE REDUCTASE

H: SUPEROXIDE REDUCTASE

I: SUPEROXIDE REDUCTASE

J: SUPEROXIDE REDUCTASE

K: SUPEROXIDE REDUCTASE

L: SUPEROXIDE REDUCTASE

M: SUPEROXIDE REDUCTASE

N: SUPEROXIDE REDUCTASE

O: SUPEROXIDE REDUCTASE

P: SUPEROXIDE REDUCTASE

ヘテロ分子

220 kDa, 16 ポリマー
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1

M: SUPEROXIDE REDUCTASE

N: SUPEROXIDE REDUCTASE

O: SUPEROXIDE REDUCTASE

P: SUPEROXIDE REDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 4 ポリマー
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2

I: SUPEROXIDE REDUCTASE

J: SUPEROXIDE REDUCTASE

K: SUPEROXIDE REDUCTASE

L: SUPEROXIDE REDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 4 ポリマー
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3

E: SUPEROXIDE REDUCTASE

F: SUPEROXIDE REDUCTASE

G: SUPEROXIDE REDUCTASE

H: SUPEROXIDE REDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 4 ポリマー
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4

A: SUPEROXIDE REDUCTASE

B: SUPEROXIDE REDUCTASE

C: SUPEROXIDE REDUCTASE

D: SUPEROXIDE REDUCTASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.324, 100.230, 109.681
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	SUPEROXIDE REDUCTASE / SOR 分子量: 13712.549 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / プラスミド: PT7AFNLR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: O29903, superoxide reductase
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.57 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 詳細: 0.1M SODIUM ACETATE PH4.6, 0.2M AMMONIUM SULPHATE AND 20% (V/V) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→48.11 Å / Num. obs: 130629 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS	PROGRAM PACKAGE	データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BGL

4bgl

解像度: 2→48.11 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2536	6518	5 %
R_work	0.2057	-	-
obs	0.2082	130488	89.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15236	0	16	1446	16698

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	15816
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.029	21423
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.38	5503
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	2349
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2738

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.3914	203	0.313	4264	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0227-2.0465	0.3605	217	0.2924	4274	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0465-2.0715	0.3282	211	0.2765	4281	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0715-2.0977	0.3244	219	0.2748	4223	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0977-2.1253	0.3189	222	0.2673	4267	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1253-2.1544	0.3062	197	0.26	4285	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1544-2.1852	0.3252	242	0.2692	4173	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1852-2.2178	0.31	214	0.2497	4236	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2178-2.2525	0.2858	218	0.2381	4217	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2525-2.2894	0.2896	230	0.232	4217	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2894-2.3289	0.2924	217	0.2235	4202	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3289-2.3712	0.2624	241	0.2283	4160	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3712-2.4168	0.304	225	0.2208	4192	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4168-2.4662	0.2933	226	0.2284	4172	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4662-2.5198	0.2998	221	0.219	4208	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5198-2.5784	0.2765	213	0.2201	4131	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5784-2.6429	0.294	214	0.2107	4187	X-RAY DIFFRACTION	91
2.6429-2.7143	0.2733	223	0.2076	4126	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7143-2.7942	0.2698	199	0.2131	4163	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7942-2.8844	0.2536	213	0.2015	4107	X-RAY DIFFRACTION	89
2.8844-2.9874	0.2577	208	0.2027	4094	X-RAY DIFFRACTION	89
2.9874-3.107	0.2512	232	0.1932	4051	X-RAY DIFFRACTION	89
3.107-3.2484	0.2474	205	0.1929	4067	X-RAY DIFFRACTION	88
3.2484-3.4196	0.2535	223	0.1887	4015	X-RAY DIFFRACTION	87
3.4196-3.6338	0.2265	213	0.1791	4012	X-RAY DIFFRACTION	87
3.6338-3.9143	0.2031	221	0.1771	3955	X-RAY DIFFRACTION	86
3.9143-4.308	0.1892	227	0.1595	3930	X-RAY DIFFRACTION	86
4.308-4.9308	0.1672	200	0.1568	3938	X-RAY DIFFRACTION	85
4.9308-6.2102	0.2282	212	0.18	3926	X-RAY DIFFRACTION	84
6.2102-48.1238	0.2524	212	0.218	3897	X-RAY DIFFRACTION	83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6644	0.4339	-0.9418	3.2915	-0.5707	3.6186	0.109	-0.0971	0.7115	0.3611	0.2712	-0.1222	-0.5462	0.0018	0.0798	0.209	-0.0889	-0.0309	0.3888	-0.0763	0.2618	37.5735	9.0887	49.6216
2	2.0084	-0.4577	1.2704	2.1029	-0.8258	2.0722	0.0344	0.0464	0.2022	0.0243	-0.1667	-0.1079	-0.3295	0.6098	0.0733	0.1597	-0.043	0.0031	0.3681	-0.0298	0.2091	37.4077	2.3632	38.8104
3	4.5435	-2.4397	1.1162	5.2526	-0.8032	1.9714	-0.0757	0.2827	0.3505	-0.1432	-0.0163	0.2231	-0.1429	0.1055	0.0075	0.1338	-0.0483	0.0234	0.3272	0.0094	0.3119	23.4214	6.1823	34.2894
4	1.7845	-0.9467	1.1678	3.3464	-2.0429	2.5576	0.0069	0.1979	0.0829	0.0732	-0.2411	-0.4792	-0.0653	0.3474	0.0041	0.1503	-0.0273	0.0146	0.4169	0.0119	0.2257	37.2918	-7.0913	39.7505
5	2.071	-0.4633	0.9732	2.9261	-2.1855	4.4588	-0.1117	0.0931	0.151	0.2384	0.1671	-0.044	-0.3003	-0.2598	0.0704	0.1529	-0.0372	-0.0034	0.2257	-0.0538	0.1939	32.4384	6.7441	43.0502
6	3.332	0.6901	0.7677	1.2099	0.4908	1.6192	-0.1268	0.3246	-0.6277	-0.1399	0.1991	-0.0152	-0.0619	-0.0084	-0.0061	0.2575	0.0014	0.0485	0.469	-0.0289	0.3331	36.4375	-14.8245	25.7515
7	1.9037	-0.4311	0.714	1.1524	-0.5183	1.5019	-0.1558	0.5319	-0.9576	0.0271	0.0303	0.1358	-0.0784	0.0295	-0.0294	0.1626	-0.052	-0.0028	0.425	-0.0692	0.2636	31.1641	-13.7561	31.2959
8	3.2839	-0.9781	0.1367	1.2183	0.1305	0.4599	0.1696	0.315	-0.2402	-0.0195	-0.075	0.1978	-0.0404	0.1452	-0.0276	0.1822	-0.026	-0.0138	0.4706	0.0245	0.1903	29.3206	-3.1131	29.8635
9	5.2579	-0.7973	1.0337	0.9895	-0.0474	0.8615	-0.0471	0.3941	-0.8499	0.1092	-0.0172	0.0188	0.1441	0.0181	-0.0286	0.1877	-0.0008	-0.0169	0.3739	-0.0591	0.3006	31.7294	-18.2042	28.9205
10	5.2732	0.3593	-1.0502	3.3715	0.0208	3.8848	0.0638	-0.3618	0.1561	0.2058	0.1088	0.489	-0.5314	-0.7128	-0.0029	0.2598	-0.018	0.0117	0.3612	0.0218	0.3318	10.5222	8.5805	45.2406
11	1.4803	-0.3817	0.6863	1.113	0.0163	3.1432	0.0003	0.0755	-0.1348	0.109	0.099	0.2906	-0.06	-0.452	-0.0534	0.1648	-0.0467	0.023	0.3889	-0.0139	0.2629	12.085	-3.1938	47.976
12	2.5901	0.4966	1.122	2.4454	1.4208	3.6987	0.019	-0.3181	0.3426	0.31	-0.1182	0.1726	0.1414	0.0708	-0.0593	0.1802	-0.0446	0.0123	0.3796	-0.0273	0.183	25.605	-2.066	54.7204
13	1.409	-0.3673	-0.2037	1.3492	0.5953	4.511	-0.1572	0.3466	0.0685	-0.2541	0.1568	-0.1693	0.0381	-0.5035	-0.0014	0.2298	-0.0713	-0.023	0.4765	-0.129	0.2923	12.3219	-10.0034	27.9821
14	0.9327	0.0822	0.3476	0.699	0.5029	3.7219	0.0989	-0.0964	-0.1685	0.0543	0.0262	0.1339	-0.002	-0.5293	0.0024	0.1749	-0.0027	-0.0185	0.298	0.0008	0.2269	13.4647	-8.8967	45.4917
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57	3.0222	0.3178	1.4415	2.5064	1.0825	4.8421	0.0135	0.4222	-0.1882	-0.2116	-0.0355	0.1263	-0.0179	-0.2955	-0.0502	0.1667	-0.053	-0.0338	0.3409	-0.0128	0.2577	34.7972	-65.6383	18.9081
58	2.9362	0.1415	-0.0355	2.213	-0.3707	1.4318	0.1476	-0.7395	0.0068	0.2353	-0.1464	-0.1152	-0.2788	-0.3604	0.0149	0.2719	-0.0484	-0.0295	0.2991	-0.0416	0.1965	49.8759	-57.5911	46.4431
59	3.2478	0.9529	1.9977	1.5378	0.8457	3.6774	-0.077	-0.161	-0.5945	-0.017	0.263	0.1535	-0.2682	-0.4795	-0.0274	0.158	-0.0427	0.0648	0.1974	0.0147	0.2579	31.9683	-63.8439	31.6783
60	5.4795	0.282	2.0602	1.604	0.0967	2.5286	0.056	0.4063	-0.8229	-0.0292	0.0994	0.1736	0.098	0.1566	-0.0493	0.1701	-0.0235	-0.0207	0.1619	0.026	0.3383	39.6095	-72.5663	28.1414
61	6.5002	0.1338	1.1337	2.4676	0.3155	2.9729	-0.2177	-0.6912	-0.9308	0.229	0.1701	-0.0152	0.1136	-0.1449	-0.0139	0.2943	-0.0396	0.0242	0.55	0.0919	0.3078	-6.4265	-21.3678	-5.5306
62	4.1421	-0.3021	-1.8971	2.4017	1.0949	7.4252	0.106	0.3352	-0.235	-0.292	-0.1826	0.0338	-0.0728	-0.8023	0.0285	0.2389	-0.005	-0.0592	0.3836	-0.0356	0.287	-7.2857	-17.9684	-24.0883
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71	3.1976	-0.6323	-0.039	1.2243	0.187	0.2031	0.0146	0.1986	0.0638	-0.0201	-0.1081	0.0685	-0.0078	-0.2336	0.1147	0.1628	-0.0114	0.002	0.2516	0.0193	0.1557	1.9704	-5.0799	-25.1952
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77	3.4538	0.6705	0.9527	3.3121	0.112	3.6298	-0.4429	-0.5911	0.8146	-0.0674	-0.0207	-0.3695	-0.4173	0.3916	0.0926	0.3667	-0.0232	-0.008	0.4699	-0.2718	0.6353	6.7682	17.875	-8.9087
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79	5.3583	1.4799	-3.9447	1.0934	-1.7514	4.5238	-0.1321	-0.2906	0.2628	-0.0285	0.0741	-0.2589	0.1965	-0.0177	0.1655	0.2096	-0.0133	-0.0177	0.3031	-0.0701	0.3437	12.0554	6.1894	-15.9002
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83	6.2078	0.9276	-2.2779	1.1462	-0.4799	1.914	0.0541	-0.0472	1.1342	0.1429	0.1479	0.0263	-0.2015	0.0181	0.0134	0.1983	-0.0401	0.0067	0.3624	-0.1193	0.4021	10.0506	11.7689	-13.5811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:15)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 16:57)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 58:70)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 71:101)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 102:124)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 2:34)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 35:70)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 71:101)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 102:124)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESSEQ 2:15)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESSEQ 16:57)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESSEQ 58:70)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN C AND (RESSEQ 71:80)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN C AND (RESSEQ 81:101)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESSEQ 102:124)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND (RESSEQ 2:15)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN D AND (RESSEQ 16:57)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN D AND (RESSEQ 58:70)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN D AND (RESSEQ 71:113)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN D AND (RESSEQ 114:124)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN E AND (RESSEQ 2:57)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN E AND (RESSEQ 58:70)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN E AND (RESSEQ 71:113)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN E AND (RESSEQ 114:124)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN F AND (RESSEQ 2:26)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN F AND (RESSEQ 27:47)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN F AND (RESSEQ 48:57)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN F AND (RESSEQ 58:70)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN F AND (RESSEQ 71:101)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN F AND (RESSEQ 102:113)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN F AND (RESSEQ 114:124)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN G AND (RESSEQ 2:15)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN G AND (RESSEQ 16:34)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN G AND (RESSEQ 35:70)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN G AND (RESSEQ 71:101)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN G AND (RESSEQ 102:124)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN H AND (RESSEQ 2:15)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	CHAIN H AND (RESSEQ 16:57)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	CHAIN H AND (RESSEQ 58:70)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	CHAIN H AND (RESSEQ 71:113)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	CHAIN H AND (RESSEQ 114:124)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	CHAIN I AND (RESSEQ 2:57)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	CHAIN I AND (RESSEQ 58:70)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	CHAIN I AND (RESSEQ 71:124)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	CHAIN J AND (RESSEQ 2:34)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	CHAIN J AND (RESSEQ 35:70)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	CHAIN J AND (RESSEQ 71:113)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	CHAIN J AND (RESSEQ 114:124)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	CHAIN K AND (RESSEQ 2:34)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	CHAIN K AND (RESSEQ 35:70)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	CHAIN K AND (RESSEQ 71:114)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	CHAIN K AND (RESSEQ 115:124)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	CHAIN L AND (RESSEQ 2:15)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	CHAIN L AND (RESSEQ 16:23)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	CHAIN L AND (RESSEQ 24:34)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	CHAIN L AND (RESSEQ 35:57)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	CHAIN L AND (RESSEQ 58:70)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	CHAIN L AND (RESSEQ 71:85)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	CHAIN L AND (RESSEQ 86:101)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	CHAIN L AND (RESSEQ 102:124)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	CHAIN M AND (RESSEQ 2:15)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	CHAIN M AND (RESSEQ 16:34)
63	X-RAY DIFFRACTION	63	CHAIN M AND (RESSEQ 35:57)
64	X-RAY DIFFRACTION	64	CHAIN M AND (RESSEQ 58:70)
65	X-RAY DIFFRACTION	65	CHAIN M AND (RESSEQ 71:113)
66	X-RAY DIFFRACTION	66	CHAIN M AND (RESSEQ 114:124)
67	X-RAY DIFFRACTION	67	CHAIN N AND (RESSEQ 2:15)
68	X-RAY DIFFRACTION	68	CHAIN N AND (RESSEQ 16:47)
69	X-RAY DIFFRACTION	69	CHAIN N AND (RESSEQ 48:57)
70	X-RAY DIFFRACTION	70	CHAIN N AND (RESSEQ 58:70)
71	X-RAY DIFFRACTION	71	CHAIN N AND (RESSEQ 71:113)
72	X-RAY DIFFRACTION	72	CHAIN N AND (RESSEQ 114:124)
73	X-RAY DIFFRACTION	73	CHAIN O AND (RESSEQ 2:34)
74	X-RAY DIFFRACTION	74	CHAIN O AND (RESSEQ 35:70)
75	X-RAY DIFFRACTION	75	CHAIN O AND (RESSEQ 71:101)
76	X-RAY DIFFRACTION	76	CHAIN O AND (RESSEQ 102:124)
77	X-RAY DIFFRACTION	77	CHAIN P AND (RESSEQ 2:15)
78	X-RAY DIFFRACTION	78	CHAIN P AND (RESSEQ 16:47)
79	X-RAY DIFFRACTION	79	CHAIN P AND (RESSEQ 48:57)
80	X-RAY DIFFRACTION	80	CHAIN P AND (RESSEQ 58:70)
81	X-RAY DIFFRACTION	81	CHAIN P AND (RESSEQ 71:90)
82	X-RAY DIFFRACTION	82	CHAIN P AND (RESSEQ 91:101)
83	X-RAY DIFFRACTION	83	CHAIN P AND (RESSEQ 102:124)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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