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- PDB-4bej: Nucleotide-free Dynamin 1-like protein (DNM1L, DRP1, DLP1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bej
タイトルNucleotide-free Dynamin 1-like protein (DNM1L, DRP1, DLP1)
要素DYNAMIN 1-LIKE PROTEIN
キーワードHYDROLASE / G PROTEIN / MITOCHONDRIAL FISSION / MEMBRANE REMODELING / APOPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial membrane fission / regulation of ATP metabolic process / regulation of peroxisome organization / mitocytosis / dynamin GTPase / Apoptotic execution phase / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / regulation of mitophagy / peroxisome fission / GTP-dependent protein binding ...mitochondrial membrane fission / regulation of ATP metabolic process / regulation of peroxisome organization / mitocytosis / dynamin GTPase / Apoptotic execution phase / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / regulation of mitophagy / peroxisome fission / GTP-dependent protein binding / protein localization to mitochondrion / mitochondrial fission / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of mitochondrial fission / heart contraction / intracellular distribution of mitochondria / protein complex oligomerization / brush border / clathrin-coated pit / GTPase activator activity / positive regulation of protein secretion / mitochondrion organization / small GTPase binding / synaptic vesicle membrane / endocytosis / calcium ion transport / rhythmic process / peroxisome / regulation of gene expression / microtubule binding / microtubule / mitochondrial outer membrane / GTPase activity / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dynamin, middle domain / Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. ...Dynamin, middle domain / Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain / Dynamin, GTPase / Dynamin / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynamin-1-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.483 Å
データ登録者Froehlich, C. / Schwefel, D. / Faelber, K. / Daumke, O.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2013
タイトル: Structural Insights Into Oligomerization and Mitochondrial Remodelling of Dynamin 1-Like Protein.
著者: Frohlich, C. / Grabiger, S. / Schwefel, D. / Faelber, K. / Rosenbaum, E. / Mears, J. / Rocks, O. / Daumke, O.
履歴
登録2013年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DYNAMIN 1-LIKE PROTEIN
B: DYNAMIN 1-LIKE PROTEIN
C: DYNAMIN 1-LIKE PROTEIN
D: DYNAMIN 1-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,8424
ポリマ－276,8424
非ポリマー00
水00
1
A: DYNAMIN 1-LIKE PROTEIN
B: DYNAMIN 1-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,4212
ポリマ－138,4212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-13.8 kcal/mol
Surface area54650 Å2
手法PISA
2
C: DYNAMIN 1-LIKE PROTEIN
D: DYNAMIN 1-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,4212
ポリマ－138,4212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-14.4 kcal/mol
Surface area54350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.470, 80.770, 208.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.45, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

#1: タンパク質
DYNAMIN 1-LIKE PROTEIN / DNM1P/VPS1P-LIKE PROTEIN / DVLP / DYNAMIN FAMILY MEMBER PROLINE-RICH CARBOXYL-TERMINAL DOMAIN LESS ...DNM1P/VPS1P-LIKE PROTEIN / DVLP / DYNAMIN FAMILY MEMBER PROLINE-RICH CARBOXYL-TERMINAL DOMAIN LESS / DYMPLE / DYNAMIN-LIKE PROTEIN / DYNAMIN-LIKE PROTEIN 4 / DYNAMIN-LIKE PROTEIN IV / HDYNIV / DYNAMIN-RELATED PROTEIN 1


分子量: 69210.516 Da / 分子数: 4 / 断片: DNM1L DELTA B INSERT, RESIDUES 1-516,632-725 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: MODIFIED PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: O00429, dynamin GTPase
配列の詳細HUMAN DNM1L ISOFORM 2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.83 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 12% PEG3350, 50 MM K(HCOO), pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.48→50 Å / Num. obs: 42403 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.94 % / Biso Wilson estimate: 75.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 10.19
反射 シェル解像度: 3.48→3.69 Å / 冗長度: 3.68 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / % possible all: 84.3

-
解析

ソフトウェア
名称分類
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
XDS位相決定
CCP4位相決定
PHENIX位相決定
Coot位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SNH

3snh


解像度: 3.483→47.574 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.78 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: TORSION NCS USED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2761 2121 5 %
Rwork0.2509 --
obs0.2522 42384 97.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.483→47.574 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17076 0 0 0 17076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00717286
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.61823356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0486596
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0812844
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062960
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.483-3.5640.3583860.33641674X-RAY DIFFRACTION62
3.564-3.65310.35441370.31832760X-RAY DIFFRACTION100
3.6531-3.75180.32221480.31252708X-RAY DIFFRACTION100
3.7518-3.86220.35611380.29812758X-RAY DIFFRACTION100
3.8622-3.98680.29321380.29072741X-RAY DIFFRACTION100
3.9868-4.12920.27531550.27142705X-RAY DIFFRACTION100
4.1292-4.29440.29121580.24092736X-RAY DIFFRACTION100
4.2944-4.48970.28481370.23542756X-RAY DIFFRACTION100
4.4897-4.72620.24781520.22452746X-RAY DIFFRACTION100
4.7262-5.02210.28681230.22662780X-RAY DIFFRACTION100
5.0221-5.40930.26351450.24582759X-RAY DIFFRACTION100
5.4093-5.95270.27321490.26772765X-RAY DIFFRACTION100
5.9527-6.8120.32011400.27552782X-RAY DIFFRACTION100
6.812-8.57420.23321410.22392792X-RAY DIFFRACTION100
8.5742-47.57810.22591740.20152801X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.7148-1.6877-4.79457.88731.28452.9884-0.2047-0.5287-0.37260.05290.21870.10020.45260.50590.14270.39370.2777-0.00510.6018-0.05750.2225-41.908912.253718.2084
24.7462-0.9294-4.16726.18042.59679.5058-0.24440.2199-0.233-0.37670.00960.61170.47280.11890.11070.81060.0573-0.07420.6324-0.40860.81228.3859-41.9242-103.3135
31.96650.93731.87113.61061.67523.15330.19350.2274-0.2459-0.17450.0977-0.12370.38770.5464-0.44590.47940.1391-0.30430.9223-0.59180.8656-19.7389-11.328119.8418
48.38220.7178-3.07417.8424-0.29117.2346-0.0406-0.59620.48620.33150.19810.0184-0.05220.4113-0.09030.1513-0.02690.09250.5934-0.1710.456942.2793-103.1032-81.1217
52.2332-0.6754-0.22971.95840.01442.30290.0450.0560.31990.2681-0.0324-0.0242-0.58650.1263-0.12220.43350.30130.11710.4854-0.15590.3215-40.540828.503827.524
61.52960.95740.14382.22840.29811.9281-0.091-0.299-0.1295-0.0438-0.54830.21060.4466-0.5685-0.47620.4752-0.1378-0.10490.4958-0.52650.435734.955-59.1446-107.7838
71.83390.1942-0.0942.41610.3062.24640.25240.5023-0.4478-0.1351-0.1235-0.38430.14770.6978-0.10730.2370.08-0.03210.676-0.19030.4684-7.49112.192625.0025
81.56980.3017-0.25751.20230.18482.2455-0.2625-0.4166-0.02920.7855-0.1063-0.64680.57760.1031-0.8850.6559-0.1452-0.35180.3269-0.3740.508750.6379-119.0988-74.4966
92.0357-0.4204-0.11441.8775-0.00561.74850.0114-0.3590.2115-0.06640.07430.2425-0.0594-0.14410.0115-0.0867-0.1734-0.0440.0155-0.00360.0641-24.6927-4.8882-45.9827
102.04830.50010.29912.86940.57422.0983-0.00750.3936-0.2118-0.28820.0834-0.14020.37090.36480.12860.2517-0.0696-0.02040.0280.00490.1101-17.1603-24.0885-57.2461
112.5242-0.82660.10912.58170.11682.40480.0193-0.23440.4293-0.13280.0143-0.1659-0.7281-0.06-0.02240.1958-0.064-0.02540.0318-0.09570.2097-17.3261-43.8467-43.7575
122.67460.18430.39932.42090.18781.9370.06620.1402-0.58240.0212-0.0817-0.14550.16370.15320.0870.0866-0.08650.0651-0.0515-0.09220.2894-12.9525-66.4275-51.816
131.67980.1293-0.23945.12511.41236.8993-0.00550.4436-0.2603-0.29480.0378-0.02850.23240.06560.23850.77880.04010.0560.8169-0.36290.3863-42.00045.56572.3256
143.7911-1.7744-5.09541.27132.29076.86910.09780.30950.0776-0.6745-0.1047-0.4535-0.23030.57280.12870.71680.04040.12660.7021-0.02780.4451-33.34085.85374.5788
152.5488-0.5816-0.7023.74633.0422.4938-0.036-0.2131-0.03050.3761-0.07270.51770.4219-0.07290.2630.89890.3663-0.07321.0511-0.58451.205715.4865-33.613-95.2929
161.3656-1.7676-0.86077.43472.93312.9234-0.04360.3971-0.3072-0.75610.0513-0.19970.28060.0936-0.09240.9539-0.1516-0.11590.7419-0.46110.831-26.8976-18.10225.382
178.3022-4.9906-2.60463.03621.88373.56890.2225-0.33550.22560.3309-0.08980.9125-0.404-0.7397-0.06470.53940.1910.02420.6085-0.06990.677127.5194-95.7657-82.3843
182.3785-0.6711-2.35470.25090.69572.34740.1338-0.3159-0.08310.16010.20360.3595-0.28850.189-0.12660.86710.3511-0.08080.7111-0.3331.021322.5124-34.7544-90.7594
193.6668-3.2385-4.34262.86263.83535.13640.08150.111-0.36760.3282-0.05530.04280.54270.29070.0090.8613-0.1751-0.15991.1223-0.58891.0584-21.5447-21.270610.2128
204.2181-2.8792-1.73266.18784.73847.2728-0.1237-0.63830.36840.4536-0.22460.1998-0.3946-0.19410.25880.46030.0093-0.15570.4788-0.05080.664332.2259-91.8987-75.9767
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:25)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND (RESSEQ 1:25)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND (RESSEQ 1:25)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D AND (RESSEQ 1:25)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 26:302)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 26:302)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND (RESSEQ 26:302)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN D AND (RESSEQ 26:302)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESSEQ 326:674)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 326:674)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND (RESSEQ 326:674)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN D AND (RESSEQ 326:674)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN A AND (RESSEQ 303:325)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN A AND (RESSEQ 675:705)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESSEQ 303:325)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND (RESSEQ 303:325)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN D AND (RESSEQ 303:325)
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN B AND (RESSEQ 675:705)
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN C AND (RESSEQ 675:705)
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN D AND (RESSEQ 675:705)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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