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- PDB-4bcu: Satellite Tobacco Necrosis Virus (STNV) virus like particle in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bcu
タイトルSatellite Tobacco Necrosis Virus (STNV) virus like particle in complex with the B3 aptamer
要素COAT PROTEIN
キーワードVIRUS / VLP / RNA APTAMER / METAL BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / structural molecule activity / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Satellite tobacco necrosis virus coat protein-like / Satellite tobacco necrosis virus coat protein / Satellite virus coat / Satellite virus coat domain superfamily / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種TOBACCO NECROSIS SATELLITE VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Ford, R.J. / Barker, A.M. / Bakker, S.E. / Coutts, R.H. / Ranson, N.A. / Phillips, S.E.V. / Pearson, A.R. / Stockley, P.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Sequence-Specific, RNA-Protein Interactions Overcome Electrostatic Barriers Preventing Assembly of Satellite Tobacco Necrosis Virus Coat Protein.
著者: Ford, R.J. / Barker, A.M. / Bakker, S.E. / Coutts, R.H. / Ranson, N.A. / Phillips, S.E.V. / Pearson, A.R. / Stockley, P.G.
履歴
登録2012年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22013年3月20日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: COAT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8203
ポリマ－21,7401
非ポリマー802
水3,963220
1
A: COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,309,188180
ポリマ－1,304,37960
非ポリマー4,809120
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 109 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,09915
ポリマ－108,6985
非ポリマー40110
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: COAT PROTEIN
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 131 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,91918
ポリマ－130,4386
非ポリマー48112
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)315.020, 300.550, 183.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.37, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
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50generate(0.602725, -0.712468, -0.359322), (0.173315, 0.556445, -0.812607), (0.7789, 0.427503, 0.458864)45.7507, 24.57107, -32.47812
51generate(0.666617, -0.704695, 0.242955), (-0.504539, -0.186648, 0.842973), (-0.548692, -0.68452, -0.479969)13.35473, -1.64623, 108.42791
52generate(-0.303089, -0.505253, 0.807995), (-0.507844, 0.803086, 0.311684), (-0.806369, -0.315868, -0.499997)58.8198, 23.07105, 128.34824
53generate(-0.677898, 0.529266, 0.510227), (0.402972, 0.848001, -0.344249), (-0.614873, -0.027758, -0.788138)100.16984, -13.86533, 127.50292
54generate(0.060164, 0.969192, -0.238844), (0.969192, -0.113973, -0.218349), (-0.238844, -0.218349, -0.946191)80.2605, -61.41054, 107.06014
55generate(0.89112, 0.206562, -0.404027), (0.40832, -0.753421, 0.515394), (-0.197942, -0.62425, -0.755732)26.60581, -53.85872, 95.27113
56generate(0.08056, 0.995611, 0.047623), (0.121717, 0.037594, -0.991853), (-0.98929, 0.0857, -0.118154)65.58897, 36.58777, 124.28725
57generate(0.89112, 0.40832, -0.197942), (0.206562, -0.753421, -0.62425), (-0.404027, 0.515394, -0.755732)17.14076, 13.39893, 110.50739
58generate(0.81656, -0.474016, 0.329452), (-0.474016, -0.876309, -0.085968), (0.329452, -0.085968, -0.94025)-1.65637, 38.78014, 64.93
59generate(-0.04008, -0.432038, 0.900964), (-0.979482, -0.161242, -0.120894), (0.197504, -0.887324, -0.416711)35.17458, 77.65543, 50.54148
60generate(-0.494953, 0.476242, 0.726784), (-0.611299, 0.403581, -0.680761), (-0.617523, -0.781227, 0.091372)76.73449, 76.30047, 87.22628

-
要素

#1: タンパク質 COAT PROTEIN


分子量: 21739.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TOBACCO NECROSIS SATELLITE VIRUS (ウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03606
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FOR CONSISTENCY WITH PREVIOUS STRUCTURES, THE FIRST MET IS NUMBERED 0

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→217 Å / Num. obs: 756410 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.29→2.35 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.29→217.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 4.767 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. RESIDUES 0-7 ARE DISORDERED, 60-FOLD NCS APPLIED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19821 37936 5 %RANDOM
Rwork0.15512 ---
obs0.15729 718474 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.402 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å2-0.07 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→217.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1457 0 2 220 1679
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.02289580
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7561.932121560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.294511460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg45.01724.2254260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.7961515540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.961.556100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.714290900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.327333480
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0824.530540
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.35 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 2722 -
Rwork0.209 52951 -
obs--99.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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