PDB-4bca: MAMMALIAN ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE: Tyr578Phe mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bca

タイトル

MAMMALIAN ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE: Tyr578Phe mutant

要素

ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL

キーワード

TRANSFERASE / PLASMALOGEN

機能・相同性

機能・相同性情報

alkylglycerone-phosphate synthase / alkylglycerone-phosphate synthase activity / ether lipid biosynthetic process / peroxisomal membrane / FAD binding / peroxisome
類似検索 - 分子機能

生物種

CAVIA PORCELLUS (哺乳類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Nenci, S. / Piano, V. / Rosati, S. / Aliverti, A. / Pandini, V. / Fraaije, M.W. / Heck, A.J.R. / Edmondson, D.E. / Mattevi, A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Precursor of Ether Phospholipids is Synthesized by a Flavoenzyme Through Covalent Catalysis.
著者: Nenci, S. / Piano, V. / Rosati, S. / Aliverti, A. / Pandini, V. / Fraaije, M.W. / Heck, A.J.R. / Edmondson, D.E. / Mattevi, A.

履歴

登録	2012年10月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月28日	Group: Database references
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年5月15日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bca.cif.gz	881.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bca.ent.gz	732.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bca.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bca_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bca_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	4bca_validation.xml.gz	86 KB	表示
CIF形式データ	4bca_validation.cif.gz	116.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/4bca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/4bca	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bbySC 4bc7C 4bc9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bc7-1 6gou-1 5adz-1 6gou-2 5ae2-1 5ae1-1 5ae3-1 4bc9-1 4bc9-2 4bc7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL

B: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL

C: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL

D: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL

ヘテロ分子

296 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL

B: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
148 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL

D: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
148 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.680, 99.320, 107.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.43, 92.12, 95.20
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	1 - 104
2	1	1	1	B	1 - 104
3	1	1	1	C	1 - 104
4	1	1	1	D	1 - 104
1	2	1	1	A	114 - 140
2	2	1	1	B	114 - 140
3	2	1	1	C	114 - 140
4	2	1	1	D	114 - 140
1	3	1	1	A	155 - 267
2	3	1	1	B	155 - 267
3	3	1	1	C	155 - 267
4	3	1	1	D	155 - 267
1	4	1	1	A	278 - 430
2	4	1	1	B	278 - 430
3	4	1	1	C	278 - 430
4	4	1	1	D	278 - 430
1	5	1	1	A	463 - 468
2	5	1	1	B	463 - 468
3	5	1	1	C	463 - 468
4	5	1	1	D	463 - 468
1	6	1	1	A	513 - 575
2	6	1	1	B	513 - 575
3	6	1	1	C	513 - 575
4	6	1	1	D	513 - 575
1	7	1	4	A	582 - 999
2	7	1	4	B	582 - 999
3	7	1	4	C	582 - 999
4	7	1	4	D	582 - 999

#1: タンパク質	ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL / ALKYL-DHAP SYNTHASE / ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE / ALKYLGLYCERONE-PHOSPHATE SYNTHASE 分子量: 72922.695 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CAVIA PORCELLUS (哺乳類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P97275, alkylglycerone-phosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED USING VAPOR-DIFFUSION SITTING-DROP AT 20 DEGREES C BY MIXING EQUAL VOLUMES OF 10 MG PROTEIN/ML IN 50 MM NACL, 5% (V/V) GLYCEROL, 50 MM TRIS/HCL PH 8.0 AND OF 30% (W/V) ...詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED USING VAPOR-DIFFUSION SITTING-DROP AT 20 DEGREES C BY MIXING EQUAL VOLUMES OF 10 MG PROTEIN/ML IN 50 MM NACL, 5% (V/V) GLYCEROL, 50 MM TRIS/HCL PH 8.0 AND OF 30% (W/V) PEG1500 IN 100 MM NA/HEPES PH 7.5.

結晶

マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED USING VAPOR-DIFFUSION SITTING-DROP AT 20 DEGREES C BY MIXING EQUAL VOLUMES OF 10 MG PROTEIN/ML IN 50 MM NACL, 5% (V/V) GLYCEROL, 50 MM TRIS/HCL PH 8.0 AND OF 30% (W/V) ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→48 Å / Num. obs: 98369 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BBY

4bby

解像度: 2.4→47.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 17.6 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.392 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2522	1080	1.1 %	RANDOM
R_work	0.18748	-	-	-
obs	0.18816	97288	98.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	0.07 Å²	-0.51 Å²
2-	-	-0.32 Å²	-0.39 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17446	0	251	492	18189

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	18126
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.812	1.969	24553
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.058	5	2205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.651	24	845
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.908	15	3101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.993	15	116
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	13730
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.808	1.5	10931
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.56	2	17630
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.693	3	7195
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.405	4.5	6918
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	3040	tight positional	0.31	0.05
2	B	3040	tight positional	0.33	0.05
3	C	3040	tight positional	0.24	0.05
4	D	3040	tight positional	0.25	0.05
1	A	651	medium positional	0.29	0.5
2	B	651	medium positional	0.25	0.5
3	C	651	medium positional	0.24	0.5
4	D	651	medium positional	0.23	0.5
1	A	3040	tight thermal	1.09	0.5
2	B	3040	tight thermal	1.08	0.5
3	C	3040	tight thermal	1.06	0.5
4	D	3040	tight thermal	1.11	0.5
1	A	651	medium thermal	0.95	2
2	B	651	medium thermal	1	2
3	C	651	medium thermal	0.98	2
4	D	651	medium thermal	0.98	2

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	82	-
R_work	0.244	7164	-
obs	-	-	97.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7186	-0.2726	0.1674	0.5058	0.04	0.8107	-0.0145	0.0987	0.1378	-0.084	0.0294	-0.0728	-0.133	-0.0107	-0.0149	0.1101	0.028	0.006	0.0864	0.0218	0.1326	38.918	61.565	35.84
2	0.4026	0.1193	-0.3731	1.3533	0.0679	1.1549	-0.0971	-0.1807	0.0418	0.3081	0.1014	-0.028	0.2155	0.1109	-0.0043	0.2047	0.13	-0.0242	0.1484	-0.0078	0.0933	41.915	40.742	71.001
3	0.757	-0.1976	-0.0576	1.1156	0.3137	0.9201	0.0552	0.0843	-0.1155	-0.1736	-0.0014	0.078	0.0359	-0.0817	-0.0538	0.1101	0.0236	-0.0089	0.0494	-0.0242	0.0907	29.125	87.275	-16.212
4	0.5071	0.1773	0.1759	1.3855	0.4939	0.7874	0.0521	-0.0828	0.082	0.1684	0.0112	0.1157	-0.0538	-0.117	-0.0633	0.1171	0.0535	0.0286	0.0831	-0.0095	0.0974	25.408	113.251	15.9

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	81 - 658
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	999
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	81 - 658
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	999
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	81 - 658
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	999
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	81 - 658
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	999

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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