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- PDB-4bby: MAMMALIAN ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE: WILD-TYPE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bby
タイトルMAMMALIAN ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE: WILD-TYPE
要素ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL
キーワードTRANSFERASE / PLASMALOGEN / FLAVIN / PEROXISOME
機能・相同性
機能・相同性情報


alkylglycerone-phosphate synthase / alkylglycerone-phosphate synthase activity / ether lipid biosynthetic process / peroxisomal membrane / FAD binding / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Double Stranded RNA Binding Domain - #650 / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #330 / Alpha-Beta Plaits - #3450 / Alkyldihydroxyacetonephosphate synthase / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / FAD-linked oxidase, C-terminal / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal ...Double Stranded RNA Binding Domain - #650 / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #330 / Alpha-Beta Plaits - #3450 / Alkyldihydroxyacetonephosphate synthase / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / FAD-linked oxidase, C-terminal / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Double Stranded RNA Binding Domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Alkyldihydroxyacetonephosphate synthase, peroxisomal
類似検索 - 構成要素
生物種CAVIA PORCELLUS (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Nenci, S. / Piano, V. / Rosati, S. / Aliverti, A. / Pandini, V. / Fraaije, M.W. / Heck, A.J.R. / Edmondson, D.E. / Mattevi, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Precursor of Ether Phospholipids is Synthesized by a Flavoenzyme Through Covalent Catalysis.
著者: Nenci, S. / Piano, V. / Rosati, S. / Aliverti, A. / Pandini, V. / Fraaije, M.W. / Heck, A.J.R. / Edmondson, D.E. / Mattevi, A.
履歴
登録2012年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL
B: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL
C: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL
D: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,28112
ポリマ－291,7554
非ポリマー3,5268
水14,232790
1
A: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL
B: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,7377
ポリマ－145,8772
非ポリマー1,8595
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10000 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area39310 Å2
手法PISA
2
C: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL
D: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,5455
ポリマ－145,8772
非ポリマー1,6673
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9540 Å2
ΔGint-61.9 kcal/mol
Surface area38980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.295, 99.170, 107.835
Angle α, β, γ (deg.)90.43, 92.18, 94.92
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLYSLYSAA81 - 10281 - 102
21GLYGLYLYSLYSBB81 - 10281 - 102
31GLYGLYLYSLYSCC81 - 10281 - 102
41GLYGLYLYSLYSDD81 - 10281 - 102
12ILEILEHISHISAA159 - 192159 - 192
22ILEILEHISHISBB159 - 192159 - 192
32ILEILEHISHISCC159 - 192159 - 192
42ILEILEHISHISDD159 - 192159 - 192
13ILEILEARGARGAA205 - 265205 - 265
23ILEILEARGARGBB205 - 265205 - 265
33ILEILEARGARGCC205 - 265205 - 265
43ILEILEARGARGDD205 - 265205 - 265
14VALVALPROPROAA278 - 385278 - 385
24VALVALPROPROBB278 - 385278 - 385
34VALVALPROPROCC278 - 385278 - 385
44VALVALPROPRODD278 - 385278 - 385
15GLNGLNGLNGLNAA400 - 424400 - 424
25GLNGLNGLNGLNBB400 - 424400 - 424
35GLNGLNGLNGLNCC400 - 424400 - 424
45GLNGLNGLNGLNDD400 - 424400 - 424
16METMETTYRTYRAA514 - 578514 - 578
26METMETTYRTYRBB514 - 578514 - 578
36METMETTYRTYRCC514 - 578514 - 578
46METMETTYRTYRDD514 - 578514 - 578
17THRTHRLEULEUAA598 - 658598 - 658
27THRTHRLEULEUBB598 - 658598 - 658
37THRTHRLEULEUCC598 - 658598 - 658
47THRTHRLEULEUDD598 - 658598 - 658

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.977339, 0.206287, -0.047467), (0.206089, -0.978491, -0.009091), (-0.048321, -0.000898, -0.998831)-7.09205, 92.89027, 109.10454
3given(0.975078, -0.000211, 0.221862), (0.206842, 0.362558, -0.908718), (-0.080246, 0.931961, 0.353566)14.28107, 8.96422, -37.49273
4given(0.999277, 0.037881, -0.003309), (0.016538, -0.354583, 0.934878), (0.034241, -0.934257, -0.354953)9.82189, 85.98566, 146.07585

-
要素

#1: タンパク質
ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL / ALKYL-DHAP SYNTHASE / ALKYLGLYCERONE-PHOSPHATE SYNTHASE


分子量: 72938.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CAVIA PORCELLUS (哺乳類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P97275, alkylglycerone-phosphate synthase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 790 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 184434 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 78.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0027精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2UUU

2uuu


解像度: 1.9→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 5.604 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23978 2004 1.1 %RANDOM
Rwork0.19128 ---
obs0.19179 182430 92.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.016 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.42 Å20.1 Å2
2--0.06 Å2-0.86 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17450 0 232 790 18472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0218145
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2331.96824584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.67552213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.39723.991847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.803153111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.88715117
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1620.22646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02113763
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2909 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Dom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
1A2.49
2B2.36
3C2.5
4D2.67
LS精密化 シェル解像度: 1.898→1.947 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 123 -
Rwork0.239 11341 -
obs--78.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5501-0.22990.02720.340.0890.8590.02290.16480.1316-0.10170.0518-0.0899-0.16960.0695-0.07470.0802-0.0460.03450.10940.02010.043243.11860.62228.396
20.4377-0.0675-0.39990.75820.33741.0606-0.1096-0.26630.00260.21770.1612-0.10150.28390.2717-0.05170.16180.0979-0.04280.1816-0.01770.016646.12242.45578.19
30.5761-0.3093-0.2390.95050.66261.17640.01420.0167-0.1093-0.03250.0695-0.01940.12140.0703-0.08380.063-0.0288-0.00460.0396-0.02410.040233.78679.962-17.623
40.20350.08560.11941.67891.45361.89130.0249-0.07470.06840.05720.1882-0.1104-0.11120.1284-0.21310.057-0.01780.04730.1005-0.05660.069628.997120.49918.514
50.7995-0.3593-0.04880.51820.14970.78060.00520.04150.0706-0.03780.0362-0.0424-0.1591-0.0884-0.04130.0478-0.00260.0070.04840.00820.008229.3460.43342.674
60.65830.0209-0.29650.74820.41911.1974-0.0965-0.1083-0.0080.19050.06380.06050.303-0.01980.03270.11260.01520.01020.03820.00730.006632.3739.85664.307
70.7003-0.2588-0.20010.84330.57881.10.04540.054-0.0249-0.1158-0.04530.0638-0.0494-0.1435-0.00010.0474-0.0205-0.00470.0395-0.00140.008919.36993.787-14.19
80.17190.0114-0.28231.58791.06442.18990.03380.0170.0240.2165-0.05940.18440.0651-0.36090.02560.0422-0.0120.0370.1268-0.00180.034116.255106.07511.761
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 30
2X-RAY DIFFRACTION1A75 - 313
3X-RAY DIFFRACTION1A543 - 588
4X-RAY DIFFRACTION2B11 - 30
5X-RAY DIFFRACTION2B75 - 313
6X-RAY DIFFRACTION2B543 - 588
7X-RAY DIFFRACTION3C11 - 30
8X-RAY DIFFRACTION3C75 - 313
9X-RAY DIFFRACTION3C543 - 588
10X-RAY DIFFRACTION4D11 - 30
11X-RAY DIFFRACTION4D75 - 313
12X-RAY DIFFRACTION4D543 - 588
13X-RAY DIFFRACTION5A31 - 74
14X-RAY DIFFRACTION5A314 - 542
15X-RAY DIFFRACTION6B31 - 74
16X-RAY DIFFRACTION6B314 - 542
17X-RAY DIFFRACTION7C31 - 74
18X-RAY DIFFRACTION7C314 - 542
19X-RAY DIFFRACTION8D31 - 74
20X-RAY DIFFRACTION8D314 - 542

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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