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- PDB-4bbk: Structural and functional characterisation of the kindlin-1 pleck... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bbk
タイトルStructural and functional characterisation of the kindlin-1 pleckstrin homology domain
要素FERMITIN FAMILY HOMOLOG 1
キーワードCELL ADHESION / PH DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of timing of anagen / keratinocyte migration / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / basement membrane organization / positive regulation of transforming growth factor beta production / establishment of epithelial cell polarity / positive regulation of integrin activation / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of protein import into nucleus ...negative regulation of timing of anagen / keratinocyte migration / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / basement membrane organization / positive regulation of transforming growth factor beta production / establishment of epithelial cell polarity / positive regulation of integrin activation / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of protein import into nucleus / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / keratinocyte proliferation / negative regulation of stem cell proliferation / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / ruffle membrane / actin filament binding / integrin binding / cell junction / cytoskeleton / cell adhesion / negative regulation of gene expression / focal adhesion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kindlin/fermitin, PH domain / Kindlin/fermitin / Kindlin-2, N-terminal / Kindlin-2 N-terminal domain / FERM domain signature 2. / FERM central domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / FERM central domain / FERM superfamily, second domain ...Kindlin/fermitin, PH domain / Kindlin/fermitin / Kindlin-2, N-terminal / Kindlin-2 N-terminal domain / FERM domain signature 2. / FERM central domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Fermitin family homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yates, L.A. / Lumb, C.N. / Brahme, N.N. / Zalyte, R. / Bird, L.E. / De Colibus, L. / Owens, R.J. / Calderwood, D.A. / Sansom, M.S.P. / Gilbert, R.J.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural and Functional Characterisation of the Kindlin-1 Pleckstrin Homology Domain
著者: Yates, L.A. / Lumb, C.N. / Brahme, N.N. / Zalyte, R. / Bird, L.E. / De Colibus, L. / Owens, R.J. / Calderwood, D.A. / Sansom, M.S.P. / Gilbert, R.J.C.
履歴
登録2012年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22013年1月16日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERMITIN FAMILY HOMOLOG 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9612
ポリマ－18,8691
非ポリマー921
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.290, 82.780, 95.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2005-

HOH

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要素

#1: タンパク質 FERMITIN FAMILY HOMOLOG 1 / KINDLIN-1


分子量: 18868.938 Da / 分子数: 1 / 断片: PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 178-323 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA (PLYSS/RARE) / 参照: UniProt: E9Q7J9, UniProt: P59113*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE IS A FRAGMENT - THE PH DOMAIN - AND INCLUDES THE CLONING ARTEFACT HIS6 TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 5MG/ML - 12MG/ML IN 20MM TRIS-HCL, PH 7.5, 200MM NACL, 0.5MM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9745
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
詳細: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR. KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9745 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 10324 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 3.5 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 32.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YS3

2ys3


解像度: 2.1→39.732 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.02 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: A LOOP FROM RESIDUES 381-387 WAS DISORDERED IN THE STRUCTURE AND WAS THEREFORE NOT MODELLED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2131 483 4.7 %
Rwork0.1821 --
obs0.1835 10323 94.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.389 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6955 Å20 Å20 Å2
2--14.2707 Å20 Å2
3----11.5752 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.732 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数977 0 6 49 1032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0111356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.77388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068145
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005169
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1003-2.40410.22661690.19883213X-RAY DIFFRACTION95
2.4041-3.02880.22841610.18283256X-RAY DIFFRACTION95
3.0288-39.73930.2031530.1783371X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.10691.39250.04240.69371.0476.5276-0.4317-0.31510.36910.11440.0230.2141-0.6568-1.0810.51090.24920.0844-0.0460.2654-0.06710.3207-5.8275-13.4135-16.6145
28.1204-4.07781.45525.9013-3.89212.88240.3538-0.2295-1.8316-0.3716-0.92640.06642.111-0.53370.33660.6782-0.21880.16630.45430.0750.7415-6.3319-27.4055-15.4295
34.88520.71740.06811.46960.23474.3218-0.0039-0.13150.25460.2094-0.24030.4932-0.1494-1.93240.10170.22930.05680.07660.6514-0.05410.3734-12.8374-14.5609-14.2879
46.33391.6919-3.1571.9312-0.56748.17020.0343-0.6403-0.06060.3374-0.1453-0.01290.81450.27640.37650.3187-0.00570.03310.21050.03850.23080.9335-21.2398-6.4586
54.65431.2119-0.9652.5593-2.43123.0411-0.6402-0.3547-1.10040.1143-0.4228-0.56511.3049-0.44510.70140.4501-0.0780.08880.28770.00640.442-2.9206-24.5193-8.2451
63.41240.3504-0.12935.37191.84727.7126-0.0267-0.09230.37990.1798-0.1944-0.0575-0.64740.09380.14370.23190.0174-0.0320.14910.00590.24742.8426-9.3157-9.2299
76.01790.5997-5.02475.3181.4944.93060.25950.36090.2085-0.44090.4111-1.16150.30152.29990.05510.1468-0.0140.04491.1089-0.2110.859715.4018-12.9522-14.9308
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 370:378)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 379:390)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 391:418)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 419:447)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 448:454)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 455:489)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 490:497)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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