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万見
- PDB-4bb0: Structure of a putative epoxide hydrolase Q244E mutant from Pseud... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bb0
タイトルStructure of a putative epoxide hydrolase Q244E mutant from Pseudomonas aeruginosa, with bound MFA.
要素PROBABLE EPOXIDE HYDROLASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
fluoroacetic acid / Probable epoxide hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Schmidberger, J.W. / Schnell, R. / Schneider, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a Putative Epoxide Hydrolase Mutant
著者: Schmidberger, J.W. / Schnell, R. / Schneider, G.
履歴
登録2012年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE EPOXIDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,16018
ポリマ－33,6171
非ポリマー1,54317
水4,504250
1
A: PROBABLE EPOXIDE HYDROLASE
ヘテロ分子

A: PROBABLE EPOXIDE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,32036
ポリマ－67,2342
非ポリマー3,08634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area7800 Å2
ΔGint-268.2 kcal/mol
Surface area23040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.242, 83.242, 140.541
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2137-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE EPOXIDE HYDROLASE


分子量: 33616.965 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9I229
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-FAH / fluoroacetic acid


分子量: 78.042 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3FO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細MONOFLUOROACETIC ACID (MFA): STRUCTURE IS RESULT OF A 100 MM SOAK IN MFA FOR 30 MIN.
配列の詳細CLONING AND CUTTING OF THE HIS TAG LEAVES AND EXTRA N- TERMINAL SERINE. THIS MODEL IS A Q244E MUTANT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.5 %
解説: THIS MODEL WAS ACTUALLY SOLVED BY REFINING THE DATA AGAINST THE NATIVE MODEL OF PA2086 USING REFMAC.
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.1 M LI2 SO4, 1.25 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS HCL PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.04088
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04088 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→29.15 Å / Num. obs: 48281 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.77→1.87 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B9A

4b9a


解像度: 1.77→27.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 5.43 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21522 2442 5.1 %RANDOM
Rwork0.15092 ---
obs0.15418 45752 98.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.335 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20 Å20 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----1.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→27.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2328 0 85 250 2663
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192500
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022307
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7821.9773411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9073.0015252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6465303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.74921.935124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.74515367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9121529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02616
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.2764
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2210.21892
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.21113
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1080.21108
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.262
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.180.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2420.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2350.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0280.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.30934805
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free34.654588
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.46354917
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.816 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 187 -
Rwork0.253 3348 -
obs--99.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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