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万見
- PDB-4ba9: The structural basis for the coordination of Y-family Translesion... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ba9
タイトルThe structural basis for the coordination of Y-family Translesion DNA Polymerases by Rev1
要素DNA POLYMERASE KAPPA, DNA REPAIR PROTEIN REV1
キーワードTRANSFERASE / TLS / DNA REPAIR
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidyl transferase activity / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / response to UV / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Termination of translesion DNA synthesis ...deoxycytidyl transferase activity / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / response to UV / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Termination of translesion DNA synthesis / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / cellular response to UV / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nuclear body / DNA repair / DNA damage response / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein Rev1, C-terminal domain / DNA repair protein Rev1, C-terminal / Rev1, C-terminal domain superfamily / : / DNA repair protein REV1 C-terminal domain / DNA repair protein Rev1 / Rad18-like CCHC zinc finger / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : ...DNA repair protein Rev1, C-terminal domain / DNA repair protein Rev1, C-terminal / Rev1, C-terminal domain superfamily / : / DNA repair protein REV1 C-terminal domain / DNA repair protein Rev1 / Rad18-like CCHC zinc finger / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / DNA polymerase kappa / DNA repair protein REV1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Grummitt, C.G. / Kilkenny, M.L. / Frey, A. / Roe, S.M. / Oliver, A.W. / Sale, J.E. / Pearl, L.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structural Basis for the Coordination of Y- Family Translesion DNA Polymerases by Rev1
著者: Grummitt, C.G. / Kilkenny, M.L. / Frey, A. / Roe, S.M. / Oliver, A.W. / Sale, J.E. / Pearl, L.H.
履歴
登録2012年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE KAPPA, DNA REPAIR PROTEIN REV1
B: DNA POLYMERASE KAPPA, DNA REPAIR PROTEIN REV1
C: DNA POLYMERASE KAPPA, DNA REPAIR PROTEIN REV1
D: DNA POLYMERASE KAPPA, DNA REPAIR PROTEIN REV1
E: DNA POLYMERASE KAPPA, DNA REPAIR PROTEIN REV1
F: DNA POLYMERASE KAPPA, DNA REPAIR PROTEIN REV1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,02624
ポリマ－78,2456
非ポリマー78118
水2,864159
1
A: DNA POLYMERASE KAPPA, DNA REPAIR PROTEIN REV1
B: DNA POLYMERASE KAPPA, DNA REPAIR PROTEIN REV1
C: DNA POLYMERASE KAPPA, DNA REPAIR PROTEIN REV1
D: DNA POLYMERASE KAPPA, DNA REPAIR PROTEIN REV1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,63715
ポリマ－52,1634
非ポリマー47411
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-116.5 kcal/mol
Surface area21940 Å2
手法PISA
2
E: DNA POLYMERASE KAPPA, DNA REPAIR PROTEIN REV1
F: DNA POLYMERASE KAPPA, DNA REPAIR PROTEIN REV1
ヘテロ分子

E: DNA POLYMERASE KAPPA, DNA REPAIR PROTEIN REV1
F: DNA POLYMERASE KAPPA, DNA REPAIR PROTEIN REV1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,77918
ポリマ－52,1634
非ポリマー61514
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area6580 Å2
ΔGint-171.1 kcal/mol
Surface area21500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.750, 105.750, 424.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質
DNA POLYMERASE KAPPA, DNA REPAIR PROTEIN REV1 / DINB PROTEIN / DINPALPHA INTEGRIN-BINDING PROTEIN 80 / AIBP80 / REV1-LIKE TERMINAL DEOXYCYTIDYL ...DINB PROTEIN / DINPALPHA INTEGRIN-BINDING PROTEIN 80 / AIBP80 / REV1-LIKE TERMINAL DEOXYCYTIDYL TRANSFERASE / REV1


分子量: 13040.846 Da / 分子数: 6 / 断片: C-TERMINAL POLYMERASE INTERACTING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CHIMERIC FUSION OF HUMAN REV-1 C-TERMINAL POLYMERASE INTERACTING DOMAIN (REV1-PID) WITH THE REV-1 INTERACTING MOTIF OF POLYMERASE KAPPA (POLKAPPA-RIM).
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PTWO-E / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2
参照: UniProt: Q9UBT6, UniProt: Q9UBZ9, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.84 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM HEPES.NAOH PH 8.0, 10 MM MGCL2, 5 MM NICL2, 7-9% (W/V) PEG 3350, 4% (V/V) 2,2,2-TRIFLUOROETHANOL.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9919
検出器日付: 2012年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→84.08 Å / Num. obs: 24571 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 74.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.73→2.8 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.73→42.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9222 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8926 / SU R Cruickshank DPI: 0.74 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.804 / SU Rfree Blow DPI: 0.316 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.317
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG NI. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=5295. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG NI. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=5295. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=18.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2501 1256 5.11 %RANDOM
Rwork0.2144 ---
obs0.2162 24564 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.4053 Å20 Å20 Å2
2---6.4053 Å20 Å2
3---12.8107 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.404 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→42.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5118 0 18 159 5295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015218HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.027032HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2542SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes174HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes710HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5218HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd6SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.01
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion678SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance2HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6167SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.73→2.85 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3127 158 5.3 %
Rwork0.2465 2823 -
all0.2499 2981 -
obs--98.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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