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- PDB-4ba0: Crystal Structure of Agd31B, alpha-transglucosylase, complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ba0
タイトルCrystal Structure of Agd31B, alpha-transglucosylase, complexed with 5F-alpha-GlcF
要素ALPHA-GLUCOSIDASE, PUTATIVE, ADG31B
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase / oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Domain of unknown function DUF5110 / Domain of unknown function (DUF5110) / glycosyl hydrolase (family 31) / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain ...: / Domain of unknown function DUF5110 / Domain of unknown function (DUF5110) / glycosyl hydrolase (family 31) / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-fluoro-beta-D-glucopyranose / ARGININE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種CELLVIBRIO JAPONICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Larsbrink, J. / Izumi, A. / Hemsworth, G.R. / Davies, G.J. / Brumer, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Enzymology of Cellvibrio Japonicus Agd31B Reveals Alpha-Transglucosylase Activity in Glycoside Hydrolase Family 31
著者: Larsbrink, J. / Izumi, A. / Hemsworth, G.R. / Davies, G.J. / Brumer, H.
履歴
登録2012年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22013年1月16日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-GLUCOSIDASE, PUTATIVE, ADG31B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,87613
ポリマ－92,5121
非ポリマー1,36412
水10,034557
1
A: ALPHA-GLUCOSIDASE, PUTATIVE, ADG31B
ヘテロ分子

A: ALPHA-GLUCOSIDASE, PUTATIVE, ADG31B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,75126
ポリマ－185,0232
非ポリマー2,72824
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_556-x+y,y,-z+11
Buried area6870 Å2
ΔGint-179.9 kcal/mol
Surface area54910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.230, 197.230, 103.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2555-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 ALPHA-GLUCOSIDASE, PUTATIVE, ADG31B / ALPHA-TRANSGLUCOSYLASE


分子量: 92511.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CELLVIBRIO JAPONICUS (バクテリア)
プラスミド: PENTR/SD/D-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3PEE6, alpha-glucosidase
#3: 糖 ChemComp-5GF / 5-fluoro-beta-D-glucopyranose / 5-fluoro-beta-D-glucose / 5-fluoro-D-glucose / 5-fluoro-glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 198.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H11FO6

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非ポリマー , 6種, 568分子

#2: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細K817 IS DERIVED FROM THE EXPRESSION VECTOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.67 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES (PH7.0), 2% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→44.48 Å / Num. obs: 100216 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.8 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B9Y

4b9y


解像度: 1.85→44.479 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1932 5007 5 %
Rwork0.1671 --
obs0.1684 100216 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.652 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.0845 Å20 Å20 Å2
2---4.0845 Å20 Å2
3---8.1689 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→44.479 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6167 0 80 557 6804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066513
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0728830
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2822361
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077923
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051145
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.91610.23454560.19269424X-RAY DIFFRACTION100
1.9161-1.99280.21445170.18019375X-RAY DIFFRACTION100
1.9928-2.08350.20885280.17539374X-RAY DIFFRACTION100
2.0835-2.19340.21474770.17829455X-RAY DIFFRACTION100
2.1934-2.33080.21314950.17169419X-RAY DIFFRACTION100
2.3308-2.51070.21324870.17259477X-RAY DIFFRACTION100
2.5107-2.76340.19695270.17059473X-RAY DIFFRACTION100
2.7634-3.16320.2165020.18759546X-RAY DIFFRACTION100
3.1632-3.98480.16795140.15359634X-RAY DIFFRACTION100
3.9848-44.49180.16645040.149410032X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.22110.189-0.18620.4801-0.4050.53480.020.21050.1995-0.3365-0.1235-0.2569-0.15210.27490.07790.42440.08210.08160.36830.24730.3918-67.5179-17.1057-54.742
20.1097-0.0190.0080.3463-0.04340.4161-0.01130.03910.0632-0.0278-0.0803-0.068-0.09980.02320.09110.1328-0.0063-0.09510.13450.16110.2607-77.5807-18.5167-23.6879
30.129-0.0139-0.06290.19150.2560.5361-0.02660.05320.0783-0.0606-0.0751-0.1565-0.23210.02480.11920.2084-0.0432-0.11460.16130.20560.3231-71.5843-7.1871-22.4469
40.2472-0.31540.00170.5760.13280.2273-0.02210.0592-0.0179-0.0206-0.0607-0.0247-0.00480.04590.06020.1005-0.0141-0.05830.14390.1330.2676-72.5744-43.3573-19.3506
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 35:143)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 144:359)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 360:471) OR (CHAIN A AND RESID 1818)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 472:817)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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