PDB-4b9y: Crystal Structure of Apo Agd31B, alpha-transglucosylase in Glycos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4b9y

タイトル

Crystal Structure of Apo Agd31B, alpha-transglucosylase in Glycoside Hydrolase Family 31

要素

ALPHA-GLUCOSIDASE, PUTATIVE, ADG31B

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase / oligosaccharide 4-alpha-D-glucosyltransferase activity / alpha-glucosidase activity / N-glycan processing / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

CELLVIBRIO JAPONICUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Larsbrink, J. / Izumi, A. / Hemsworth, G.R. / Davies, G.J. / Brumer, H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Enzymology of Cellvibrio Japonicus Agd31B Reveals Alpha-Transglucosylase Activity in Glycoside Hydrolase Family 31
著者: Larsbrink, J. / Izumi, A. / Hemsworth, G.R. / Davies, G.J. / Brumer, H.

履歴

登録	2012年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月21日	Group: Database references
改定 1.2	2013年1月16日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4b9y.cif.gz	327.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4b9y.ent.gz	276.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4b9y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4b9y_validation.pdf.gz	469.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4b9y_full_validation.pdf.gz	473.9 KB	表示
XML形式データ	4b9y_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	4b9y_validation.cif.gz	53.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/4b9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/4b9y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4b9zC 4ba0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ygx-d 4ba0-1 23070 10350 1yvl-1 4775 6plk-d 4i0p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ALPHA-GLUCOSIDASE, PUTATIVE, ADG31B

ヘテロ分子

94.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ALPHA-GLUCOSIDASE, PUTATIVE, ADG31B

ヘテロ分子

A: ALPHA-GLUCOSIDASE, PUTATIVE, ADG31B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
188 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	197.329, 197.329, 103.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	177
Space group name H-M	P622

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	ALPHA-GLUCOSIDASE, PUTATIVE, ADG31B / ALPHA-TRANSGLUCOSYLASE 分子量: 92511.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CELLVIBRIO JAPONICUS (バクテリア) プラスミド: PENTR/SD/D-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3PEE6, alpha-glucosidase

-
非ポリマー , 5種, 665分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン分子量: 88.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 647 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.7 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES (PH7.0), 2% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.3 Å / Num. obs: 92667 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 22 % / B_iso Wilson estimate: 22.54 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 21.5
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→49.324 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	4639	5 %
R_work	0.1627	-	-
obs	0.1641	92667	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 33.552 Å² / k_sol: 0.337 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.1167 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.1167 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.2335 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.324 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6183	0	93	647	6923

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6520
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.064	8833
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.987	2391
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	917
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1147

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.2554	171	0.2077	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9216-1.9442	0.24	156	0.1906	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9442-1.9679	0.2144	145	0.1866	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9679-1.9928	0.2205	150	0.1717	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9928-2.019	0.2161	156	0.172	2893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.019-2.0467	0.1987	159	0.1604	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0467-2.0759	0.1883	156	0.1636	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0759-2.1069	0.2252	145	0.1599	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1069-2.1398	0.2196	139	0.1675	2904	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1398-2.1749	0.2157	128	0.1667	2924	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1749-2.2124	0.2098	143	0.1562	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2124-2.2527	0.192	168	0.1599	2892	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2527-2.296	0.2064	149	0.156	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.296-2.3429	0.185	162	0.1575	2915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3429-2.3938	0.1882	167	0.1625	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.4495	0.1872	143	0.1548	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4495-2.5107	0.2168	134	0.1693	2947	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5107-2.5786	0.209	153	0.1722	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5786-2.6545	0.2087	159	0.1738	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6545-2.7402	0.2	157	0.1778	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7402-2.8381	0.2226	177	0.1812	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8381-2.9517	0.2215	148	0.1866	2948	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9517-3.086	0.227	159	0.1896	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
3.086-3.2487	0.2034	154	0.1816	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2487-3.4522	0.1926	148	0.1715	2961	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4522-3.7186	0.1896	162	0.1511	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7186-4.0927	0.1562	160	0.1339	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0927-4.6845	0.1314	158	0.1182	3018	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6845-5.9005	0.138	164	0.1366	3037	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9005-49.3402	0.2008	169	0.1884	3222	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2929	-0.2155	-0.1504	0.7736	0.3991	1.4552	0.0294	0.3	-0.1796	-0.2294	-0.1043	0.0082	0.2162	-0.0693	0.151	0.2588	0.01	0.179	0.3635	-0.0978	0.2378	20.591	72.8491	2.043
2	0.2816	-0.0842	-0.0158	0.0603	0.0522	0.4072	-0.0096	0.131	-0.0675	-0.0912	0.0006	-0.0544	0.0535	0.1592	-0.0174	0.1637	0.0303	0.2364	0.1945	-0.0287	0.2345	25.9101	71.3939	31.1386
3	0.921	-0.1348	-0.0559	0.1432	0.087	0.24	-0.0312	0.1498	-0.0215	-0.0694	-0.0129	0.0027	0.0341	0.0165	0.025	0.1729	-0.0104	0.1464	0.1367	-0.0064	0.1925	6.5252	82.5414	30.362
4	1.4817	-0.3083	-0.0071	2.8058	-0.4046	1.2389	-0.0199	-0.0627	-0.0822	0.0442	0.0086	0.3306	0.0266	-0.2042	-0.0005	0.1234	-0.0392	0.0677	0.1557	-0.0261	0.2324	-20.7537	81.5854	36.4874

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 35:188)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 189:429)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 430:743)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 744:817)

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